More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4203 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  617  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  54.67 
 
 		 316 aa  332  4e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 305 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 313 aa  318  7.999999999999999e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 296 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 329 aa  142  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000677  LysR-family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.708378  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 338 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.22 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 321 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 301 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0441  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3626  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.48 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4236  transcriptional regulator, LysR family  25.75 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.09 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3256  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.14149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06556  transcriptional regulator  28.82 
 
 		 282 aa  116  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  27.07 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.91 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.91 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4183  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465046 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.83 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  27.91 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.91 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.91 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.52 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.08 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.31 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.91 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4207  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2497  transcription regulator protein  27.37 
 
 		 321 aa  113  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.82783  normal  0.625013 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.52 
 
 		 311 aa  112  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.02 
 
 		 315 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.69 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 310 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  22.98 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.75 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.35 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 300 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.85 
 
 		 311 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.85 
 
 		 311 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.85 
 
 		 311 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.85 
 
 		 311 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  24.83 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0224  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4616  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  23.23 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.85 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  23.23 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 301 aa  106  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>