More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0078 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009475  BBta_p0078  putative secretion protein HlyD  100 
 
 
409 aa  817    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2283  RND family efflux transporter MFP subunit  43.31 
 
 
398 aa  284  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181226  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2204  RND family efflux transporter MFP subunit  40.19 
 
 
411 aa  258  2e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0311908 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3438  putative secretion protein HlyD precursor  38.17 
 
 
399 aa  257  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0583205  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0300  RND family efflux transporter MFP subunit  44.58 
 
 
407 aa  248  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5375  HlyD family secretion protein  37.47 
 
 
399 aa  244  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.288749  normal  0.0889869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2304  RND family efflux transporter MFP subunit  39.2 
 
 
396 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1054  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.32 
 
 
400 aa  233  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.153115  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1581  secretion protein HlyD  39.9 
 
 
396 aa  232  8.000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0301644  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0326  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.05 
 
 
438 aa  226  4e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.856716 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.14 
 
 
419 aa  225  8e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1011  RND family efflux transporter MFP subunit  36.54 
 
 
402 aa  223  4.9999999999999996e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4266  RND family efflux transporter MFP subunit  36.66 
 
 
407 aa  221  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1940  secretion protein HlyD  35.86 
 
 
395 aa  220  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.345824  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0218  hypothetical protein  33.84 
 
 
392 aa  219  6e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.04 
 
 
390 aa  218  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1702  secretion protein HlyD  36.83 
 
 
398 aa  216  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16483  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.87 
 
 
396 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153552  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1419  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.77 
 
 
387 aa  207  3e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.267588  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1916  RND family efflux transporter MFP subunit  35.86 
 
 
401 aa  204  2e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1123  secretion protein HlyD  37.86 
 
 
401 aa  203  4e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.18847  normal  0.38508 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1507  RND family efflux transporter MFP subunit  36.81 
 
 
393 aa  203  5e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.679392  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.17 
 
 
389 aa  201  3e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00968103 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2069  HlyD family secretion protein  37.69 
 
 
404 aa  200  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.473909 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5171  secretion protein HlyD  38.32 
 
 
395 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.345793  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3585  RND family efflux transporter MFP subunit  37.07 
 
 
389 aa  199  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2959  RND family efflux transporter MFP subunit  37.43 
 
 
393 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4211  RND family efflux transporter MFP subunit  37.43 
 
 
398 aa  197  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.342556  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.64 
 
 
387 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000959286  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1573  RND family efflux transporter MFP subunit  37.17 
 
 
399 aa  195  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.34 
 
 
391 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.122634  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4499  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.34 
 
 
391 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345717  normal  0.0635316 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6250  RND family efflux transporter MFP subunit  35.06 
 
 
388 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0064  RND family efflux transporter MFP subunit  35.33 
 
 
522 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.2 
 
 
393 aa  162  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2658  secretion protein HlyD  43.59 
 
 
393 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.253454  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2749  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.15 
 
 
393 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.130988  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.17 
 
 
391 aa  111  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1147  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 
395 aa  105  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2217  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.93 
 
 
356 aa  90.5  5e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0743158  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  26.19 
 
 
392 aa  86.3  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3834  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 
383 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3851  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 
383 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1919  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 
383 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2685  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 
383 aa  84.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.133522  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1045  RND family efflux transporter MFP subunit  26.29 
 
 
397 aa  84  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.22 
 
 
435 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1251  RND family efflux transporter MFP subunit  25.14 
 
 
383 aa  82.4  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0652431  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  30.67 
 
 
419 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  25.66 
 
 
431 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2872  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 
387 aa  79  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.77 
 
 
416 aa  78.6  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3461  secretion protein HlyD  26.43 
 
 
384 aa  75.9  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2877  secretion protein HlyD  23.72 
 
 
383 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1361  RND efflux membrane protein  25.07 
 
 
383 aa  75.5  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 
455 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  25.18 
 
 
372 aa  73.2  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2837  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 
406 aa  72.8  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0025637 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 
426 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0871  secretion protein HlyD  25.41 
 
 
406 aa  72.8  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.75327  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.1 
 
 
453 aa  72.4  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.53 
 
 
384 aa  71.6  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 
442 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.28 
 
 
378 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0357289  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  25.54 
 
 
366 aa  70.5  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  25.43 
 
 
372 aa  70.1  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  25.08 
 
 
371 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  25.08 
 
 
371 aa  70.1  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  25.08 
 
 
371 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  25.08 
 
 
371 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  25.08 
 
 
371 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  25.43 
 
 
372 aa  70.1  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  24.76 
 
 
371 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.76 
 
 
371 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  24.76 
 
 
371 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.72 
 
 
388 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 
410 aa  68.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  24.76 
 
 
371 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1834  RND family efflux transporter MFP subunit  25.31 
 
 
383 aa  67.8  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.41663  normal  0.322468 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  25.18 
 
 
372 aa  67.4  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.96 
 
 
413 aa  67  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  24.92 
 
 
431 aa  67  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 
383 aa  66.2  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  29.82 
 
 
343 aa  66.2  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.48 
 
 
414 aa  65.5  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.09 
 
 
377 aa  65.5  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  25.42 
 
 
384 aa  65.1  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  29.41 
 
 
396 aa  65.1  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2586  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 
388 aa  64.7  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000121955  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.82 
 
 
478 aa  64.7  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  24.69 
 
 
372 aa  64.7  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  29.94 
 
 
348 aa  63.9  0.000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1925  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.81 
 
 
396 aa  64.3  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.588537  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  22.78 
 
 
461 aa  63.9  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.93 
 
 
377 aa  63.5  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  24.72 
 
 
456 aa  63.5  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  27.06 
 
 
478 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 
478 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 
472 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  26.8 
 
 
392 aa  62.8  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>