More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1940 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1940  secretion protein HlyD  100 
 
 
395 aa  783    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.345824  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4266  RND family efflux transporter MFP subunit  51.29 
 
 
407 aa  372  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2304  RND family efflux transporter MFP subunit  47.31 
 
 
396 aa  335  9e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3438  putative secretion protein HlyD precursor  46.19 
 
 
399 aa  315  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0583205  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2069  HlyD family secretion protein  48.28 
 
 
404 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.473909 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5375  HlyD family secretion protein  46.3 
 
 
399 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.288749  normal  0.0889869 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0218  hypothetical protein  38.61 
 
 
392 aa  259  8e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1011  RND family efflux transporter MFP subunit  40.46 
 
 
402 aa  243  5e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1581  secretion protein HlyD  40.51 
 
 
396 aa  238  2e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0301644  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.9 
 
 
390 aa  233  5e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1702  secretion protein HlyD  38.5 
 
 
398 aa  228  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16483  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.46 
 
 
396 aa  223  6e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153552  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.58 
 
 
387 aa  222  8e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000959286  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2959  RND family efflux transporter MFP subunit  40.53 
 
 
393 aa  219  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1054  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.9 
 
 
400 aa  218  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.153115  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2204  RND family efflux transporter MFP subunit  37.63 
 
 
411 aa  217  2.9999999999999998e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0311908 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1507  RND family efflux transporter MFP subunit  36.02 
 
 
393 aa  216  4e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.679392  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.2 
 
 
389 aa  216  5e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00968103 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.92 
 
 
419 aa  216  5e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0078  putative secretion protein HlyD  35.75 
 
 
409 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5171  secretion protein HlyD  37.93 
 
 
395 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.345793  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2283  RND family efflux transporter MFP subunit  36.07 
 
 
398 aa  216  8e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181226  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1419  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.28 
 
 
387 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.267588  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1123  secretion protein HlyD  36.06 
 
 
401 aa  211  2e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.18847  normal  0.38508 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0064  RND family efflux transporter MFP subunit  38.37 
 
 
522 aa  211  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0326  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.93 
 
 
438 aa  210  3e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.856716 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.57 
 
 
391 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.122634  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4499  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.57 
 
 
391 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345717  normal  0.0635316 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0300  RND family efflux transporter MFP subunit  37.28 
 
 
407 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6250  RND family efflux transporter MFP subunit  35.47 
 
 
388 aa  206  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1573  RND family efflux transporter MFP subunit  37.63 
 
 
399 aa  202  8e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1916  RND family efflux transporter MFP subunit  34.01 
 
 
401 aa  197  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3585  RND family efflux transporter MFP subunit  37.47 
 
 
389 aa  197  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4211  RND family efflux transporter MFP subunit  37.7 
 
 
398 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.342556  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2658  secretion protein HlyD  43.88 
 
 
393 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.253454  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2749  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.33 
 
 
393 aa  166  9e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.130988  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.81 
 
 
393 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.66 
 
 
391 aa  111  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2872  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 
387 aa  94.7  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1147  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 
395 aa  91.7  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  26.19 
 
 
392 aa  87.4  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.47 
 
 
416 aa  82.8  0.000000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1184  secretion protein HlyD  26.68 
 
 
396 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.26 
 
 
413 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.65 
 
 
442 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00314415  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1985  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.69 
 
 
429 aa  75.1  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.19 
 
 
357 aa  73.6  0.000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3461  secretion protein HlyD  24.17 
 
 
384 aa  72.8  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1045  RND family efflux transporter MFP subunit  26.59 
 
 
397 aa  69.3  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  23.32 
 
 
607 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2217  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.59 
 
 
356 aa  68.2  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0743158  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2837  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 
406 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0025637 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  25.09 
 
 
418 aa  68.6  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  26.03 
 
 
456 aa  68.6  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  24.1 
 
 
431 aa  68.6  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.97 
 
 
462 aa  67.4  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.74 
 
 
387 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.49 
 
 
435 aa  67  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 
397 aa  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  24.94 
 
 
414 aa  64.7  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.14 
 
 
414 aa  64.3  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  25.75 
 
 
455 aa  62.4  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  23.16 
 
 
431 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 
476 aa  62.8  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.74 
 
 
377 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.158537  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2586  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.14 
 
 
388 aa  62.8  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000121955  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.22 
 
 
438 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.4 
 
 
407 aa  61.6  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 
421 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 
421 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2524  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 
424 aa  61.6  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.283395  normal  0.0763035 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1206  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 
385 aa  60.8  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.02 
 
 
379 aa  60.8  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  23.98 
 
 
438 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.41 
 
 
397 aa  60.1  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1295  efflux protein  25.53 
 
 
405 aa  59.7  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  23.8 
 
 
364 aa  58.9  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 
417 aa  59.3  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255605  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.2 
 
 
380 aa  59.3  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 
380 aa  58.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2603  secretion protein HlyD  24.46 
 
 
389 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22725  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  24.81 
 
 
391 aa  58.5  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  22.13 
 
 
380 aa  58.5  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2977  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 
401 aa  58.9  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.540318  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 
414 aa  57.8  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  25.26 
 
 
390 aa  58.2  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.23 
 
 
440 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2072  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.78 
 
 
379 aa  57.8  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.7 
 
 
478 aa  57.4  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2214  secretion protein HlyD  24.35 
 
 
382 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000155205  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2446  secretion protein HlyD  26.51 
 
 
331 aa  56.6  0.0000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0391443  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1504  secretion protein HlyD family protein  23.87 
 
 
403 aa  55.5  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1673  secretion protein HlyD  24.94 
 
 
396 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.801945 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1221  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.14 
 
 
427 aa  56.2  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  26.83 
 
 
343 aa  55.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  24.92 
 
 
328 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.74 
 
 
426 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  22.52 
 
 
394 aa  55.1  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0871  secretion protein HlyD  25.43 
 
 
406 aa  55.5  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.75327  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  22.42 
 
 
400 aa  55.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>