More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1911 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_1911  two component sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
446 aa  927    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2172  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.39 
 
 
463 aa  451  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1017  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.6 
 
 
482 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1679  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  47.67 
 
 
461 aa  405  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0898  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.44 
 
 
461 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0964  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.35 
 
 
465 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2834  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.44 
 
 
461 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2524  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.44 
 
 
461 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0383  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  47.44 
 
 
461 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.29436  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0498  Fis family transcriptional regulator  49.16 
 
 
503 aa  398  9.999999999999999e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2947  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  47.44 
 
 
461 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18168  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4198  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.1 
 
 
465 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0250  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.44 
 
 
461 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.1 
 
 
465 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.332951  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0605  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.1 
 
 
465 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180483  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0960  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.35 
 
 
465 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.1 
 
 
465 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2896  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.44 
 
 
461 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662381  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2219  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.63 
 
 
462 aa  395  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0787  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.92 
 
 
464 aa  391  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0509974 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.16 
 
 
496 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.390992  normal  0.167887 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2258  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.26 
 
 
493 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196111  decreased coverage  0.00780005 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4525  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.16 
 
 
496 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0783  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.12 
 
 
495 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.301138  normal  0.0118042 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2955  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.17 
 
 
464 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.483673  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1029  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.92 
 
 
464 aa  383  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5342  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.82 
 
 
454 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.16 
 
 
478 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00683049  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4903  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.95 
 
 
493 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.601565  hitchhiker  0.00038265 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5417  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.91 
 
 
478 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.938631 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5563  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.71 
 
 
490 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.92 
 
 
463 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4106  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.32 
 
 
463 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257345  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5314  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.2 
 
 
502 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.213298  hitchhiker  0.00230622 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3738  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.71 
 
 
490 aa  378  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.239334  normal  0.543617 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0877  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.35 
 
 
473 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454149 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1809  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.95 
 
 
463 aa  378  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0936  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  43.88 
 
 
476 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.266088  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4396  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.32 
 
 
463 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0978866  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4157  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.92 
 
 
463 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.32 
 
 
463 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0660545  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4209  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.92 
 
 
463 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604018  normal  0.226619 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0636  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.22 
 
 
462 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2202  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.22 
 
 
443 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0673896  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0037  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.22 
 
 
462 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0812  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.22 
 
 
462 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.7 
 
 
441 aa  375  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2883  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.22 
 
 
462 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.71369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0650  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.22 
 
 
462 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614366  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2505  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.22 
 
 
462 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.988486  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0732  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.84 
 
 
455 aa  374  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2769  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.35 
 
 
441 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.3551  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2963  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.83 
 
 
522 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0352623  normal  0.718149 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1183  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.45 
 
 
479 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.167221  normal  0.634355 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.97 
 
 
441 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.14 
 
 
457 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.483899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.97 
 
 
441 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.2 
 
 
441 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1021  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.83 
 
 
464 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100583  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4207  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.62 
 
 
477 aa  372  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0526  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.98 
 
 
462 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888522  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3540  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.02 
 
 
465 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.4661  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39360  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.92 
 
 
442 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.718088 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5456  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.27 
 
 
473 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.373718  normal  0.24303 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5813  Fis family sigma54 specific transcriptional regulator  47.76 
 
 
500 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3777  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.54 
 
 
473 aa  364  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0128705 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4827  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.02 
 
 
465 aa  363  4e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115384  normal  0.224381 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0386  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  45.63 
 
 
597 aa  362  9e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.857446  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0245  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  45.63 
 
 
607 aa  361  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0902  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  45.63 
 
 
607 aa  362  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2529  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  45.63 
 
 
619 aa  361  1e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2901  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.63 
 
 
624 aa  361  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.413973  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2951  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  45.63 
 
 
486 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21551  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2841  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.63 
 
 
486 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1675  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  46.23 
 
 
629 aa  359  7e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1030  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
457 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255246  normal  0.215891 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1122  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
457 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.82 
 
 
457 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5337  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.7 
 
 
473 aa  355  6.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1186  putative sigma-54 interacting transcription regulator protein  49.19 
 
 
458 aa  354  1e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.32993 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0604  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.42 
 
 
459 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109606  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0659  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.61 
 
 
458 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.46 
 
 
455 aa  348  8e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139659  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4130  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.48 
 
 
446 aa  342  7e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171809 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1807  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.26 
 
 
454 aa  338  8e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2324  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.23 
 
 
466 aa  335  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0534699  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  45.78 
 
 
445 aa  335  1e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2443  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.72 
 
 
454 aa  335  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1940  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.82 
 
 
455 aa  334  2e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525901  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1776  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.45 
 
 
456 aa  332  1e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.4 
 
 
467 aa  329  6e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1645  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.78 
 
 
456 aa  327  3e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2087  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.83 
 
 
451 aa  325  9e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.812028  normal  0.0926911 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0850  two component Fis family transcriptional regulator  40.32 
 
 
462 aa  324  2e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.04 
 
 
458 aa  324  2e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.27 
 
 
463 aa  323  3e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0950  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.3 
 
 
458 aa  322  8e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00130546  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2195  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.62 
 
 
456 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.28 
 
 
454 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2958  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.6 
 
 
472 aa  319  6e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.15472  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>