More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6705 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp0123  putative propionate catabolism operon regulatory transcription regulator protein  76.06 
 
 
649 aa  938    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.323531  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6705  Fis family proprionate catabolism activator  100 
 
 
656 aa  1306    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344475  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1871  propionate catabolism operon regulatory protein  65.66 
 
 
694 aa  806    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0880  propionate catabolism operon regulatory protein  65.66 
 
 
694 aa  806    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1734  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  65.37 
 
 
697 aa  805    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3862  proprionate catabolism activator, Fis family  75.94 
 
 
648 aa  936    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.353505 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0140  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.08 
 
 
660 aa  834    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6082  proprionate catabolism activator, Fis family  77.38 
 
 
663 aa  974    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1167  propionate catabolism operon regulatory protein  65.66 
 
 
686 aa  805    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5518  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  66.72 
 
 
662 aa  806    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3286  Fis family proprionate catabolism activator  66.87 
 
 
660 aa  828    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.749536  normal  0.0314954 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2190  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  66.01 
 
 
735 aa  786    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4754  Fis family proprionate catabolism activator  66.56 
 
 
662 aa  828    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.574647  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  77.91 
 
 
663 aa  979    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29626 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2144  propionate catabolism operon regulatory protein  65.66 
 
 
694 aa  804    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.461711  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5343  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  66.72 
 
 
662 aa  806    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3976  proprionate catabolism activator, Fis family  75.94 
 
 
648 aa  936    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.966242 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0287  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  65.66 
 
 
694 aa  806    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0381  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  65.07 
 
 
703 aa  803    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.385394  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5390  Fis family proprionate catabolism activator  66.61 
 
 
660 aa  828    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420192  normal  0.577921 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4843  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  66.77 
 
 
660 aa  831    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.418321  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1807  PAS:helix-turn-helix, Fis-type:propionate catabolism activator, N-terminal  48.89 
 
 
663 aa  549  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.306478  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1588  putative PAS/PAC sensor protein  49.46 
 
 
633 aa  534  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00103997  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2878  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.22 
 
 
648 aa  495  1e-139  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.866934 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0387  proprionate catabolism activator, Fis family  46.05 
 
 
652 aa  497  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0385  proprionate catabolism activator, Fis family  45.03 
 
 
658 aa  490  1e-137  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.66 
 
 
651 aa  488  1e-136  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4292  transcriptional regulator  43.57 
 
 
645 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.964315  normal  0.073414 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.79 
 
 
651 aa  471  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.191772  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5404  proprionate catabolism activator, Fis family  42.96 
 
 
678 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000463562  normal  0.497573 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1204  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.54 
 
 
676 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000134686  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2790  sigma-54 dependent sensory box protein  40.93 
 
 
650 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2771  proprionate catabolism activator, Fis family  40.7 
 
 
659 aa  442  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0968139  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3582  Fis family proprionate catabolism activator  41.2 
 
 
681 aa  431  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.181537  normal  0.0169262 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  39.8 
 
 
639 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36000  propionate catabolism operon regulator  46.56 
 
 
473 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0249569  hitchhiker  0.000000000000235786 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.13 
 
 
636 aa  370  1e-101  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0461  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  46.9 
 
 
541 aa  305  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000274128 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0419  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  46.9 
 
 
541 aa  305  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.530564  normal  0.0144123 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0709  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.38 
 
 
642 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.890116  normal  0.481573 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0407  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  46.59 
 
 
541 aa  303  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000136332 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2722  sigma-54 factor, interaction region  33.39 
 
 
628 aa  303  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.351091 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0695  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.38 
 
 
642 aa  302  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0812  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.21 
 
 
642 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  46.36 
 
 
541 aa  301  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0769  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.21 
 
 
642 aa  301  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.989517  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0361  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  49.26 
 
 
528 aa  299  9e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.785854  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3294  Fis family proprionate catabolism activator  48.96 
 
 
528 aa  298  3e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0354  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  48.96 
 
 
528 aa  298  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00285  DNA-binding transcriptional activator  48.96 
 
 
528 aa  297  4e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00289  hypothetical protein  48.96 
 
 
528 aa  297  4e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3276  proprionate catabolism activator, Fis family  48.66 
 
 
528 aa  297  5e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  48.96 
 
 
528 aa  296  6e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0396  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  48.81 
 
 
528 aa  295  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1966  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.05 
 
 
628 aa  292  1e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  37.11 
 
 
662 aa  287  5e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0289  Fis family transcriptional regulator  33.49 
 
 
633 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.370858  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3656  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.74 
 
 
642 aa  281  2e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000374814  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.04 
 
 
597 aa  281  3e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.22 
 
 
591 aa  281  4e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.36 
 
 
661 aa  278  3e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.16 
 
 
703 aa  276  1.0000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.24 
 
 
467 aa  272  1e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02717  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  48.14 
 
 
561 aa  271  4e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.5 
 
 
541 aa  270  4e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2392  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.25 
 
 
652 aa  267  4e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  36.38 
 
 
586 aa  267  4e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.22 
 
 
455 aa  267  5e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.43 
 
 
453 aa  266  7e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.64 
 
 
453 aa  265  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.36 
 
 
643 aa  265  2e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.67 
 
 
446 aa  265  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447453 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.15 
 
 
482 aa  264  3e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.15 
 
 
631 aa  264  4e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.384971  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.97 
 
 
655 aa  264  4e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2848  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.17 
 
 
553 aa  264  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0615513  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.58 
 
 
553 aa  262  1e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1588  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.77 
 
 
458 aa  262  1e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  36.32 
 
 
935 aa  262  1e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2029  hypothetical protein  36.56 
 
 
554 aa  263  1e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.74 
 
 
553 aa  262  2e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.74 
 
 
553 aa  261  2e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1776  putative PAS/PAC sensor protein  35.84 
 
 
698 aa  261  3e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.64 
 
 
553 aa  261  3e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  40.58 
 
 
553 aa  261  3e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.64 
 
 
553 aa  261  3e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.64 
 
 
553 aa  261  3e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.3 
 
 
594 aa  261  3e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1014  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.97 
 
 
645 aa  260  4e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2639  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.58 
 
 
553 aa  260  5.0000000000000005e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017271  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1544  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.66 
 
 
568 aa  259  8e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.26 
 
 
459 aa  259  8e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.54 
 
 
460 aa  259  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.44 
 
 
710 aa  259  1e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.2 
 
 
581 aa  259  1e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  35.19 
 
 
671 aa  259  1e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.99 
 
 
575 aa  258  2e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.83 
 
 
472 aa  258  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.334689  normal  0.605218 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.52 
 
 
471 aa  258  2e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3031  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.5 
 
 
527 aa  258  3e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.265414  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>