More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1729 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  597  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 315 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 316 aa  252  6e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 321 aa  248  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 320 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  37.24 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 349 aa  208  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 347 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 345 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 342 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 342 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 361 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 315 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 292 aa  199  6e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 296 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  191  8e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  37.05 
 
 		 363 aa  188  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 317 aa  188  9e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 293 aa  172  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 314 aa  159  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 304 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 303 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 325 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 332 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 302 aa  124  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 295 aa  122  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 327 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.33 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 320 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  26.33 
 
 		 320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 339 aa  113  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 296 aa  112  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 302 aa  112  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 288 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 288 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 283 aa  112  9e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>