More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3619 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  585  1e-166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  52.98 
 
 		 286 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 293 aa  186  5e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 293 aa  185  8e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 306 aa  185  9e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  36.8 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  36.8 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.94 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 290 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 291 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.57 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  37.66 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 291 aa  148  9e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 321 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 287 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 287 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 296 aa  134  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 295 aa  128  9.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 386 aa  125  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 305 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 291 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  28.4 
 
 		 313 aa  113  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 296 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45050  Transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 296 aa  102  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 288 aa  102  8e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 288 aa  102  9e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 292 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 288 aa  102  9e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5127  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153016  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 328 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  30.8 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>