More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5334 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5334  inner-membrane translocator  100 
 
 		 314 aa  610  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  86.31 
 
 		 314 aa  545  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  85.03 
 
 		 314 aa  541  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  86.62 
 
 		 314 aa  529  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  74.19 
 
 		 313 aa  464  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3306  inner-membrane translocator  77.07 
 
 		 314 aa  454  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.701348  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  66.56 
 
 		 313 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2656  inner-membrane translocator  64.04 
 
 		 307 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.519429  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1986  inner-membrane translocator  64.44 
 
 		 315 aa  384  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.800217  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0954  inner-membrane translocator  64.44 
 
 		 315 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0342  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  64.13 
 
 		 315 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1945  putative permease component of branched-chain amino acid transport system  63.14 
 
 		 314 aa  374  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280306  hitchhiker  0.0000756966 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3578  inner-membrane translocator  62.15 
 
 		 307 aa  365  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4429  inner-membrane translocator  63.06 
 
 		 305 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.626915 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3992  inner-membrane translocator  65 
 
 		 320 aa  364  1e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.180455  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2935  inner-membrane translocator  59.94 
 
 		 313 aa  355  5.999999999999999e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0934  inner-membrane translocator  67.83 
 
 		 314 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.509235  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  41.39 
 
 		 314 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  44.63 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  39.6 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4145  inner-membrane translocator  44.67 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  42.66 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  35.26 
 
 		 346 aa  188  9e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  40.6 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.8 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2440  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 319 aa  182  6e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245411  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 313 aa  182  9.000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  39.68 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  40.73 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  40.73 
 
 		 326 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3887  sugar ABC transporter, permease protein  35.02 
 
 		 319 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.140274  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3548  ABC transporter, permease  37.58 
 
 		 319 aa  179  7e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 346 aa  179  7e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1412  sugar ABC transporter, permease protein  35.02 
 
 		 319 aa  178  8e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0105551  normal  0.047253 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3530  ABC transporter, permease  37.58 
 
 		 319 aa  178  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3801  sugar ABC transporter, permease protein  37.58 
 
 		 319 aa  178  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000466653 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3559  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 319 aa  178  1e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.706735  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3823  sugar ABC transporter, permease protein  37.27 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3836  sugar ABC transporter, permease protein  37.27 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000105627  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  35 
 
 		 309 aa  176  7e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  40.32 
 
 		 290 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  38.94 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1179  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 319 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  38.98 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  33.87 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3638  branched-chain amino acid transport system, permease component, C-terminus  37.12 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  37.74 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2071  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 319 aa  169  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  36.57 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  39.6 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  41.84 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1155  inner-membrane translocator  36.12 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.669873  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  38.94 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  38.66 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  38.61 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25730  nucleoside ABC transporter membrane protein  36.21 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.465825  normal  0.436724 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  35.45 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  38.75 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  38.44 
 
 		 306 aa  160  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 306 aa  158  9e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2944  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 429 aa  158  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126188 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  38.44 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0859  ABC transporter permease  33.88 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1788  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 284 aa  155  8e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1149  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 284 aa  155  8e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 306 aa  155  9e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1903  inner-membrane translocator  39.12 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0838624  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1829  ABC transporter, permease protein  32.34 
 
 		 317 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1549  sugar ABC transporter  32.67 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.221473  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3847  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 425 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00193148  decreased coverage  0.00000485883 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0842  inner-membrane translocator  29.75 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1213  inner-membrane translocator  34.31 
 
 		 440 aa  154  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000233246 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0819  inner-membrane translocator  29.75 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1140  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 447 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.678162  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>