More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2008 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 231 aa  478  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.95 
 
 		 231 aa  257  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  53.25 
 
 		 231 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.81 
 
 		 231 aa  246  3e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  51.52 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.92 
 
 		 232 aa  218  7e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  54.36 
 
 		 193 aa  217  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  46.93 
 
 		 231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  47.37 
 
 		 229 aa  209  4e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.54 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 		 233 aa  204  9e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.65 
 
 		 232 aa  201  8e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.21 
 
 		 233 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 232 aa  191  1e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.86 
 
 		 232 aa  189  4e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  41.23 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  38.86 
 
 		 247 aa  171  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  40.43 
 
 		 226 aa  165  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  38.7 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0125  short chain dehydrogenase  40.51 
 
 		 237 aa  158  7e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.330397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 		 237 aa  156  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.49 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 		 223 aa  152  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  40.26 
 
 		 219 aa  148  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0275  short chain dehydrogenase  37.97 
 
 		 236 aa  147  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0287555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32277  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.741112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.16 
 
 		 228 aa  145  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32278  putative short chain dehydrogenase  36.25 
 
 		 255 aa  144  9e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  38.26 
 
 		 219 aa  144  9e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  39.65 
 
 		 221 aa  139  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 235 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  37.44 
 
 		 221 aa  135  4e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  35.68 
 
 		 221 aa  135  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 		 231 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  36.09 
 
 		 221 aa  135  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54817  putative short chain dehydrogenase  36.51 
 
 		 255 aa  134  9.999999999999999e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.176178  normal  0.315077 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  35.24 
 
 		 221 aa  132  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.56 
 
 		 217 aa  130  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  34.76 
 
 		 225 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0460  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 		 225 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.790746 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 		 214 aa  129  3e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  35.19 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  35.19 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  35.19 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  35.19 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.91 
 
 		 230 aa  128  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  34.33 
 
 		 225 aa  128  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 		 223 aa  128  6e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 233 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  34.33 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4256  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.55035  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.58 
 
 		 231 aa  126  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 		 258 aa  125  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  30.12 
 
 		 260 aa  125  6e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 		 221 aa  125  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  37.45 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  37.39 
 
 		 224 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0400  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  32.17 
 
 		 234 aa  123  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0465203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  31.47 
 
 		 225 aa  123  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 		 213 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 		 256 aa  122  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0343  short chain dehydrogenase  34.91 
 
 		 225 aa  122  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 		 234 aa  122  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.358477 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  36.8 
 
 		 221 aa  121  8e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  36.68 
 
 		 221 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0632  short chain dehydrogenase  30.87 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000159867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4571  short chain dehydrogenase  30.57 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000728936  hitchhiker  0.00656486 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 		 228 aa  119  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2084  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 		 238 aa  118  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0860576  normal  0.320515 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0637  short chain dehydrogenase  31 
 
 		 228 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253756 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0592  short chain dehydrogenase  30.43 
 
 		 228 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2058  short chain dehydrogenase / reductase  35.68 
 
 		 221 aa  118  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.252145 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1022  short chain dehydrogenase  32.03 
 
 		 229 aa  118  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 		 238 aa  118  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460296  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11130  short chain dehydrogenase  31 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.138611  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 		 256 aa  116  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_36622  Predicted short chain-type dehydrogenase  32.54 
 
 		 250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0766  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.88 
 
 		 241 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4186  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 		 222 aa  116  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.13 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29 
 
 		 238 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.162448  normal  0.562749 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0395  short chain dehydrogenase  34.48 
 
 		 225 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0578  short chain dehydrogenase  34.48 
 
 		 225 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1087  short-chain dehydrogenase/reductase  35.68 
 
 		 221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.236682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0416  short chain dehydrogenase  34.05 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 		 227 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0670  short chain dehydrogenase  30.13 
 
 		 241 aa  111  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.620328  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2011  short chain dehydrogenase  34.05 
 
 		 227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.51 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.12179  normal  0.661706 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2276  short chain dehydrogenase  34.05 
 
 		 227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3084  short chain dehydrogenase  34.05 
 
 		 227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.628833  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.38 
 
 		 237 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.07 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.07 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.819367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 		 223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>