More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3990 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3990  cytochrome c assembly protein  100 
 
 
641 aa  1247    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.186912 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1390  cytochrome c assembly protein  67.33 
 
 
655 aa  783    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.74825  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1516  cytochrome c assembly protein  64.68 
 
 
656 aa  780    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.658808 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.13 
 
 
653 aa  564  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.93 
 
 
661 aa  544  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.018137  normal  0.790644 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1071  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.36 
 
 
665 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.998298 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.48 
 
 
662 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606088  normal  0.0314376 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2152  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.52 
 
 
662 aa  540  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.37 
 
 
663 aa  536  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.02 
 
 
663 aa  536  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0438  cytochrome c assembly protein  46.92 
 
 
660 aa  533  1e-150  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.37 
 
 
663 aa  534  1e-150  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2232  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.32 
 
 
660 aa  529  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1836  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.4 
 
 
660 aa  531  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0373548  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  46.21 
 
 
664 aa  526  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2132  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.03 
 
 
660 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2003  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.5 
 
 
660 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.151037  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.41 
 
 
666 aa  520  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1364  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.2 
 
 
667 aa  521  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.220377  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0941  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.12 
 
 
660 aa  521  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.983495  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3448  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.89 
 
 
660 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186269  normal  0.0456114 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.41 
 
 
666 aa  520  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1127  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.83 
 
 
654 aa  519  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.1 
 
 
657 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.67 
 
 
661 aa  513  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.157027  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4993  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.4 
 
 
666 aa  513  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108903 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0432  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  43.08 
 
 
659 aa  511  1e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1169  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.02 
 
 
656 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.291829 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1439  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.65 
 
 
660 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612264  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0635  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.59 
 
 
660 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.181407  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4166  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.34 
 
 
664 aa  500  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.522629  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.57 
 
 
660 aa  501  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.938091  normal  0.729062 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2633  cytochrome c maturation protein, CcmF  46.05 
 
 
656 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0466385  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3073  cytochrome c-type biogenesis protein cycK  46.31 
 
 
659 aa  497  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.46047  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1290  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.05 
 
 
656 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.595992 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1659  cytochrome c assembly protein  43.88 
 
 
659 aa  493  9.999999999999999e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.118924  normal  0.550296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1401  cytochrome c assembly protein  47.24 
 
 
666 aa  492  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0545424 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1681  cytochrome c assembly protein  47.07 
 
 
666 aa  490  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0360404  normal  0.640994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1406  cytochrome c assembly protein  47.07 
 
 
666 aa  489  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.419457  normal  0.0330583 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.83 
 
 
679 aa  485  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.91 
 
 
658 aa  483  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109986  normal  0.46196 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.98 
 
 
661 aa  481  1e-134  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.61 
 
 
662 aa  481  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160202  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.59 
 
 
651 aa  479  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.05 
 
 
671 aa  476  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.836519  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  41.02 
 
 
649 aa  476  1e-133  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.56 
 
 
639 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.22 
 
 
657 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.59 
 
 
660 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.15 
 
 
639 aa  467  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.57 
 
 
658 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2932  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.52 
 
 
659 aa  464  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.12 
 
 
673 aa  464  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.71 
 
 
656 aa  464  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.71 
 
 
656 aa  464  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.87 
 
 
656 aa  464  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.44 
 
 
658 aa  463  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.94 
 
 
659 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.94 
 
 
659 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.15 
 
 
659 aa  462  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.33 
 
 
672 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.78 
 
 
659 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.23 
 
 
647 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.78 
 
 
659 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.03 
 
 
659 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1454  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.23 
 
 
647 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.494014  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.88 
 
 
659 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02123  heme lyase, CcmF subunit  43.23 
 
 
647 aa  458  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1463  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.23 
 
 
647 aa  458  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.617817  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.55 
 
 
649 aa  457  1e-127  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0923  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  41.5 
 
 
650 aa  456  1e-127  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0892  cytochrome C-type biogenesis protein CcmF  41.34 
 
 
650 aa  458  1e-127  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2344  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.23 
 
 
647 aa  458  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.88 
 
 
659 aa  457  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.02 
 
 
672 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02082  hypothetical protein  43.23 
 
 
647 aa  458  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  45.83 
 
 
680 aa  458  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2495  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.23 
 
 
647 aa  458  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  40.15 
 
 
677 aa  457  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.03 
 
 
659 aa  458  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3333  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.08 
 
 
647 aa  457  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.84 
 
 
659 aa  458  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.88 
 
 
656 aa  452  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.2 
 
 
658 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0745  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.92 
 
 
647 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202682  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.28 
 
 
659 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  41.95 
 
 
658 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2475  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.67 
 
 
643 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0902035  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.06 
 
 
657 aa  450  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4042  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.34 
 
 
643 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.25 
 
 
659 aa  450  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4025  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.67 
 
 
643 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.999265  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4204  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.67 
 
 
643 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2592  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.67 
 
 
643 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.233075 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  41.65 
 
 
660 aa  450  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2384  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.34 
 
 
643 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.38 
 
 
651 aa  449  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  39.1 
 
 
653 aa  451  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  41.27 
 
 
679 aa  447  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4097  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.67 
 
 
643 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.35631  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>