More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2716 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2716  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
265 aa  536  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.490599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.41 
 
 
265 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0355963  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.42 
 
 
266 aa  366  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.498015  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.41 
 
 
266 aa  362  5.0000000000000005e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642907  decreased coverage  0.0040913 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.91 
 
 
266 aa  359  3e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177624  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.78 
 
 
281 aa  358  4e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.786818  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.78 
 
 
281 aa  358  4e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.699263 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.53 
 
 
266 aa  358  6e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.662669  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1706  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.79 
 
 
266 aa  358  7e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.951732  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.53 
 
 
266 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308915  normal  0.0922746 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1901  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.05 
 
 
266 aa  342  4e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 
265 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.15353 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.92 
 
 
271 aa  309  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.75 
 
 
271 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4474  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.85 
 
 
270 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000662369 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
270 aa  295  5e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.06 
 
 
285 aa  290  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.96 
 
 
270 aa  287  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312813  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.32 
 
 
270 aa  286  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3264  putative oxidoreductase protein  53.44 
 
 
264 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.2 
 
 
269 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.674583 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.15 
 
 
266 aa  276  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.75 
 
 
269 aa  275  4e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.356237  normal  0.14087 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.4 
 
 
269 aa  271  5.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.29 
 
 
263 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.05 
 
 
269 aa  256  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.99 
 
 
271 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
262 aa  248  5e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.418257  normal  0.135019 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
262 aa  244  6.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.128983  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.33 
 
 
265 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63890  putative short-chain dehydrogenase  49.05 
 
 
265 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.76 
 
 
269 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.590645  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.02 
 
 
266 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.47 
 
 
264 aa  236  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.576998  normal  0.0165353 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5551  putative short-chain dehydrogenase  48.64 
 
 
265 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.88 
 
 
261 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.30567  hitchhiker  0.00567391 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.95 
 
 
264 aa  226  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.74 
 
 
260 aa  226  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.1 
 
 
260 aa  224  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.161761 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.48 
 
 
262 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1864  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  44.92 
 
 
262 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
260 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
262 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.28 
 
 
267 aa  219  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.47 
 
 
266 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341044  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2989  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.57 
 
 
264 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0851531 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
264 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3539  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
262 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4040  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.77 
 
 
264 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.128419  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.61 
 
 
199 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0343056 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
266 aa  210  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.130238  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
266 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2478  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 
262 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5145  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
267 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645114  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.36 
 
 
269 aa  206  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
262 aa  199  5e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.511264  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
287 aa  189  4e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.210779  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
257 aa  185  5e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0958  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.35 
 
 
263 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
283 aa  175  6e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.29 
 
 
264 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.241971  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.69 
 
 
258 aa  170  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.392131  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0124  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.81 
 
 
269 aa  167  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.81 
 
 
269 aa  165  6.9999999999999995e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
268 aa  157  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00272439 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.37 
 
 
271 aa  155  4e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708878  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38500  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  41.77 
 
 
253 aa  155  8e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
254 aa  153  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.485174  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
252 aa  153  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.092001  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.18 
 
 
261 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000076045 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05610  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  39.83 
 
 
296 aa  150  3e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100134  normal  0.886117 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.97 
 
 
264 aa  149  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 
250 aa  149  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.92313 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.73 
 
 
261 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
259 aa  148  8e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
255 aa  146  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.505504 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
269 aa  145  6e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.316114 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
269 aa  144  1e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
255 aa  143  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
271 aa  143  3e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.61951 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.91 
 
 
249 aa  142  4e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.23 
 
 
259 aa  142  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11577  ketoacyl reductase  40.55 
 
 
267 aa  141  9e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0605466  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
264 aa  139  6e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.711928  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.65 
 
 
250 aa  138  7.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.757683  normal  0.645684 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
259 aa  138  7.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.543445  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
262 aa  138  7.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.999856 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
262 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.79 
 
 
263 aa  137  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.68 
 
 
259 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0177311  normal  0.151964 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25790  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  38.19 
 
 
282 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
260 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08440  putative short chain alcohol dehydrogenase  36.02 
 
 
266 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000229698 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
360 aa  135  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
260 aa  135  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.756544 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
259 aa  135  8e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35320  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  38.33 
 
 
249 aa  135  9.999999999999999e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.135035  normal  0.316469 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0799  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.25 
 
 
266 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>