More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_01518 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_01518  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  100 
 
 
313 aa  623  1e-177  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2677  pseudouridine synthase, RluA family  85.85 
 
 
324 aa  536  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.304816 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2087  RluA family pseudouridine synthase  75.08 
 
 
330 aa  471  1e-132  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  75.08 
 
 
330 aa  472  1e-132  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  50.32 
 
 
313 aa  287  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  51.9 
 
 
315 aa  285  8e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  50.16 
 
 
333 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.89 
 
 
315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  49.04 
 
 
318 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  48.73 
 
 
330 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.2 
 
 
314 aa  282  5.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  49.68 
 
 
333 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  50 
 
 
319 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
319 aa  279  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  50 
 
 
319 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  50 
 
 
319 aa  279  3e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  50 
 
 
319 aa  279  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  50 
 
 
319 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  50 
 
 
319 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  50 
 
 
319 aa  279  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  50 
 
 
319 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  50 
 
 
319 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  50 
 
 
319 aa  279  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  50 
 
 
319 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  50 
 
 
319 aa  279  5e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  48.87 
 
 
339 aa  278  6e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.04 
 
 
318 aa  278  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  53.59 
 
 
327 aa  278  7e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  46.5 
 
 
319 aa  278  8e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  49.68 
 
 
319 aa  277  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  48.1 
 
 
330 aa  276  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  49.04 
 
 
333 aa  276  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.88 
 
 
318 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  47.78 
 
 
329 aa  276  4e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  45.57 
 
 
329 aa  275  5e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  49.2 
 
 
324 aa  275  5e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  47.78 
 
 
329 aa  275  5e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  47.78 
 
 
319 aa  275  9e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  47.47 
 
 
329 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  48.88 
 
 
318 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  49.69 
 
 
334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  51.22 
 
 
326 aa  274  2.0000000000000002e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.56 
 
 
332 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.52 
 
 
329 aa  272  6e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.52 
 
 
329 aa  272  6e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.52 
 
 
329 aa  272  6e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.88 
 
 
318 aa  272  7e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  45.86 
 
 
325 aa  271  9e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  50.16 
 
 
320 aa  271  1e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  45.54 
 
 
312 aa  270  2e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  47.6 
 
 
318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.7 
 
 
316 aa  267  1e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  46.84 
 
 
318 aa  267  2e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  48.14 
 
 
362 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.25 
 
 
320 aa  265  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.76 
 
 
338 aa  265  8e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  48.91 
 
 
339 aa  264  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  45.89 
 
 
319 aa  264  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  49.36 
 
 
318 aa  263  4e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  48.4 
 
 
319 aa  262  6e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  45.54 
 
 
315 aa  261  6.999999999999999e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  47.45 
 
 
317 aa  262  6.999999999999999e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.9 
 
 
322 aa  259  4e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  46.5 
 
 
312 aa  259  4e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  46.27 
 
 
399 aa  259  4e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  47.92 
 
 
318 aa  258  7e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  47.53 
 
 
322 aa  258  8e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  48.24 
 
 
319 aa  258  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1191  pseudouridine synthase, RluA family  48.73 
 
 
328 aa  258  1e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.924831  normal  0.212206 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  50.48 
 
 
320 aa  257  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584108  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  44.05 
 
 
323 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.28 
 
 
360 aa  256  3e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  47 
 
 
325 aa  255  6e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.37 
 
 
352 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  48.14 
 
 
346 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  50.98 
 
 
321 aa  253  4.0000000000000004e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.52 
 
 
334 aa  252  5.000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  49.35 
 
 
320 aa  249  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000901915  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  45.94 
 
 
353 aa  249  4e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3506  23S rRNA pseudouridylate synthase C  49.84 
 
 
320 aa  248  8e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000697428  normal  0.0147626 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.3 
 
 
320 aa  248  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  49.84 
 
 
320 aa  248  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000517495  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.74 
 
 
323 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  44.28 
 
 
378 aa  245  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  44.79 
 
 
341 aa  245  8e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  46.06 
 
 
334 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  45.29 
 
 
398 aa  244  9e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  45.97 
 
 
370 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  45.74 
 
 
316 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1873  pseudouridine synthase, RluA family  49.84 
 
 
317 aa  243  3e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0755786  normal  0.858498 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.84 
 
 
317 aa  243  3e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.654666  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  49.65 
 
 
278 aa  242  6e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  45.22 
 
 
326 aa  239  5e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  45.71 
 
 
328 aa  238  1e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.15 
 
 
322 aa  237  2e-61  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  44.72 
 
 
334 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  44.72 
 
 
334 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  44.41 
 
 
334 aa  235  6e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  44.72 
 
 
316 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 
346 aa  235  8e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>