More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5270 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
262 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.33 
 
 
262 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2989  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  85.33 
 
 
264 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0851531 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.56 
 
 
264 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1864  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  81.3 
 
 
262 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3539  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.53 
 
 
262 aa  434  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.43 
 
 
260 aa  411  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.54 
 
 
262 aa  404  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.511264  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2478  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.9 
 
 
262 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.21 
 
 
260 aa  386  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.161761 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.57 
 
 
261 aa  360  1e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.30567  hitchhiker  0.00567391 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.15 
 
 
260 aa  353  1e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65 
 
 
287 aa  347  8e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.210779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63890  putative short-chain dehydrogenase  58.1 
 
 
265 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5551  putative short-chain dehydrogenase  58.5 
 
 
265 aa  267  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.59 
 
 
264 aa  265  5e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.576998  normal  0.0165353 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.76 
 
 
257 aa  259  4e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.21 
 
 
269 aa  255  6e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.590645  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.09 
 
 
267 aa  251  6e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.73 
 
 
271 aa  251  6e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.02 
 
 
266 aa  249  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.498015  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4474  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.76 
 
 
270 aa  248  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000662369 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
266 aa  245  6e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642907  decreased coverage  0.0040913 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
266 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177624  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
266 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.662669  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.02 
 
 
281 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.786818  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.02 
 
 
281 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.699263 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4040  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.08 
 
 
264 aa  241  6e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.128419  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 
271 aa  241  7e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1706  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
266 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.951732  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
270 aa  239  4e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1901  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.55 
 
 
266 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.63 
 
 
266 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308915  normal  0.0922746 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.88 
 
 
265 aa  234  9e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
264 aa  231  6e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
266 aa  231  7.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3264  putative oxidoreductase protein  49.61 
 
 
264 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.47 
 
 
269 aa  227  1e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.86 
 
 
265 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0355963  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
265 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.15353 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.25 
 
 
270 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312813  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
262 aa  221  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.418257  normal  0.135019 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2716  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
265 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.490599 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.61 
 
 
262 aa  217  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.128983  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.17 
 
 
269 aa  214  9e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.356237  normal  0.14087 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.83 
 
 
263 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.11 
 
 
269 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.674583 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 
285 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
271 aa  211  7e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.11 
 
 
270 aa  210  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
269 aa  206  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.19 
 
 
266 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.92 
 
 
266 aa  199  6e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341044  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
266 aa  196  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
266 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.130238  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
269 aa  176  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.37 
 
 
264 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.241971  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5145  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
267 aa  172  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645114  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0958  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
263 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.56 
 
 
199 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0343056 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05610  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  42.86 
 
 
296 aa  160  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100134  normal  0.886117 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
268 aa  155  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00272439 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
252 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.092001  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.33 
 
 
253 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0605466  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
255 aa  149  4e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.44 
 
 
259 aa  149  5e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
258 aa  148  7e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
258 aa  148  7e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.354983 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.19 
 
 
269 aa  145  8.000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08440  putative short chain alcohol dehydrogenase  41.07 
 
 
266 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000229698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0799  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.62 
 
 
266 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
263 aa  143  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
283 aa  142  7e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
255 aa  141  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.505504 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
258 aa  140  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.04 
 
 
258 aa  139  6e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.392131  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0124  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 
269 aa  138  7.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
262 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.91 
 
 
258 aa  135  9e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0601  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.91 
 
 
258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.63 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.316114 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1969  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.55 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
250 aa  133  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.92313 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.14 
 
 
259 aa  133  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0177311  normal  0.151964 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.32 
 
 
264 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4572  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
258 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
276 aa  132  5e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.118299  decreased coverage  0.00158374 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11577  ketoacyl reductase  43.65 
 
 
267 aa  132  5e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.757683  normal  0.645684 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1145  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
321 aa  130  3e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1015  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.68 
 
 
263 aa  129  4.0000000000000003e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5106  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311622  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.79 
 
 
257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000620196  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.44 
 
 
258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00673203  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.46 
 
 
260 aa  128  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.563613  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
269 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.377978 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
262 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>