More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3976 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009079  BMA10247_A2144  propionate catabolism operon regulatory protein  64.88 
 
 
694 aa  793    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.461711  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0123  putative propionate catabolism operon regulatory transcription regulator protein  89.8 
 
 
649 aa  1123    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.323531  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6705  Fis family proprionate catabolism activator  75.94 
 
 
656 aa  936    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344475  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6082  proprionate catabolism activator, Fis family  75.83 
 
 
663 aa  954    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5390  Fis family proprionate catabolism activator  67.07 
 
 
660 aa  833    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420192  normal  0.577921 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1871  propionate catabolism operon regulatory protein  64.88 
 
 
694 aa  793    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1734  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  64.74 
 
 
697 aa  793    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1167  propionate catabolism operon regulatory protein  65.26 
 
 
686 aa  791    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0140  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  66.72 
 
 
660 aa  830    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0880  propionate catabolism operon regulatory protein  64.88 
 
 
694 aa  793    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3976  proprionate catabolism activator, Fis family  100 
 
 
648 aa  1285    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.966242 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2190  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  65.22 
 
 
735 aa  772    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  76.59 
 
 
663 aa  947    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29626 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5343  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.49 
 
 
662 aa  801    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0381  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  64.45 
 
 
703 aa  793    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.385394  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4754  Fis family proprionate catabolism activator  66.82 
 
 
662 aa  825    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.574647  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4843  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.07 
 
 
660 aa  834    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.418321  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3286  Fis family proprionate catabolism activator  67.54 
 
 
660 aa  832    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.749536  normal  0.0314954 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5518  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.49 
 
 
662 aa  801    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0287  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  65.03 
 
 
694 aa  795    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3862  proprionate catabolism activator, Fis family  100 
 
 
648 aa  1285    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.353505 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1807  PAS:helix-turn-helix, Fis-type:propionate catabolism activator, N-terminal  47.86 
 
 
663 aa  523  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.306478  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1588  putative PAS/PAC sensor protein  49.3 
 
 
633 aa  525  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00103997  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2878  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.45 
 
 
648 aa  476  1e-133  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.866934 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0387  proprionate catabolism activator, Fis family  45.14 
 
 
652 aa  475  1e-132  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0385  proprionate catabolism activator, Fis family  44.58 
 
 
658 aa  473  1e-132  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.36 
 
 
651 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5404  proprionate catabolism activator, Fis family  43.64 
 
 
678 aa  464  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000463562  normal  0.497573 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4292  transcriptional regulator  43.17 
 
 
645 aa  462  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.964315  normal  0.073414 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1204  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.07 
 
 
676 aa  458  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000134686  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.5 
 
 
651 aa  450  1e-125  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.191772  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2790  sigma-54 dependent sensory box protein  40.03 
 
 
650 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2771  proprionate catabolism activator, Fis family  41.99 
 
 
659 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0968139  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3582  Fis family proprionate catabolism activator  40.93 
 
 
681 aa  421  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.181537  normal  0.0169262 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  37.4 
 
 
639 aa  399  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36000  propionate catabolism operon regulator  45.74 
 
 
473 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0249569  hitchhiker  0.000000000000235786 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.44 
 
 
636 aa  355  2e-96  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0419  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  42.93 
 
 
541 aa  288  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.530564  normal  0.0144123 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0461  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  42.93 
 
 
541 aa  287  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000274128 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  40.22 
 
 
541 aa  286  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0407  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  42.17 
 
 
541 aa  286  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000136332 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  37.5 
 
 
662 aa  285  2.0000000000000002e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00285  DNA-binding transcriptional activator  47.93 
 
 
528 aa  283  8.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00289  hypothetical protein  47.93 
 
 
528 aa  283  8.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0354  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.93 
 
 
528 aa  282  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1966  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
628 aa  282  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3276  proprionate catabolism activator, Fis family  47.63 
 
 
528 aa  281  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2722  sigma-54 factor, interaction region  32.27 
 
 
628 aa  282  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.351091 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0361  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.63 
 
 
528 aa  281  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.785854  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3294  Fis family proprionate catabolism activator  47.63 
 
 
528 aa  281  4e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0289  Fis family transcriptional regulator  34.35 
 
 
633 aa  280  7e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.370858  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.64 
 
 
703 aa  280  8e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.48 
 
 
528 aa  279  1e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0709  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.25 
 
 
642 aa  279  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.890116  normal  0.481573 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0396  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.18 
 
 
528 aa  278  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0695  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.9 
 
 
642 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0812  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.71 
 
 
642 aa  278  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0769  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.25 
 
 
642 aa  278  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.989517  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.34 
 
 
661 aa  277  5e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.14 
 
 
453 aa  277  6e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3656  putative sigma54 specific transcriptional regulator  30.82 
 
 
642 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000374814  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  37.34 
 
 
586 aa  276  1.0000000000000001e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.96 
 
 
597 aa  276  1.0000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.36 
 
 
482 aa  275  2.0000000000000002e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.46 
 
 
591 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  35.26 
 
 
527 aa  269  1e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.36 
 
 
453 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1544  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.52 
 
 
568 aa  266  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  35.77 
 
 
671 aa  266  1e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.06 
 
 
446 aa  264  3e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447453 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.11 
 
 
581 aa  263  8e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.15 
 
 
471 aa  262  1e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.68 
 
 
548 aa  263  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0823  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.89 
 
 
592 aa  261  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3029  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.89 
 
 
592 aa  261  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0839  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.89 
 
 
592 aa  261  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02702  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.89 
 
 
592 aa  261  3e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.44 
 
 
655 aa  261  3e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4159  sigma-54 dependent transcriptional regulator, Fis family  35.89 
 
 
592 aa  261  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.778459 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02664  hypothetical protein  35.89 
 
 
592 aa  261  3e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3002  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.67 
 
 
592 aa  261  4e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3194  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.67 
 
 
592 aa  260  6e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3031  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.77 
 
 
527 aa  260  6e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.265414  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02717  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.84 
 
 
561 aa  259  9e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.48 
 
 
459 aa  259  9e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.31 
 
 
687 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.23 
 
 
457 aa  258  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.81 
 
 
467 aa  257  4e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.1 
 
 
710 aa  256  7e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  37.05 
 
 
471 aa  256  8e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2392  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.85 
 
 
652 aa  256  9e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.23 
 
 
457 aa  256  9e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.15 
 
 
470 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.11 
 
 
553 aa  254  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.96 
 
 
541 aa  254  4.0000000000000004e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.71 
 
 
553 aa  253  6e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.48 
 
 
460 aa  253  7e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0346  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.67 
 
 
468 aa  253  8.000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.143008  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2596  sigma-54-dependent transcriptional activator  40.4 
 
 
553 aa  253  8.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.491073  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.4 
 
 
553 aa  253  9.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>