More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3417 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3417  hypothetical protein  100 
 
 		 87 aa  175  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.548763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3794  integrase family protein  84.38 
 
 		 445 aa  108  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0397442 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3743  integrase family protein  84.38 
 
 		 445 aa  108  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0196  hypothetical protein  54 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  55.56 
 
 		 304 aa  53.9  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  46.58 
 
 		 426 aa  53.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  55.56 
 
 		 310 aa  52  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  60 
 
 		 299 aa  52.8  0.000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  50 
 
 		 287 aa  52  0.000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  48.94 
 
 		 302 aa  49.7  0.00001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0993  phage integrase family protein  43.1 
 
 		 121 aa  48.9  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  45.28 
 
 		 369 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  46.3 
 
 		 370 aa  48.9  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  58.97 
 
 		 307 aa  48.1  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  38.33 
 
 		 369 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  60 
 
 		 330 aa  47.8  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  43.4 
 
 		 369 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2334  integrase family protein  44 
 
 		 444 aa  47.8  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.74243  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1209  phage integrase family site specific recombinase  39.68 
 
 		 305 aa  47.4  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.764611  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  51.92 
 
 		 305 aa  47  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  41.27 
 
 		 312 aa  47  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  48.94 
 
 		 302 aa  47  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  45.28 
 
 		 391 aa  47  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12908  site-specific tyrosine recombinase XerC  50 
 
 		 298 aa  47  0.00009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000436053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  60 
 
 		 333 aa  46.6  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1525  integrase family protein  40.35 
 
 		 327 aa  46.6  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.206219  hitchhiker  0.00883097 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  57.5 
 
 		 295 aa  46.2  0.0001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  42.59 
 
 		 354 aa  46.2  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  43.75 
 
 		 316 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.11 
 
 		 330 aa  46.2  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  56.41 
 
 		 291 aa  46.2  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  68.75 
 
 		 319 aa  45.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  68.75 
 
 		 319 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  55.88 
 
 		 296 aa  46.2  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  47.83 
 
 		 290 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  47.83 
 
 		 284 aa  46.2  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1317  phage integrase family protein  45.28 
 
 		 325 aa  45.4  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  55 
 
 		 307 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  45.45 
 
 		 282 aa  45.4  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  40 
 
 		 322 aa  45.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 		 296 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3903  phage integrase family site specific recombinase  37.74 
 
 		 99 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.823274  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 		 296 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 		 296 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  55 
 
 		 307 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.68 
 
 		 299 aa  45.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2102  integrase family protein  45.45 
 
 		 304 aa  45.4  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167189  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  55 
 
 		 307 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 		 296 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  62.86 
 
 		 265 aa  45.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.98 
 
 		 300 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2705  integrase family protein  51.28 
 
 		 304 aa  45.4  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.800791  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2207  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.98 
 
 		 319 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.787262  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  62.5 
 
 		 327 aa  45.1  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  65.62 
 
 		 319 aa  44.7  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 		 296 aa  45.1  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 		 296 aa  45.1  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 		 296 aa  45.1  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 		 296 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 		 296 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 		 296 aa  45.1  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0779  integron integrase  52.63 
 
 		 320 aa  45.1  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000312296  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1247  Phage integrase  54.29 
 
 		 278 aa  44.7  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.55 
 
 		 296 aa  44.7  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  44.9 
 
 		 305 aa  45.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  62.5 
 
 		 317 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  37.74 
 
 		 172 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  42.55 
 
 		 307 aa  44.7  0.0004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  44.9 
 
 		 306 aa  44.7  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  60 
 
 		 270 aa  45.1  0.0004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1654  integrase family protein  56.41 
 
 		 298 aa  45.1  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  40.35 
 
 		 300 aa  44.7  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3115  integrase family protein  42.31 
 
 		 336 aa  44.3  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0082342  normal  0.151412 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  62.5 
 
 		 317 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  50 
 
 		 329 aa  44.3  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  42.86 
 
 		 305 aa  44.7  0.0005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.9 
 
 		 300 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.9 
 
 		 300 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  50 
 
 		 390 aa  44.3  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  51.28 
 
 		 310 aa  44.3  0.0006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.9 
 
 		 300 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  38.57 
 
 		 292 aa  43.9  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1001  integrase family protein  51.22 
 
 		 333 aa  43.9  0.0007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.37 
 
 		 355 aa  43.9  0.0007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 298 aa  43.9  0.0007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  54.29 
 
 		 323 aa  43.9  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1547  phage integrase family protein  37.31 
 
 		 336 aa  43.9  0.0007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.268843 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11170  site-specific recombinase XerD  42.86 
 
 		 336 aa  43.9  0.0007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0225756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  53.85 
 
 		 295 aa  43.5  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  49.06 
 
 		 305 aa  43.5  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  45.1 
 
 		 477 aa  43.9  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  48.57 
 
 		 297 aa  43.5  0.0008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0255  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.14 
 
 		 301 aa  43.5  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0225677  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  41.27 
 
 		 378 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  56.1 
 
 		 301 aa  43.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  60 
 
 		 335 aa  43.5  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.17 
 
 		 305 aa  43.5  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  50 
 
 		 295 aa  43.5  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  62.5 
 
 		 294 aa  43.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  62.5 
 
 		 322 aa  43.5  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>