More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3993 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
268 aa  540  1e-153  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.44 
 
 
268 aa  345  3e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.48 
 
 
269 aa  296  2e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 
273 aa  167  2e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
267 aa  160  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1977  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 
280 aa  155  9e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1902  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 
280 aa  155  9e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
277 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 
284 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  34.44 
 
 
277 aa  148  9e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  33.08 
 
 
304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  32.1 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
272 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  33.58 
 
 
283 aa  144  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
272 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  35.53 
 
 
272 aa  144  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
280 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  32.48 
 
 
273 aa  143  4e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  31.11 
 
 
277 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  33.21 
 
 
283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  33.06 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  30.8 
 
 
291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  35.45 
 
 
275 aa  139  4.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  33.95 
 
 
286 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
276 aa  139  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
272 aa  138  7.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
314 aa  138  7.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 
275 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_53846  1-Acyl dihydroxyacetone phosphate reductase ribitol 2-dehydrogenase  35.16 
 
 
291 aa  138  1e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  35.07 
 
 
271 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.21 
 
 
291 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
285 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  33.09 
 
 
344 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  31.65 
 
 
291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 
291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.5 
 
 
298 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  34.35 
 
 
258 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  30.43 
 
 
291 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  34.35 
 
 
258 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  34.35 
 
 
258 aa  136  4e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
282 aa  135  8e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  30.43 
 
 
291 aa  135  8e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  33.08 
 
 
276 aa  135  9e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  32.14 
 
 
274 aa  134  9.999999999999999e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  34.3 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
269 aa  133  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  31.99 
 
 
275 aa  133  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 
291 aa  133  3e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  31 
 
 
271 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 
256 aa  132  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  30.07 
 
 
291 aa  132  6e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  30.07 
 
 
281 aa  132  6e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 
268 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
338 aa  132  6.999999999999999e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31 
 
 
271 aa  132  9e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.02 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
267 aa  131  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  29.71 
 
 
291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  29.71 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  33.71 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  34.33 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.63 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00800542  normal  0.26199 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  30.83 
 
 
272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  34.2 
 
 
277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
273 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  35.09 
 
 
256 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  29.71 
 
 
291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  29.67 
 
 
275 aa  129  6e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
269 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
269 aa  129  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  33.21 
 
 
269 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
269 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
256 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.65 
 
 
281 aa  128  8.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
269 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
256 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
272 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 
258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  34.25 
 
 
258 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.42 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  33.97 
 
 
287 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.66 
 
 
286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2528  short chain dehydrogenase  32.11 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.589688 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.33 
 
 
272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  33.83 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  32.83 
 
 
256 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  35.32 
 
 
275 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>