More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5390 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008835  BMA10229_1167  propionate catabolism operon regulatory protein  75.75 
 
 
686 aa  935    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2144  propionate catabolism operon regulatory protein  75.9 
 
 
694 aa  936    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.461711  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0123  putative propionate catabolism operon regulatory transcription regulator protein  67.18 
 
 
649 aa  810    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.323531  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0381  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  75.22 
 
 
703 aa  935    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.385394  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3976  proprionate catabolism activator, Fis family  67.07 
 
 
648 aa  812    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.966242 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1871  propionate catabolism operon regulatory protein  75.9 
 
 
694 aa  936    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3286  Fis family proprionate catabolism activator  93.64 
 
 
660 aa  1186    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.749536  normal  0.0314954 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1734  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  75.56 
 
 
697 aa  936    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0140  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  95.3 
 
 
660 aa  1239    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6705  Fis family proprionate catabolism activator  66.61 
 
 
656 aa  813    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344475  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4754  Fis family proprionate catabolism activator  94.71 
 
 
662 aa  1194    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.574647  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0287  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  75.9 
 
 
694 aa  937    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2190  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  76.47 
 
 
735 aa  919    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6082  proprionate catabolism activator, Fis family  67.82 
 
 
663 aa  843    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  68.17 
 
 
663 aa  831    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29626 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5343  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  94.26 
 
 
662 aa  1155    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3862  proprionate catabolism activator, Fis family  67.07 
 
 
648 aa  812    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.353505 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4843  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  99.39 
 
 
660 aa  1291    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.418321  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0880  propionate catabolism operon regulatory protein  75.9 
 
 
694 aa  936    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5518  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  94.26 
 
 
662 aa  1155    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5390  Fis family proprionate catabolism activator  100 
 
 
660 aa  1301    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420192  normal  0.577921 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1807  PAS:helix-turn-helix, Fis-type:propionate catabolism activator, N-terminal  48.73 
 
 
663 aa  548  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.306478  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1588  putative PAS/PAC sensor protein  50.31 
 
 
633 aa  545  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00103997  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2878  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.73 
 
 
648 aa  480  1e-134  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.866934 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0387  proprionate catabolism activator, Fis family  46.18 
 
 
652 aa  478  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.77 
 
 
651 aa  472  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0385  proprionate catabolism activator, Fis family  45.66 
 
 
658 aa  471  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.22 
 
 
651 aa  462  1e-129  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.191772  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1204  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.58 
 
 
676 aa  456  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000134686  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4292  transcriptional regulator  43.45 
 
 
645 aa  456  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.964315  normal  0.073414 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5404  proprionate catabolism activator, Fis family  43.38 
 
 
678 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000463562  normal  0.497573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3582  Fis family proprionate catabolism activator  42.56 
 
 
681 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.181537  normal  0.0169262 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2771  proprionate catabolism activator, Fis family  42.19 
 
 
659 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0968139  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  38.53 
 
 
639 aa  427  1e-118  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2790  sigma-54 dependent sensory box protein  41.95 
 
 
650 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36000  propionate catabolism operon regulator  46.71 
 
 
473 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0249569  hitchhiker  0.000000000000235786 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.41 
 
 
636 aa  347  4e-94  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1966  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.73 
 
 
628 aa  307  5.0000000000000004e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2722  sigma-54 factor, interaction region  33.5 
 
 
628 aa  300  4e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.351091 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0709  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  33 
 
 
642 aa  294  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.890116  normal  0.481573 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  38.49 
 
 
586 aa  293  7e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  38.68 
 
 
662 aa  293  8e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0769  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  33 
 
 
642 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.989517  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.62 
 
 
703 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0812  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.17 
 
 
642 aa  290  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0695  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  33 
 
 
642 aa  290  7e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0354  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.38 
 
 
528 aa  289  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00285  DNA-binding transcriptional activator  47.38 
 
 
528 aa  288  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3294  Fis family proprionate catabolism activator  47.38 
 
 
528 aa  288  2e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00289  hypothetical protein  47.38 
 
 
528 aa  288  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3276  proprionate catabolism activator, Fis family  47.09 
 
 
528 aa  288  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0419  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  42.36 
 
 
541 aa  288  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.530564  normal  0.0144123 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0461  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  41.79 
 
 
541 aa  287  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000274128 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.38 
 
 
528 aa  287  5e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0361  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.09 
 
 
528 aa  286  7e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.785854  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0396  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.23 
 
 
528 aa  286  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  46.38 
 
 
541 aa  285  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0407  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  42.14 
 
 
541 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000136332 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.47 
 
 
591 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3656  putative sigma54 specific transcriptional regulator  30.72 
 
 
642 aa  282  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000374814  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.74 
 
 
661 aa  281  2e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0289  Fis family transcriptional regulator  34.37 
 
 
633 aa  281  3e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.370858  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.68 
 
 
597 aa  280  5e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.66 
 
 
467 aa  280  7e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.11 
 
 
541 aa  275  1.0000000000000001e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02717  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  43.48 
 
 
561 aa  275  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.08 
 
 
482 aa  274  4.0000000000000004e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.09 
 
 
455 aa  272  1e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.45 
 
 
450 aa  270  5.9999999999999995e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1544  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.42 
 
 
568 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2392  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.22 
 
 
652 aa  268  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.97 
 
 
585 aa  267  4e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.09 
 
 
460 aa  267  5e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.07 
 
 
446 aa  266  5.999999999999999e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4047  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.42 
 
 
486 aa  267  5.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.16 
 
 
687 aa  266  8e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.15 
 
 
592 aa  266  8.999999999999999e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  37.63 
 
 
527 aa  265  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.69 
 
 
470 aa  265  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4358  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.99 
 
 
492 aa  265  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.28 
 
 
655 aa  265  3e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.94 
 
 
643 aa  264  4e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  38.27 
 
 
582 aa  264  4.999999999999999e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.64 
 
 
471 aa  263  6e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.81 
 
 
489 aa  263  6.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1683  transcriptional regulator  37.3 
 
 
588 aa  263  8e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0451023  normal  0.0113335 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.8 
 
 
489 aa  263  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.8 
 
 
489 aa  263  1e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.09 
 
 
539 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.13 
 
 
451 aa  261  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.03 
 
 
540 aa  261  2e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.58 
 
 
459 aa  262  2e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.4 
 
 
581 aa  262  2e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0777  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.5 
 
 
674 aa  261  2e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.022498 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2861  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.63 
 
 
690 aa  261  3e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.4 
 
 
548 aa  261  4e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  37.71 
 
 
671 aa  261  4e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  39.85 
 
 
935 aa  260  5.0000000000000005e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.11 
 
 
463 aa  260  6e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  34.17 
 
 
600 aa  259  1e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>