More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0407 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00285  DNA-binding transcriptional activator  79.47 
 
 
528 aa  837    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3276  proprionate catabolism activator, Fis family  80.23 
 
 
528 aa  844    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0407  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  100 
 
 
541 aa  1105    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000136332 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0361  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  79.47 
 
 
528 aa  837    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.785854  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0396  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  79.43 
 
 
528 aa  840    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0354  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  79.85 
 
 
528 aa  840    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00289  hypothetical protein  79.47 
 
 
528 aa  837    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0419  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  99.26 
 
 
541 aa  1099    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.530564  normal  0.0144123 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0461  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  99.08 
 
 
541 aa  1096    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000274128 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  79.28 
 
 
528 aa  839    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3294  Fis family proprionate catabolism activator  79.47 
 
 
528 aa  837    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  99.08 
 
 
541 aa  1093    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3031  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.06 
 
 
527 aa  444  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.265414  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02717  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  45.13 
 
 
561 aa  427  1e-118  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6705  Fis family proprionate catabolism activator  46.79 
 
 
656 aa  288  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344475  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0140  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.54 
 
 
660 aa  286  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3862  proprionate catabolism activator, Fis family  42.17 
 
 
648 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.353505 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3976  proprionate catabolism activator, Fis family  42.17 
 
 
648 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.966242 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4843  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.11 
 
 
660 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.418321  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5390  Fis family proprionate catabolism activator  42.14 
 
 
660 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420192  normal  0.577921 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4292  transcriptional regulator  44.38 
 
 
645 aa  283  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.964315  normal  0.073414 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2771  proprionate catabolism activator, Fis family  47.68 
 
 
659 aa  283  7.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0968139  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2878  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.75 
 
 
648 aa  282  9e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.866934 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.32 
 
 
651 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.191772  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0387  proprionate catabolism activator, Fis family  48.37 
 
 
652 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6082  proprionate catabolism activator, Fis family  45.5 
 
 
663 aa  280  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0385  proprionate catabolism activator, Fis family  47.37 
 
 
658 aa  280  5e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  44.62 
 
 
639 aa  279  7e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3286  Fis family proprionate catabolism activator  46.09 
 
 
660 aa  279  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.749536  normal  0.0314954 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0357  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.36 
 
 
651 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0123  putative propionate catabolism operon regulatory transcription regulator protein  45.18 
 
 
649 aa  277  4e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.323531  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.75 
 
 
663 aa  276  8e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29626 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5343  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.92 
 
 
662 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5518  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.92 
 
 
662 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4754  Fis family proprionate catabolism activator  40.92 
 
 
662 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.574647  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1807  PAS:helix-turn-helix, Fis-type:propionate catabolism activator, N-terminal  43.42 
 
 
663 aa  274  4.0000000000000004e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.306478  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.61 
 
 
636 aa  273  4.0000000000000004e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1588  putative PAS/PAC sensor protein  43.87 
 
 
633 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00103997  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.01 
 
 
643 aa  269  1e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2190  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  43.12 
 
 
735 aa  268  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2790  sigma-54 dependent sensory box protein  45.37 
 
 
650 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1204  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.5 
 
 
676 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000134686  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36000  propionate catabolism operon regulator  42.16 
 
 
473 aa  266  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0249569  hitchhiker  0.000000000000235786 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5404  proprionate catabolism activator, Fis family  41.83 
 
 
678 aa  263  8e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000463562  normal  0.497573 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2144  propionate catabolism operon regulatory protein  42.21 
 
 
694 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.461711  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1871  propionate catabolism operon regulatory protein  42.82 
 
 
694 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0287  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  42.82 
 
 
694 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1167  propionate catabolism operon regulatory protein  42.82 
 
 
686 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0880  propionate catabolism operon regulatory protein  42.82 
 
 
694 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1734  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  42.49 
 
 
697 aa  260  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1966  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.94 
 
 
628 aa  260  4e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0381  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  42.17 
 
 
703 aa  259  7e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.385394  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3582  Fis family proprionate catabolism activator  43.65 
 
 
681 aa  257  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.181537  normal  0.0169262 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.28 
 
 
687 aa  253  6e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2861  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.12 
 
 
690 aa  253  7e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  40.76 
 
 
662 aa  253  8.000000000000001e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0957  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40 
 
 
690 aa  252  1e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.3 
 
 
594 aa  252  1e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4297  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.3 
 
 
690 aa  251  2e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4277  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.12 
 
 
704 aa  251  2e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.73 
 
 
453 aa  250  4e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4239  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.3 
 
 
690 aa  250  4e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.931391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4072  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.3 
 
 
690 aa  250  4e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3910  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.3 
 
 
690 aa  250  4e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.267937  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3919  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.3 
 
 
690 aa  250  4e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.346796  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4389  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.3 
 
 
690 aa  250  4e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4187  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.3 
 
 
690 aa  250  4e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000332878 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4008  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.12 
 
 
690 aa  250  5e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0585  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.5 
 
 
687 aa  249  8e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2848  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.02 
 
 
553 aa  248  1e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0615513  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.02 
 
 
553 aa  249  1e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.28 
 
 
467 aa  249  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  40.06 
 
 
455 aa  248  1e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.97 
 
 
558 aa  248  2e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000345974 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2392  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  43.81 
 
 
652 aa  248  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003850  putative transcription regulator TxR  44.77 
 
 
317 aa  247  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0545845  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.47 
 
 
453 aa  246  6e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.72 
 
 
553 aa  246  9e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.43 
 
 
461 aa  246  9e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1129  sigma-54 dependent response regulator  41.9 
 
 
484 aa  245  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.72 
 
 
553 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  41.72 
 
 
553 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2639  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.41 
 
 
553 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017271  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.42 
 
 
703 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.78 
 
 
688 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  41.43 
 
 
461 aa  244  3e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.43 
 
 
461 aa  244  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  41.43 
 
 
461 aa  244  3e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3097  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.96 
 
 
427 aa  244  3e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.43 
 
 
461 aa  244  3e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  40.17 
 
 
671 aa  244  3e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1066  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.08 
 
 
442 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.41 
 
 
553 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.41 
 
 
553 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.41 
 
 
553 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1107  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.08 
 
 
442 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248973 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.43 
 
 
461 aa  243  5e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0515  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.14 
 
 
623 aa  243  6e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1264  Fis family transcriptional regulator  42.46 
 
 
582 aa  243  7e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.645748  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.21 
 
 
482 aa  243  7.999999999999999e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>