203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1543 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  100 
 
 		 341 aa  684    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  91.5 
 
 		 341 aa  634    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  60.79 
 
 		 332 aa  418  1e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  60.86 
 
 		 354 aa  414  9.999999999999999e-116  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  62.24 
 
 		 339 aa  411  1e-114  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  59.64 
 
 		 334 aa  404  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  58.58 
 
 		 355 aa  396  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  59.64 
 
 		 330 aa  393  1e-108  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  59.66 
 
 		 371 aa  391  1e-107  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  58.72 
 
 		 361 aa  387  1e-106  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  58.46 
 
 		 346 aa  384  1e-105  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  55.86 
 
 		 357 aa  379  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  59.52 
 
 		 349 aa  372  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  59.94 
 
 		 341 aa  374  1e-102  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  58.01 
 
 		 349 aa  370  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  57.96 
 
 		 347 aa  363  2e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  57.96 
 
 		 347 aa  363  2e-99  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  57.96 
 
 		 347 aa  363  2e-99  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  55.38 
 
 		 323 aa  358  6e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0416  DNA primase small subunit  54.52 
 
 		 360 aa  358  7e-98  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  54.85 
 
 		 360 aa  358  9e-98  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  55.25 
 
 		 340 aa  348  6e-95  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  53.94 
 
 		 380 aa  348  7e-95  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  53.87 
 
 		 360 aa  345  6e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.1 
 
 		 340 aa  343  2.9999999999999997e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4038  DNA primase small subunit  52.96 
 
 		 364 aa  341  1e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  51.58 
 
 		 360 aa  332  4e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  51.03 
 
 		 427 aa  332  8e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  55.59 
 
 		 328 aa  329  4e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  54.07 
 
 		 329 aa  326  4.0000000000000003e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  53.99 
 
 		 334 aa  326  4.0000000000000003e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  55.67 
 
 		 314 aa  324  2e-87  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  52.37 
 
 		 326 aa  309  5e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.24 
 
 		 352 aa  305  6e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  51.16 
 
 		 414 aa  304  2.0000000000000002e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  50.17 
 
 		 414 aa  299  6e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  48.96 
 
 		 358 aa  297  2e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  47.01 
 
 		 353 aa  287  2e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  49.83 
 
 		 412 aa  282  6.000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  49.17 
 
 		 412 aa  281  1e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  50 
 
 		 397 aa  280  4e-74  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  48.82 
 
 		 408 aa  275  9e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  46.77 
 
 		 434 aa  269  4e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  46.77 
 
 		 434 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  46.77 
 
 		 434 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  38.64 
 
 		 312 aa  193  4e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  32.75 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  33.45 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.27 
 
 		 646 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  36.05 
 
 		 314 aa  184  3e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  41.09 
 
 		 846 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  35.93 
 
 		 306 aa  180  4e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  40.29 
 
 		 868 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  40.29 
 
 		 868 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.68 
 
 		 292 aa  176  6e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.34 
 
 		 778 aa  170  3e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  30.33 
 
 		 896 aa  170  3e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  35.86 
 
 		 815 aa  169  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  32.99 
 
 		 352 aa  169  5e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.85 
 
 		 306 aa  169  9e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  30.23 
 
 		 303 aa  169  9e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  30.23 
 
 		 861 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  29.86 
 
 		 855 aa  167  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.36 
 
 		 302 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.35 
 
 		 847 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  35.74 
 
 		 301 aa  165  9e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  32.35 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  35.81 
 
 		 865 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.27 
 
 		 902 aa  164  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  38.76 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  39.15 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  33.44 
 
 		 527 aa  159  4e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  38.76 
 
 		 313 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  31.01 
 
 		 877 aa  159  5e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  36.88 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  35.81 
 
 		 845 aa  159  9e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  36.47 
 
 		 837 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.85 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.02 
 
 		 299 aa  156  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  35.47 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  35.42 
 
 		 939 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  29.97 
 
 		 871 aa  152  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.49 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  34.84 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  34.27 
 
 		 837 aa  151  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.99 
 
 		 544 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.02 
 
 		 858 aa  150  3e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  34.03 
 
 		 878 aa  150  3e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  29.41 
 
 		 872 aa  150  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  34.29 
 
 		 825 aa  149  5e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  35.89 
 
 		 843 aa  149  6e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  38.06 
 
 		 656 aa  149  9e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  32.65 
 
 		 847 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  32.73 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  33.45 
 
 		 304 aa  145  8.000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  29.66 
 
 		 815 aa  145  9e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  33.45 
 
 		 522 aa  144  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  34.85 
 
 		 954 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  33.69 
 
 		 833 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  32.76 
 
 		 822 aa  143  4e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>