64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3167 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 212 aa  432  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  42.49 
 
 		 181 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  41.45 
 
 		 181 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  43.01 
 
 		 181 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  41.45 
 
 		 181 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  41.12 
 
 		 185 aa  105  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  40.1 
 
 		 190 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 206 aa  97.1  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  39.11 
 
 		 190 aa  95.9  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  36.08 
 
 		 173 aa  95.9  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  39.11 
 
 		 190 aa  95.9  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  36.89 
 
 		 199 aa  91.3  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  32.81 
 
 		 175 aa  89  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  34.74 
 
 		 174 aa  87  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  35.47 
 
 		 176 aa  87  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  29.13 
 
 		 224 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  29.02 
 
 		 177 aa  66.6  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  29.8 
 
 		 191 aa  62  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  29.8 
 
 		 191 aa  62  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  31.63 
 
 		 181 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  29.8 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  28.87 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  32.37 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  34.1 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  29.84 
 
 		 176 aa  57.8  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  30.49 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  28.06 
 
 		 180 aa  57.4  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  30.57 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  30.69 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  26.28 
 
 		 180 aa  54.7  0.000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  27.59 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  33.14 
 
 		 181 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  31.73 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  27.98 
 
 		 179 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  30.77 
 
 		 190 aa  51.2  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 184 aa  50.1  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  27.27 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  27.59 
 
 		 187 aa  49.7  0.00003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  31.85 
 
 		 177 aa  48.9  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  25.4 
 
 		 176 aa  48.5  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  27.04 
 
 		 176 aa  47.8  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  30.7 
 
 		 194 aa  46.2  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  28.26 
 
 		 174 aa  45.8  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 186 aa  45.8  0.0005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  20.42 
 
 		 174 aa  45.1  0.0008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  25.83 
 
 		 178 aa  45.1  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  30.15 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  27.27 
 
 		 178 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  21.2 
 
 		 174 aa  44.3  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  25.4 
 
 		 186 aa  44.7  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  26.15 
 
 		 188 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  28.21 
 
 		 194 aa  43.9  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  27.47 
 
 		 187 aa  43.5  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  28 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 179 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  23.53 
 
 		 186 aa  43.1  0.003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  24.71 
 
 		 181 aa  42.7  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  25.17 
 
 		 178 aa  42.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  28.14 
 
 		 195 aa  42.4  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  26.25 
 
 		 181 aa  42.4  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  28.68 
 
 		 179 aa  42  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  25.48 
 
 		 222 aa  41.6  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1918  putative ligase  23.86 
 
 		 201 aa  41.6  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102106  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 177 aa  41.6  0.01  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>