More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_32278 on replicon NC_009045
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009045  PICST_32278  putative short chain dehydrogenase  100 
 
 
255 aa  514  1.0000000000000001e-145  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32277  short chain dehydrogenase  95.31 
 
 
256 aa  492  9.999999999999999e-139  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.741112  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54817  putative short chain dehydrogenase  85.16 
 
 
255 aa  442  1e-123  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.176178  normal  0.315077 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_36622  Predicted short chain-type dehydrogenase  46.75 
 
 
250 aa  207  2e-52  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
231 aa  144  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
232 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  34.26 
 
 
229 aa  118  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
227 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  36.65 
 
 
193 aa  109  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 
233 aa  109  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  28.86 
 
 
247 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
231 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  31.76 
 
 
221 aa  106  4e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  32 
 
 
221 aa  105  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 
228 aa  106  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  30.52 
 
 
231 aa  104  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  32.16 
 
 
221 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 
231 aa  103  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  30.77 
 
 
229 aa  102  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  32.03 
 
 
232 aa  101  9e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  27.34 
 
 
234 aa  101  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.03 
 
 
232 aa  101  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  27.89 
 
 
231 aa  99.8  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
214 aa  99  7e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  30.8 
 
 
221 aa  98.6  9e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  32.4 
 
 
221 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  30.95 
 
 
221 aa  94.7  1e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  30.56 
 
 
224 aa  94.7  1e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.2 
 
 
221 aa  93.6  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01300  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase (JCVI)  35.44 
 
 
260 aa  92.8  5e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.38 
 
 
231 aa  92.4  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05161  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  30.69 
 
 
249 aa  92  8e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.426884  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
206 aa  90.9  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.67 
 
 
233 aa  90.1  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.138611  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  28.19 
 
 
226 aa  89.7  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 
233 aa  89.4  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.31 
 
 
223 aa  89  7e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.26 
 
 
279 aa  88.2  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0453  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  29.5 
 
 
249 aa  87  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.465318  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.68 
 
 
263 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  0.939609 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05091  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  29.8 
 
 
249 aa  86.7  4e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  27.6 
 
 
221 aa  85.9  5e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  27.03 
 
 
226 aa  86.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04781  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  29.29 
 
 
249 aa  85.9  6e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 
223 aa  85.9  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2371  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
248 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.08 
 
 
239 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40154  predicted protein  25.83 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.529098  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
237 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.735027 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  24.07 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06659  short chain dehydrogenase (AtsC), putative (AFU_orthologue; AFUA_3G00180)  27.99 
 
 
273 aa  83.6  0.000000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
248 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.961994  normal  0.547574 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.53 
 
 
217 aa  83.2  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.53 
 
 
262 aa  83.2  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 
276 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  31.19 
 
 
277 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4186  short chain dehydrogenase  31.05 
 
 
222 aa  82  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  28.89 
 
 
277 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
292 aa  81.3  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.02 
 
 
245 aa  81.6  0.00000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.62 
 
 
242 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
268 aa  81.3  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.67 
 
 
228 aa  81.6  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.74 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.11 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  28.85 
 
 
219 aa  80.9  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.41 
 
 
246 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.29 
 
 
235 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  29.34 
 
 
256 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  28.96 
 
 
256 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.67 
 
 
245 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  28.44 
 
 
277 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 
251 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.14 
 
 
256 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.936397  normal  0.224474 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6478  short chain dehydrogenase  28.89 
 
 
277 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0193628  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.81 
 
 
280 aa  79.7  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02039  short chain oxidoreductase (CsgA), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G00910)  27.63 
 
 
251 aa  79.3  0.00000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.049775  normal  0.21203 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2989  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.81 
 
 
264 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0851531 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.03 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.17 
 
 
225 aa  79.3  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.31851  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  29.3 
 
 
276 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
262 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  28.44 
 
 
277 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.69 
 
 
259 aa  79.3  0.00000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  28.44 
 
 
277 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  29.73 
 
 
256 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3849  short chain dehydrogenase  23.48 
 
 
260 aa  79.3  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
213 aa  79  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.02 
 
 
257 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.64 
 
 
225 aa  79.3  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.570082  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  28.57 
 
 
256 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
260 aa  79  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.52 
 
 
250 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.38 
 
 
247 aa  79  0.00000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0249  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.69 
 
 
258 aa  79  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0279472  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.27 
 
 
257 aa  78.6  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.41 
 
 
281 aa  79  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.57 
 
 
347 aa  79  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>