More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0787 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0787  pseudouridine synthase  100 
 
 		 281 aa  592  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2728  pseudouridine synthase  70.5 
 
 		 305 aa  424  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3153  pseudouridine synthase  61.01 
 
 		 283 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.79077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2547  pseudouridine synthase  60.66 
 
 		 287 aa  352  4e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1515  pseudouridine synthase  61.35 
 
 		 282 aa  346  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3679  RNA pseudouridine synthase family protein  48.48 
 
 		 318 aa  262  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1686  pseudouridine synthase  40.15 
 
 		 267 aa  228  8e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1708  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.104417  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0958  pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 281 aa  181  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  28.16 
 
 		 310 aa  103  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  26.67 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.22 
 
 		 300 aa  95.5  8e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  29.15 
 
 		 304 aa  94.7  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  29.41 
 
 		 233 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  24.53 
 
 		 303 aa  94  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.67 
 
 		 300 aa  94  2e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  30.04 
 
 		 304 aa  93.6  3e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  31.48 
 
 		 222 aa  93.2  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  25.76 
 
 		 330 aa  92.4  6e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  34.81 
 
 		 204 aa  92.4  8e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  30.34 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  24.82 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.34 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 317 aa  90.1  3e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2087  RluA family pseudouridine synthase  25.38 
 
 		 330 aa  90.5  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  33.54 
 
 		 224 aa  90.1  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61490  DRAP deaminase and pseudouridylate synthase  32.78 
 
 		 425 aa  89.4  5e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  26.09 
 
 		 307 aa  89.4  6e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.29 
 
 		 296 aa  89  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  25.51 
 
 		 222 aa  88.2  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  25.51 
 
 		 222 aa  88.6  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  27.57 
 
 		 319 aa  88.2  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.31 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01518  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.77 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  28.57 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  38.1 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.71 
 
 		 308 aa  87.4  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1386  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.86 
 
 		 274 aa  87  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.019865  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  30.86 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1938  pseudouridine synthase  26.72 
 
 		 273 aa  87.4  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.153319  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1904  pseudouridine synthase  26.72 
 
 		 273 aa  87.4  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.014884  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  28.95 
 
 		 321 aa  86.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  27.1 
 
 		 225 aa  86.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  24.04 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.45 
 
 		 218 aa  86.3  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  25.59 
 
 		 307 aa  85.9  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  27.98 
 
 		 232 aa  85.5  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  24.89 
 
 		 223 aa  85.9  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  25.83 
 
 		 307 aa  85.5  9e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.59 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  25.59 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  27.5 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  26.96 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.41 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  29.38 
 
 		 420 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  27.4 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  30.99 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.13 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  28.98 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  29.81 
 
 		 218 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  27.84 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  28.83 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  23.86 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.57 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  26.58 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  28.77 
 
 		 215 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  26.56 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  29.49 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  24.31 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  28.79 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.24 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  28.31 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  31.87 
 
 		 352 aa  82.8  0.000000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  27.98 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.43 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  23.73 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2094  pseudouridine synthase, RluD  29.94 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.33 
 
 		 214 aa  82.8  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  28.51 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.19 
 
 		 320 aa  82.4  0.000000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  28.41 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  30.3 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  23.41 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  29.51 
 
 		 310 aa  82.4  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.86 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  26.18 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0680  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  27.01 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  27.81 
 
 		 308 aa  82  0.000000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.98 
 
 		 276 aa  81.6  0.00000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  28.98 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12586  predicted protein  26.98 
 
 		 216 aa  82  0.00000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  30.91 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  29.38 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  24.46 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.22 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  27.8 
 
 		 526 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  29.5 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  31.21 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.22 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>