More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1438 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  47.07 
 
 		 847 aa  648    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  47.07 
 
 		 847 aa  647    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 840 aa  1674    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  47.76 
 
 		 849 aa  647    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  44.32 
 
 		 796 aa  585  1.0000000000000001e-165  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  41.99 
 
 		 830 aa  565  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  32.66 
 
 		 874 aa  320  5e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  41.43 
 
 		 825 aa  280  1e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  31.18 
 
 		 832 aa  272  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  35.63 
 
 		 867 aa  270  8e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  31.54 
 
 		 859 aa  269  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  31.68 
 
 		 844 aa  266  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  32.41 
 
 		 843 aa  259  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  38.34 
 
 		 845 aa  253  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  45.35 
 
 		 879 aa  238  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  46.47 
 
 		 860 aa  236  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  39.21 
 
 		 806 aa  234  6e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  47.92 
 
 		 853 aa  234  7.000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  39.5 
 
 		 825 aa  233  8.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  44.13 
 
 		 866 aa  233  9e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  44.49 
 
 		 883 aa  231  6e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  45.86 
 
 		 909 aa  226  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  33.76 
 
 		 753 aa  223  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  33.56 
 
 		 868 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  43.19 
 
 		 472 aa  221  5e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  29.68 
 
 		 947 aa  221  7e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  29.69 
 
 		 909 aa  220  7.999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  40.2 
 
 		 752 aa  215  1.9999999999999998e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  30.47 
 
 		 807 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  34.02 
 
 		 891 aa  215  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  34.02 
 
 		 785 aa  214  4.9999999999999996e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  43.22 
 
 		 910 aa  214  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  42.55 
 
 		 299 aa  213  1e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  30.47 
 
 		 806 aa  213  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  40.14 
 
 		 685 aa  211  3e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  43.18 
 
 		 842 aa  211  4e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  28.19 
 
 		 803 aa  211  5e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  41.2 
 
 		 816 aa  204  5e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  41.01 
 
 		 807 aa  201  6e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  33.77 
 
 		 732 aa  199  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  43.07 
 
 		 877 aa  198  3e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  41.41 
 
 		 636 aa  196  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  45.41 
 
 		 636 aa  194  4e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  43.23 
 
 		 864 aa  194  6e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  36.27 
 
 		 1120 aa  192  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  36.27 
 
 		 1120 aa  192  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  36.27 
 
 		 1120 aa  192  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  37.23 
 
 		 637 aa  191  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  33.7 
 
 		 815 aa  190  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  38.26 
 
 		 1235 aa  188  4e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  43.72 
 
 		 784 aa  187  5e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  26.88 
 
 		 803 aa  187  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  37.69 
 
 		 809 aa  187  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  38.18 
 
 		 855 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  40.37 
 
 		 981 aa  185  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  36.33 
 
 		 795 aa  184  6e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  35.5 
 
 		 1133 aa  184  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  37.74 
 
 		 861 aa  183  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  36.39 
 
 		 1111 aa  182  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  38.08 
 
 		 1110 aa  181  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  36.95 
 
 		 1134 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  37.36 
 
 		 804 aa  180  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  43.29 
 
 		 560 aa  180  8e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  36.61 
 
 		 1134 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  35.71 
 
 		 803 aa  180  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  37.74 
 
 		 799 aa  180  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  38.17 
 
 		 322 aa  180  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  32.33 
 
 		 816 aa  179  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  34.13 
 
 		 840 aa  178  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  36.99 
 
 		 1115 aa  179  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  34.13 
 
 		 840 aa  179  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  43.09 
 
 		 291 aa  177  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  28.8 
 
 		 815 aa  177  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  30.74 
 
 		 832 aa  177  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  35.1 
 
 		 1144 aa  176  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  37.26 
 
 		 1117 aa  177  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  37.16 
 
 		 1128 aa  177  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  36.03 
 
 		 1130 aa  176  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1903  MscS Mechanosensitive ion channel  38.81 
 
 		 303 aa  175  2.9999999999999996e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  33.88 
 
 		 1118 aa  175  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  33.88 
 
 		 1118 aa  175  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  33.88 
 
 		 1118 aa  175  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  33.88 
 
 		 1120 aa  175  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  36.17 
 
 		 843 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  37.36 
 
 		 1110 aa  175  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  33.88 
 
 		 1120 aa  175  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  33.77 
 
 		 1080 aa  174  5e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  36 
 
 		 1120 aa  173  9e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  36 
 
 		 1120 aa  173  9e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  36 
 
 		 1118 aa  173  9e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  36 
 
 		 1120 aa  173  9e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  36 
 
 		 1120 aa  173  9e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  36.3 
 
 		 298 aa  174  9e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  36 
 
 		 1120 aa  173  9e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  36 
 
 		 1120 aa  173  9e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  36 
 
 		 1120 aa  173  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  36 
 
 		 1120 aa  173  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  30.53 
 
 		 856 aa  172  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  31.44 
 
 		 814 aa  172  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2151  MscS mechanosensitive ion channel  37.26 
 
 		 1158 aa  171  4e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>