More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003850 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003850  putative transcription regulator TxR  100 
 
 
317 aa  652    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0545845  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1645  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.16 
 
 
456 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.2 
 
 
454 aa  293  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1776  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.84 
 
 
456 aa  292  6e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1418  response regulator receiver protein  47.97 
 
 
447 aa  287  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.114551 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.2 
 
 
454 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0527  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.42 
 
 
454 aa  281  9e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2172  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.67 
 
 
463 aa  276  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.34 
 
 
458 aa  272  7e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.34 
 
 
458 aa  272  7e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.34 
 
 
458 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.48 
 
 
441 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1940  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.41 
 
 
455 aa  270  2e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525901  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  46.58 
 
 
448 aa  270  2e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2330  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
466 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.71 
 
 
464 aa  269  4e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.71 
 
 
464 aa  269  5e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0074  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.45 
 
 
631 aa  269  5e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.384971  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0700  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.41 
 
 
448 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.219431 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  42.27 
 
 
455 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2769  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.85 
 
 
441 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.3551  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.6 
 
 
441 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.86 
 
 
441 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.1 
 
 
441 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1911  two component sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.07 
 
 
446 aa  265  7e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2087  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.01 
 
 
451 aa  264  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.812028  normal  0.0926911 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.93 
 
 
455 aa  264  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139659  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1807  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.45 
 
 
454 aa  264  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0850  two component Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 
462 aa  264  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0670  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.61 
 
 
453 aa  263  2e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39360  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.08 
 
 
442 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.718088 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1807  two component Fis family transcriptional regulator  45.82 
 
 
440 aa  263  4e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2324  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.46 
 
 
466 aa  262  4e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0534699  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.04 
 
 
463 aa  260  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2443  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.69 
 
 
454 aa  261  2e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.22 
 
 
466 aa  259  3e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.31 
 
 
454 aa  259  3e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4907  putative response regulator in two-component reguatory system, sigma54 dependent transcriptional regulator  46.53 
 
 
452 aa  259  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.412473 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.54 
 
 
467 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0965  two-component response regulator PilR  44.98 
 
 
446 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.25964  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0498  Fis family transcriptional regulator  44.19 
 
 
503 aa  258  9e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0650  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.03 
 
 
462 aa  258  9e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614366  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.23 
 
 
448 aa  258  9e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.21 
 
 
448 aa  258  1e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0037  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.03 
 
 
462 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0812  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.03 
 
 
462 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2883  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.03 
 
 
462 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.71369  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3956  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.64 
 
 
455 aa  258  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.382581 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0636  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.03 
 
 
462 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2505  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.03 
 
 
462 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.988486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2202  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.03 
 
 
443 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0673896  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5813  Fis family sigma54 specific transcriptional regulator  43.75 
 
 
500 aa  257  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4157  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.89 
 
 
463 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.89 
 
 
463 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4209  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.89 
 
 
463 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604018  normal  0.226619 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.59 
 
 
454 aa  257  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4396  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.23 
 
 
463 aa  256  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0978866  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1186  putative sigma-54 interacting transcription regulator protein  43.42 
 
 
458 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.32993 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0732  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.92 
 
 
455 aa  256  3e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1332  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.71 
 
 
439 aa  256  3e-67  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2258  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.84 
 
 
493 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196111  decreased coverage  0.00780005 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4106  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.56 
 
 
463 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257345  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.09 
 
 
448 aa  256  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3104  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.33 
 
 
448 aa  256  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.56 
 
 
463 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0660545  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.37 
 
 
458 aa  256  5e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0291  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.41 
 
 
444 aa  255  5e-67  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00612417  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0214  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.49 
 
 
455 aa  256  5e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.662344 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.84 
 
 
496 aa  255  6e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.390992  normal  0.167887 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4903  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.69 
 
 
493 aa  255  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.601565  hitchhiker  0.00038265 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4525  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.84 
 
 
496 aa  255  6e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.84 
 
 
478 aa  255  6e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00683049  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0526  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.03 
 
 
462 aa  255  7e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888522  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0659  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.79 
 
 
458 aa  255  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1122  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.42 
 
 
457 aa  255  8e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0848  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.67 
 
 
437 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0592297  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  42.02 
 
 
549 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1017  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.37 
 
 
482 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3738  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.36 
 
 
490 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.239334  normal  0.543617 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1809  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.56 
 
 
463 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1105  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.99 
 
 
475 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.926771  normal  0.835973 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.9 
 
 
470 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5563  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.36 
 
 
490 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1030  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.09 
 
 
457 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255246  normal  0.215891 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1114  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.83 
 
 
501 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1756  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.31 
 
 
450 aa  253  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.562134  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2588  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.82 
 
 
351 aa  253  3e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.51 
 
 
460 aa  253  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5417  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.88 
 
 
478 aa  253  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.938631 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5314  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.88 
 
 
502 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.213298  hitchhiker  0.00230622 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2958  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.37 
 
 
472 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.15472  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3295  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.97 
 
 
452 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60260  two-component response regulator PilR  43.33 
 
 
445 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000831057 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.22 
 
 
457 aa  252  5.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1063  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.63 
 
 
471 aa  252  5.000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1183  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.83 
 
 
481 aa  252  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.58 
 
 
448 aa  252  6e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5337  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.89 
 
 
473 aa  252  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.49 
 
 
457 aa  252  7e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5187  two-component response regulator PilR  44.48 
 
 
445 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>