More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3438 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3438  putative secretion protein HlyD precursor  100 
 
 		 399 aa  787    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0583205  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5375  HlyD family secretion protein  70.29 
 
 		 399 aa  510  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.288749  normal  0.0889869 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1940  secretion protein HlyD  46.79 
 
 		 395 aa  311  9e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.345824  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4266  RND family efflux transporter MFP subunit  42.45 
 
 		 407 aa  276  6e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0218  hypothetical protein  40.61 
 
 		 392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2304  RND family efflux transporter MFP subunit  41.5 
 
 		 396 aa  266  4e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2069  HlyD family secretion protein  44 
 
 		 404 aa  266  4e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.473909 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0326  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.5 
 
 		 438 aa  261  2e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.856716 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0078  putative secretion protein HlyD  38.05 
 
 		 409 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2204  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 411 aa  249  6e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311908 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.35 
 
 		 419 aa  242  7e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.11 
 
 		 390 aa  241  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.2 
 
 		 396 aa  241  2e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153552  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1702  secretion protein HlyD  39.35 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16483  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.35 
 
 		 389 aa  237  3e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00968103 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2959  RND family efflux transporter MFP subunit  42.86 
 
 		 393 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1581  secretion protein HlyD  40.26 
 
 		 396 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0301644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1054  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.32 
 
 		 400 aa  231  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.153115  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.71 
 
 		 387 aa  228  1e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000959286  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1507  RND family efflux transporter MFP subunit  37.3 
 
 		 393 aa  222  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.679392  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1419  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.23 
 
 		 387 aa  218  1e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.267588  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1123  secretion protein HlyD  36.95 
 
 		 401 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.18847  normal  0.38508 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1916  RND family efflux transporter MFP subunit  36.73 
 
 		 401 aa  215  9.999999999999999e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0064  RND family efflux transporter MFP subunit  39.55 
 
 		 522 aa  206  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1011  RND family efflux transporter MFP subunit  35.2 
 
 		 402 aa  206  8e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2283  RND family efflux transporter MFP subunit  35.62 
 
 		 398 aa  202  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181226  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0300  RND family efflux transporter MFP subunit  38.79 
 
 		 407 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3585  RND family efflux transporter MFP subunit  38.94 
 
 		 389 aa  199  7e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4211  RND family efflux transporter MFP subunit  40.59 
 
 		 398 aa  199  9e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.342556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1573  RND family efflux transporter MFP subunit  39.78 
 
 		 399 aa  199  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4499  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.43 
 
 		 391 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345717  normal  0.0635316 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.43 
 
 		 391 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.122634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5171  secretion protein HlyD  35.36 
 
 		 395 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.345793  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6250  RND family efflux transporter MFP subunit  35.47 
 
 		 388 aa  186  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.45 
 
 		 393 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2658  secretion protein HlyD  46.91 
 
 		 393 aa  166  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.253454  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2749  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.94 
 
 		 393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.130988  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  27.05 
 
 		 392 aa  102  9e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 		 391 aa  99.8  7e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1147  RND family efflux transporter MFP subunit  33.85 
 
 		 395 aa  94.4  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2872  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.95 
 
 		 387 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 		 431 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 		 379 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  25.92 
 
 		 431 aa  75.1  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.79 
 
 		 416 aa  72.8  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2586  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.77 
 
 		 388 aa  71.6  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000121955  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.71 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0019  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 		 382 aa  70.5  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  24.54 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  24.54 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  24.54 
 
 		 370 aa  68.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.37 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.17 
 
 		 377 aa  67.4  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.4 
 
 		 421 aa  66.6  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.4 
 
 		 421 aa  66.2  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 461 aa  66.6  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0775  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.41 
 
 		 479 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.48 
 
 		 438 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 		 438 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  24.7 
 
 		 364 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  25.99 
 
 		 418 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.91 
 
 		 438 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  25.82 
 
 		 461 aa  64.3  0.000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.83 
 
 		 417 aa  63.9  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  23.41 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.59 
 
 		 377 aa  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  30.26 
 
 		 385 aa  62.8  0.000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.36 
 
 		 388 aa  62.8  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5198  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 426 aa  62.8  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 414 aa  62  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  29.29 
 
 		 396 aa  61.6  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.88 
 
 		 426 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.53 
 
 		 476 aa  61.2  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  25.19 
 
 		 372 aa  60.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  27.41 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  23.85 
 
 		 376 aa  60.1  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.77 
 
 		 369 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.355185  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  25.19 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 396 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  25.19 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  25.21 
 
 		 416 aa  58.9  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2481  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 		 367 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.13 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00314415  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  25.45 
 
 		 372 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  23.91 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  25.19 
 
 		 372 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  24.84 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3760  secretion protein HlyD  23.89 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.196565 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.65 
 
 		 412 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.44 
 
 		 393 aa  57.4  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  22.42 
 
 		 373 aa  57.8  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.56 
 
 		 398 aa  57.4  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.33 
 
 		 372 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460897  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.74 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.22 
 
 		 435 aa  57.4  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1045  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 397 aa  57  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  25.07 
 
 		 418 aa  57.4  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.39 
 
 		 349 aa  57  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  23.91 
 
 		 427 aa  56.6  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>