More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0647 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 217 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.5 
 
 		 206 aa  324  6e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.46 
 
 		 204 aa  241  3.9999999999999997e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.22 
 
 		 205 aa  238  5e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.46 
 
 		 203 aa  225  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  53.18 
 
 		 219 aa  217  1e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.27 
 
 		 217 aa  217  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.18 
 
 		 219 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.67 
 
 		 192 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.07 
 
 		 185 aa  208  5e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.35 
 
 		 188 aa  201  7e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  47.15 
 
 		 239 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  47.44 
 
 		 203 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.84 
 
 		 197 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 		 186 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.79 
 
 		 195 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.74 
 
 		 193 aa  122  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  29.58 
 
 		 168 aa  101  8e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  35.33 
 
 		 274 aa  97.1  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.48 
 
 		 177 aa  94  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.17 
 
 		 201 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.15 
 
 		 276 aa  90.5  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  57.35 
 
 		 225 aa  78.2  0.00000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  39.6 
 
 		 104 aa  75.9  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  65.22 
 
 		 156 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  68.89 
 
 		 143 aa  74.3  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  67.39 
 
 		 176 aa  73.9  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0321  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.08 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0827995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  40.24 
 
 		 238 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  75 
 
 		 87 aa  66.6  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  41.11 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  36.54 
 
 		 111 aa  66.2  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  42.39 
 
 		 102 aa  66.2  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  44.78 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  65.85 
 
 		 134 aa  65.1  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0292  guanine-specific ribonuclease  27.15 
 
 		 247 aa  65.1  0.0000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  41.11 
 
 		 209 aa  64.7  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  41.11 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  27.27 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  35.29 
 
 		 97 aa  62  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.46 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  40.58 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  27.21 
 
 		 129 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  45.76 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  50 
 
 		 225 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  34.15 
 
 		 204 aa  54.7  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  30.97 
 
 		 240 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  33.33 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.16 
 
 		 179 aa  52.8  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 		 69 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 		 224 aa  52  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  32.95 
 
 		 207 aa  51.6  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.97 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.18 
 
 		 68 aa  50.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.18 
 
 		 68 aa  50.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 		 63 aa  50.1  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.18 
 
 		 68 aa  50.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.84 
 
 		 68 aa  50.4  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.18 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.65 
 
 		 68 aa  50.8  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  46.3 
 
 		 69 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 69 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 		 68 aa  50.1  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  40 
 
 		 214 aa  49.7  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 		 63 aa  49.7  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  41.43 
 
 		 69 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  42.65 
 
 		 67 aa  49.7  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  54.05 
 
 		 216 aa  49.3  0.00005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 219 aa  48.9  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 		 68 aa  49.3  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.11 
 
 		 70 aa  48.9  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_15211  predicted protein  36.36 
 
 		 91 aa  48.9  0.00006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0846  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 69 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.012505 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  41.18 
 
 		 68 aa  48.9  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0886  cold-shock protein DNA-binding  40 
 
 		 69 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757124 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 		 67 aa  48.5  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  41.18 
 
 		 67 aa  48.5  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 		 69 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.18 
 
 		 68 aa  48.5  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.18 
 
 		 68 aa  48.5  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 		 80 aa  48.5  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 		 67 aa  48.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  42.11 
 
 		 60 aa  48.1  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 		 69 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  44.44 
 
 		 69 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  42.11 
 
 		 60 aa  48.1  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1179  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.11 
 
 		 70 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.810409  normal  0.131975 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1094  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 68 aa  48.1  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243204 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0769  cold-shock DNA-binding domain protein  37.14 
 
 		 69 aa  47.8  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.218929 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  42.11 
 
 		 70 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 		 69 aa  47.8  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1364  cold-shock DNA-binding domain protein  42.11 
 
 		 71 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185476  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 		 69 aa  48.1  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  41.67 
 
 		 311 aa  47.8  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1410  cold-shock protein, DNA-binding  54.29 
 
 		 66 aa  47.8  0.0001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0603  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 		 68 aa  47.8  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2280  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  36 
 
 		 74 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00002354  normal  0.0221589 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0953  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  36 
 
 		 74 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00980817  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>