More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5931 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
190 aa  375  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  90.37 
 
 
187 aa  338  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  88.95 
 
 
190 aa  337  5.9999999999999996e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  89.47 
 
 
190 aa  336  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  85.56 
 
 
187 aa  323  8.000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  91.33 
 
 
173 aa  318  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  89.6 
 
 
173 aa  310  7.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  87.86 
 
 
173 aa  308  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  88.44 
 
 
173 aa  308  2.9999999999999997e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  87.28 
 
 
173 aa  305  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  70.72 
 
 
182 aa  258  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  44.32 
 
 
217 aa  164  6.9999999999999995e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  43.62 
 
 
232 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  44.81 
 
 
225 aa  157  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  44.51 
 
 
224 aa  157  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  43.58 
 
 
227 aa  148  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  44.69 
 
 
234 aa  147  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  42.33 
 
 
201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  43.58 
 
 
227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  44.13 
 
 
219 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  43.65 
 
 
219 aa  139  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  38.59 
 
 
198 aa  139  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  38.83 
 
 
201 aa  138  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  38.83 
 
 
201 aa  137  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  38.83 
 
 
201 aa  137  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  38.71 
 
 
215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  38.07 
 
 
210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
208 aa  116  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 
213 aa  115  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 
197 aa  112  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  35.56 
 
 
230 aa  112  3e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  35.75 
 
 
209 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  35.75 
 
 
197 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.2 
 
 
201 aa  110  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 
220 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  35.39 
 
 
218 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 
200 aa  109  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 
215 aa  103  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  32.78 
 
 
198 aa  103  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  32.96 
 
 
212 aa  100  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  35.91 
 
 
233 aa  92  4e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  28.49 
 
 
183 aa  90.5  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  34.81 
 
 
219 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  34.81 
 
 
219 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  34.81 
 
 
219 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  34.81 
 
 
222 aa  89  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.27 
 
 
188 aa  89  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  34.64 
 
 
222 aa  89  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 
187 aa  88.6  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.27 
 
 
188 aa  88.6  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.24 
 
 
211 aa  88.2  7e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  29.57 
 
 
187 aa  88.2  7e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  29.89 
 
 
196 aa  87  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  28.49 
 
 
187 aa  86.3  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  32.26 
 
 
197 aa  86.3  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  33.95 
 
 
180 aa  85.9  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 
187 aa  84.7  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  28.04 
 
 
198 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  28.88 
 
 
184 aa  82  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 
199 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 
199 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  28.42 
 
 
196 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 
187 aa  78.2  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  29.52 
 
 
179 aa  78.2  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  27.03 
 
 
188 aa  77.8  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  34.32 
 
 
192 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  34.32 
 
 
192 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.11 
 
 
189 aa  77  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
193 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 
197 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  30.16 
 
 
201 aa  74.7  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
192 aa  74.3  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  26.46 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 
192 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 
192 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  31.84 
 
 
192 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  32.52 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  29.05 
 
 
188 aa  73.6  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  32.56 
 
 
236 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 
190 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 
190 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  32.74 
 
 
204 aa  72.8  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 
193 aa  72  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 
176 aa  72  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.91 
 
 
188 aa  71.6  0.000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 
189 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 
199 aa  71.6  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  31.98 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  31.98 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  31.98 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  31.98 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  31.98 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29.26 
 
 
204 aa  71.6  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  31.98 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  31.98 
 
 
236 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  29.7 
 
 
201 aa  70.9  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  26.83 
 
 
178 aa  70.5  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  28.34 
 
 
188 aa  70.1  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  28.99 
 
 
175 aa  70.1  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  27.47 
 
 
184 aa  69.7  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>