More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3191 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  643    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  99.64 
 
 		 281 aa  570  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 277 aa  562  1.0000000000000001e-159  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  76.53 
 
 		 279 aa  420  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  74.73 
 
 		 279 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  72.92 
 
 		 279 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  73.29 
 
 		 280 aa  397  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  72.92 
 
 		 279 aa  383  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 274 aa  251  2e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  43.64 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  40.71 
 
 		 285 aa  194  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 272 aa  185  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 272 aa  172  9e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  33.82 
 
 		 283 aa  169  5e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  34.32 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 303 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 280 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 313 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 283 aa  133  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  32.48 
 
 		 272 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 281 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 282 aa  99  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 294 aa  92.8  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25.36 
 
 		 287 aa  89.4  7e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  22.49 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 289 aa  87  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  29.1 
 
 		 282 aa  86.3  6e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.37 
 
 		 334 aa  82.8  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  25.93 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  26.33 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  25.09 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  25.98 
 
 		 285 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  24.07 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  22.52 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  22.52 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2832  RpiR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.233384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4675  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 336 aa  72.4  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0109313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 293 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 293 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 293 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 293 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 293 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  24.16 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  22.47 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  25.81 
 
 		 279 aa  71.6  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 266 aa  70.9  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  21.48 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  23.37 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  22.14 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 280 aa  69.3  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  22.47 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  29.8 
 
 		 284 aa  68.6  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  23.28 
 
 		 282 aa  68.9  0.0000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  24.61 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  23.26 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  24.82 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  22.69 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 269 aa  67  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  24.71 
 
 		 297 aa  67  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 266 aa  67  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  27.03 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  23.57 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  23.9 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  23.29 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  21.97 
 
 		 277 aa  65.9  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 285 aa  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  21.37 
 
 		 282 aa  65.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 286 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  25.6 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  23.9 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  24.9 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  23.84 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  25.29 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>