More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3031 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_02717  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  67.42 
 
 
561 aa  647    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3031  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
527 aa  1039    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.265414  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0461  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.45 
 
 
541 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000274128 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00285  DNA-binding transcriptional activator  46.58 
 
 
528 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3276  proprionate catabolism activator, Fis family  46.77 
 
 
528 aa  449  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.35 
 
 
528 aa  449  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00289  hypothetical protein  46.58 
 
 
528 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0361  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  46.77 
 
 
528 aa  451  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.785854  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3294  Fis family proprionate catabolism activator  46.77 
 
 
528 aa  450  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0354  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  46.77 
 
 
528 aa  450  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0419  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.25 
 
 
541 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.530564  normal  0.0144123 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0396  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.05 
 
 
528 aa  450  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.06 
 
 
541 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0407  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  47.06 
 
 
541 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000136332 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3976  proprionate catabolism activator, Fis family  48.37 
 
 
648 aa  263  6e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.966242 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3862  proprionate catabolism activator, Fis family  48.37 
 
 
648 aa  263  6e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.353505 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0140  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.36 
 
 
660 aa  260  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0123  putative propionate catabolism operon regulatory transcription regulator protein  45.9 
 
 
649 aa  257  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.323531  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4843  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.35 
 
 
660 aa  256  5e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.418321  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5390  Fis family proprionate catabolism activator  43.1 
 
 
660 aa  256  8e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420192  normal  0.577921 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4754  Fis family proprionate catabolism activator  42.4 
 
 
662 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.574647  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3286  Fis family proprionate catabolism activator  41.87 
 
 
660 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.749536  normal  0.0314954 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2085  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.01 
 
 
453 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5343  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.91 
 
 
662 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5518  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.91 
 
 
662 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6705  Fis family proprionate catabolism activator  45.81 
 
 
656 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344475  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6082  proprionate catabolism activator, Fis family  45.93 
 
 
663 aa  252  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
687 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.74 
 
 
663 aa  251  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29626 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1588  putative PAS/PAC sensor protein  46.83 
 
 
633 aa  250  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00103997  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4292  transcriptional regulator  41.93 
 
 
645 aa  250  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.964315  normal  0.073414 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1807  PAS:helix-turn-helix, Fis-type:propionate catabolism activator, N-terminal  45.4 
 
 
663 aa  249  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.306478  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  43.08 
 
 
639 aa  248  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3582  Fis family proprionate catabolism activator  47.68 
 
 
681 aa  247  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.181537  normal  0.0169262 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4093  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.05 
 
 
457 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0088  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.36 
 
 
459 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.711445  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5404  proprionate catabolism activator, Fis family  44.06 
 
 
678 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000463562  normal  0.497573 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0125  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.4 
 
 
477 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.261206  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0823  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.32 
 
 
592 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4159  sigma-54 dependent transcriptional regulator, Fis family  42.32 
 
 
592 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.778459 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3029  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.32 
 
 
592 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3002  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.32 
 
 
592 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0839  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.32 
 
 
592 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.95 
 
 
651 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.191772  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2190  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  45.58 
 
 
735 aa  243  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02702  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.32 
 
 
592 aa  243  7.999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02664  hypothetical protein  42.32 
 
 
592 aa  243  7.999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.92 
 
 
463 aa  242  1e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1167  propionate catabolism operon regulatory protein  44.63 
 
 
686 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1871  propionate catabolism operon regulatory protein  44.63 
 
 
694 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3194  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.01 
 
 
592 aa  242  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0880  propionate catabolism operon regulatory protein  44.63 
 
 
694 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2771  proprionate catabolism activator, Fis family  43.99 
 
 
659 aa  242  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0968139  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2144  propionate catabolism operon regulatory protein  44.63 
 
 
694 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.461711  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0287  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  44.63 
 
 
694 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.3 
 
 
688 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2669  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.52 
 
 
439 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1734  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  44.26 
 
 
697 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.43 
 
 
636 aa  240  4e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0381  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  43.89 
 
 
703 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.385394  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.59 
 
 
476 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.666768  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.88 
 
 
577 aa  239  1e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1014  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.61 
 
 
645 aa  238  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4718  sigma-54 dependent response regulator  43.59 
 
 
460 aa  238  3e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2401  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.22 
 
 
449 aa  237  3e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  51.33 
 
 
935 aa  236  5.0000000000000005e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0083  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 
476 aa  236  6e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.701237  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3873  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.77 
 
 
476 aa  236  6e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.300143  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3966  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.77 
 
 
476 aa  236  6e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  43.71 
 
 
671 aa  236  7e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4316  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 
460 aa  236  8e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.876739  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4261  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.73 
 
 
460 aa  236  8e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4076  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.77 
 
 
460 aa  236  8e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.311151  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4456  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 
460 aa  236  8e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0387  proprionate catabolism activator, Fis family  45.56 
 
 
652 aa  236  8e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0125  response regulator receiver protein  43.81 
 
 
460 aa  236  9e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.847419 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2878  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.24 
 
 
648 aa  236  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.866934 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.83 
 
 
651 aa  235  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1204  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.73 
 
 
676 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000134686  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.03 
 
 
575 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3916  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  40 
 
 
462 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000203856  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1966  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.7 
 
 
628 aa  234  3e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3878  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.09 
 
 
476 aa  234  3e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0749813  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.4 
 
 
441 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0650  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.06 
 
 
462 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614366  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0037  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.06 
 
 
462 aa  233  5e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0812  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.06 
 
 
462 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2202  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.06 
 
 
443 aa  233  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0673896  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2666  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.31 
 
 
459 aa  233  5e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0526  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.44 
 
 
462 aa  233  5e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888522  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0636  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.06 
 
 
462 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2883  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.06 
 
 
462 aa  233  5e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.71369  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2505  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.06 
 
 
462 aa  233  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.988486  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02265  hypothetical protein  41.59 
 
 
483 aa  233  6e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4608  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.37 
 
 
666 aa  233  9e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000341732  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1275  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  48.48 
 
 
709 aa  233  9e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3581  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.94 
 
 
490 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0374719 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0385  proprionate catabolism activator, Fis family  54.07 
 
 
658 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4008  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.24 
 
 
690 aa  232  1e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1544  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.59 
 
 
568 aa  232  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>