More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4367 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 391 aa  780    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.122634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4499  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 391 aa  780    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345717  normal  0.0635316 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6250  RND family efflux transporter MFP subunit  65.71 
 
 		 388 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0064  RND family efflux transporter MFP subunit  69.08 
 
 		 522 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.65 
 
 		 387 aa  282  6.000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000959286  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1419  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.65 
 
 		 387 aa  281  1e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.267588  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.76 
 
 		 389 aa  278  1e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00968103 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.77 
 
 		 390 aa  265  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5171  secretion protein HlyD  42.39 
 
 		 395 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.345793  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1054  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.51 
 
 		 400 aa  258  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.153115  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1507  RND family efflux transporter MFP subunit  38.34 
 
 		 393 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.679392  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2304  RND family efflux transporter MFP subunit  40.55 
 
 		 396 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1940  secretion protein HlyD  37.37 
 
 		 395 aa  224  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.345824  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2204  RND family efflux transporter MFP subunit  40.57 
 
 		 411 aa  223  4e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311908 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3585  RND family efflux transporter MFP subunit  38.05 
 
 		 389 aa  223  4e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2283  RND family efflux transporter MFP subunit  39.08 
 
 		 398 aa  222  8e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181226  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5375  HlyD family secretion protein  38.17 
 
 		 399 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.288749  normal  0.0889869 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.39 
 
 		 396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153552  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1123  secretion protein HlyD  36.16 
 
 		 401 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.18847  normal  0.38508 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1702  secretion protein HlyD  37.1 
 
 		 398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16483  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1581  secretion protein HlyD  38.81 
 
 		 396 aa  211  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0301644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.73 
 
 		 419 aa  210  4e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1916  RND family efflux transporter MFP subunit  37.43 
 
 		 401 aa  210  4e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0326  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.73 
 
 		 438 aa  209  5e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.856716 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1011  RND family efflux transporter MFP subunit  36.84 
 
 		 402 aa  209  8e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4266  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 407 aa  207  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3438  putative secretion protein HlyD precursor  37.29 
 
 		 399 aa  207  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0583205  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0218  hypothetical protein  32.98 
 
 		 392 aa  197  3e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2069  HlyD family secretion protein  37.43 
 
 		 404 aa  196  7e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.473909 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0078  putative secretion protein HlyD  35.06 
 
 		 409 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1573  RND family efflux transporter MFP subunit  37.13 
 
 		 399 aa  186  6e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0300  RND family efflux transporter MFP subunit  37.1 
 
 		 407 aa  182  7e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2959  RND family efflux transporter MFP subunit  37.57 
 
 		 393 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4211  RND family efflux transporter MFP subunit  37.33 
 
 		 398 aa  173  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.342556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2658  secretion protein HlyD  39.49 
 
 		 393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.253454  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2749  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.14 
 
 		 393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.130988  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.63 
 
 		 393 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.4 
 
 		 391 aa  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  26.59 
 
 		 392 aa  104  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2872  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.91 
 
 		 387 aa  94.4  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1147  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 395 aa  89  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.4 
 
 		 435 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  24.26 
 
 		 407 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  26.61 
 
 		 360 aa  84  0.000000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.12 
 
 		 377 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2837  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 		 406 aa  80.5  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0025637 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  23.53 
 
 		 431 aa  79  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  24.24 
 
 		 370 aa  78.2  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.37 
 
 		 380 aa  77.8  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  23.99 
 
 		 370 aa  76.6  0.0000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  23.99 
 
 		 370 aa  76.6  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  25.63 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  23.73 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  26.38 
 
 		 378 aa  74.7  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  22.34 
 
 		 431 aa  73.9  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0644  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.75 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0200148  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  25.61 
 
 		 400 aa  73.6  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2586  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.38 
 
 		 388 aa  73.2  0.000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000121955  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  19.94 
 
 		 397 aa  73.2  0.000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  21.17 
 
 		 394 aa  72.4  0.00000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23 
 
 		 416 aa  71.6  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  26.06 
 
 		 390 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  25.8 
 
 		 408 aa  71.2  0.00000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 407 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  26.41 
 
 		 380 aa  71.2  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  25.8 
 
 		 408 aa  70.9  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 409 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3461  secretion protein HlyD  27.37 
 
 		 384 aa  69.7  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  24.61 
 
 		 371 aa  69.7  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.03 
 
 		 430 aa  69.7  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  24.61 
 
 		 371 aa  69.7  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.61 
 
 		 371 aa  69.7  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1312  RND efflux transporter  23.65 
 
 		 401 aa  69.7  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130358  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  23.51 
 
 		 390 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25.28 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  24.61 
 
 		 371 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  24.61 
 
 		 371 aa  69.3  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  24.61 
 
 		 371 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  24.61 
 
 		 371 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2316  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.04 
 
 		 379 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.144925 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  21.76 
 
 		 396 aa  68.6  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3839  secretion protein HlyD  23.81 
 
 		 439 aa  68.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  24.61 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.71 
 
 		 410 aa  68.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2754  RND efflux transporter  23.65 
 
 		 401 aa  68.9  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1423  RND family efflux transporter MFP subunit  23.65 
 
 		 401 aa  68.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.64 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  24.61 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  24.8 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.04 
 
 		 407 aa  68.2  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  23.43 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  22.84 
 
 		 429 aa  67.4  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  25.45 
 
 		 414 aa  67  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  25.82 
 
 		 405 aa  67  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  23.27 
 
 		 464 aa  67.4  0.0000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.98 
 
 		 392 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0739  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.55 
 
 		 362 aa  66.6  0.0000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.941037  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.16 
 
 		 432 aa  66.2  0.0000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  25.38 
 
 		 449 aa  66.6  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>