More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2097 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  100 
 
 		 298 aa  617  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  27.99 
 
 		 289 aa  139  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  32.07 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  26.64 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 293 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 291 aa  115  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 315 aa  112  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 292 aa  105  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 289 aa  105  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 281 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 295 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 282 aa  102  9e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 283 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 		 289 aa  101  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 287 aa  95.1  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 287 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  23.02 
 
 		 266 aa  92.8  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 271 aa  92.8  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 295 aa  92.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 292 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  25.85 
 
 		 280 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 274 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  28.79 
 
 		 276 aa  90.5  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  23.77 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  24.15 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  23.98 
 
 		 283 aa  86.3  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 282 aa  85.5  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  26.05 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  23.88 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  24.9 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  23.05 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  23.18 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  22.71 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  22.13 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  22.58 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  22.27 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  23.41 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  24.73 
 
 		 280 aa  77.8  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.21 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  22.66 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  27.6 
 
 		 306 aa  75.9  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  24.12 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  24.74 
 
 		 282 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 280 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  22.87 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 290 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>