208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3165 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3165  hypothetical protein  100 
 
 		 294 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0930  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  50.47 
 
 		 241 aa  228  7e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0516  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.02 
 
 		 244 aa  228  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.567639  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1370  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.23 
 
 		 244 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2109  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  41.64 
 
 		 252 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.334946  normal  0.249661 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4061  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.87 
 
 		 253 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185996  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03636  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  41.26 
 
 		 241 aa  181  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.246288  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.99 
 
 		 233 aa  167  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.324723  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0466  C factor cell-cell signaling protein  32.4 
 
 		 235 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4170  C factor cell-cell signaling protein  34.15 
 
 		 236 aa  150  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0457  C factor cell-cell signaling protein  31.71 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3527  C factor cell-cell signaling protein  34.38 
 
 		 236 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3873  C factor cell-cell signaling protein  33.56 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0428  C factor cell-cell signaling protein  33.68 
 
 		 236 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0440  C factor cell-cell signaling protein  31.71 
 
 		 235 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 		 258 aa  147  3e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.16 
 
 		 256 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1351  CsgA C-factor signaling protein  42.05 
 
 		 242 aa  144  2e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.430394 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0523  C factor cell-cell signaling protein  32.99 
 
 		 235 aa  144  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3705  C factor cell-cell signaling protein  38.1 
 
 		 236 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1127  CsgA C-factor signaling protein  40.74 
 
 		 242 aa  142  7e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.596754  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 		 256 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1301  C factor cell-cell signaling protein  35.21 
 
 		 263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2496  C factor cell-cell signaling protein  63.3 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  45 
 
 		 254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1118  C factor cell-cell signaling protein  34.74 
 
 		 259 aa  139  6e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0074  C factor cell-cell signaling protein  36.92 
 
 		 253 aa  139  6e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000794  cell-cell signaling protein C-factor  39.58 
 
 		 235 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06691  C factor cell-cell signaling protein  39.06 
 
 		 235 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.85 
 
 		 233 aa  134  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1411  C factor cell-cell signaling protein  36.68 
 
 		 235 aa  132  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2727  C-factor, putative  32.77 
 
 		 256 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.22 
 
 		 248 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4369  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 		 251 aa  129  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.949414 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 		 244 aa  129  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.543229  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 		 243 aa  129  7.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320432  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 		 256 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0395  putative short chain dehydrogenase  43.12 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.518242  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10851  hypothetical protein  43.12 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.77001  hitchhiker  0.00492189 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  36.41 
 
 		 260 aa  126  4.0000000000000003e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 		 242 aa  126  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0120  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.59 
 
 		 256 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0667  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  54.72 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04331  putative short chain dehydrogenase  32.37 
 
 		 234 aa  122  5e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04641  putative short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 234 aa  122  6e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.139782  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7188  putative glucose/ribitol dehydrogenase  33.89 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04751  putative short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.63 
 
 		 247 aa  120  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677675  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.210939  normal  0.103918 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40154  predicted protein  36.75 
 
 		 282 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.529098  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 		 237 aa  119  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175261  normal  0.299031 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0409  putative short chain dehydrogenase  32.37 
 
 		 234 aa  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.547798  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 		 236 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.329508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 		 234 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1495  hypothetical protein  47.66 
 
 		 235 aa  116  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0535918  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 		 221 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.12 
 
 		 217 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3424  hypothetical protein  38.12 
 
 		 264 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0083  C factor  32.26 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3642  CsgA, Rossman fold oxidoreductase  37.14 
 
 		 219 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 		 217 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325387 
 
 
-
 
NC_006685  CNC01180  Rossman fold oxidoreductase, putative  26.52 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05700  conserved hypothetical protein  40.54 
 
 		 199 aa  74.7  0.000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.328433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.01 
 
 		 232 aa  65.5  0.0000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  29.66 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.11 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.52 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  32.31 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.14 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.2 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.17 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.03 
 
 		 233 aa  62  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  26 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.61 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.03 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.47 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.33 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  24.7 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  25.97 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3561  short chain dehydrogenase  28.18 
 
 		 249 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.25 
 
 		 237 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3565  short chain dehydrogenase  28.73 
 
 		 249 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.578221  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  26.97 
 
 		 229 aa  58.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3655  short chain dehydrogenase  28.18 
 
 		 249 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  26.03 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  25.32 
 
 		 221 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.33 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0371739 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35363  predicted protein  27.22 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.267844  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2758  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.17 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0263508  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1662  short chain dehydrogenase  28.07 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.637972  hitchhiker  0.000000702398 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3341  short chain dehydrogenase  27.62 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.431422  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3306  short chain dehydrogenase  27.62 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.08 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>