197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4588 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4588  spermidine synthase-like protein  100 
 
 		 283 aa  566  1e-160  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.213578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0169  spermidine synthase-like protein  74.91 
 
 		 284 aa  429  1e-119  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.387989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0248  spermine synthase  30.63 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.190806  normal  0.0246863 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5699  putative spermidine synthase protein  34.47 
 
 		 278 aa  93.6  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2111  spermidine synthase  30.24 
 
 		 255 aa  91.3  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0899  Spermine synthase  27.89 
 
 		 248 aa  89.7  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4320  spermine/spermidine synthase family protein  30.32 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  30.57 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0114  transferase  32.17 
 
 		 276 aa  87.4  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0336  putative spermidine synthase  33.74 
 
 		 274 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1622  spermine/spermidine synthase family protein  32.17 
 
 		 284 aa  87  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1537  spermine/spermidine synthase family protein  32.17 
 
 		 269 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.11208  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7063  spermidine synthase-like protein  33.75 
 
 		 282 aa  86.3  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.239263  normal  0.226573 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1257  transferase  33.66 
 
 		 231 aa  85.5  8e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0102  spermidine synthase  31.87 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1235  spermidine synthase  31.25 
 
 		 267 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.265162 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0334  putative spermidine synthase  29.26 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.737223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0836  hypothetical protein  28.97 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0173978 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1274  spermidine synthase-like protein  30.12 
 
 		 278 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6557  spermidine synthase-like protein  30.12 
 
 		 278 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4663  putative spermidine synthase  30.46 
 
 		 271 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.616274 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6553  spermidine synthase-like protein  30.3 
 
 		 278 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6163  spermidine synthase-like protein  29.8 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.523417  normal  0.0514114 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5272  spermidine synthase-like protein  31.95 
 
 		 281 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6267  spermidine synthase-like protein  29.7 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.526143 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2313  hypothetical protein  34.57 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0180  putative acyl transferase  33.77 
 
 		 275 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.728763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2633  spermidine synthase-like  29.38 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0667731  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1135  spermine synthase  31.47 
 
 		 558 aa  74.3  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0187668 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27350  hypothetical protein  37.4 
 
 		 249 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3030  spermine synthase  27.81 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3670  spermidine synthase-like protein  32.22 
 
 		 261 aa  73.6  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15340  hypothetical protein  31.33 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1867  hypothetical protein  30.5 
 
 		 251 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0912  spermidine synthase-like  33.81 
 
 		 259 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1561  Spermine synthase  35.96 
 
 		 502 aa  71.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.298841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2160  hypothetical protein  28 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1819  putative transferase  28 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2143  spermidine synthase-like protein  29.5 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.122833  normal  0.469239 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0330  putative spermidine synthase  28.91 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1773  hypothetical protein  30.72 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.738032  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2285  putative spermidine synthase  28.89 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.330392  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3989  hypothetical protein  29.05 
 
 		 251 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1476  hypothetical protein  28.57 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3848  hypothetical protein  29.52 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0392798  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1722  spermidine synthase-like protein  26.94 
 
 		 289 aa  67  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1442  hypothetical protein  29.05 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280635 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3621  hypothetical protein  29.52 
 
 		 253 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1034  hypothetical protein  32.61 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0225297  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2384  spermidine synthase-like protein  28.86 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0150  hypothetical protein  27.44 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.825231  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0321  putative transferase  27.44 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.206732  normal  0.105369 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5682  spermidine synthase-like  29.63 
 
 		 305 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.385407  normal  0.952882 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2258  spermidine synthase-like protein  29.01 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2378  spermidine synthase-like protein  29.01 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2362  spermidine synthase-like protein  29.01 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1727  spermidine synthase-like  29.01 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.435957  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2339  spermidine synthase-like protein  29.01 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0958  hypothetical protein  29.66 
 
 		 364 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0764125  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2119  spermine synthase  31.36 
 
 		 903 aa  58.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0594434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1321  hypothetical protein  28.28 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.959568  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1170  hypothetical protein  28.28 
 
 		 398 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0914561  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0842  Spermine synthase  33.04 
 
 		 541 aa  57.8  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1944  hypothetical protein  28.28 
 
 		 387 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.227944  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1009  hypothetical protein  28.28 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.943878  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0856  hypothetical protein  28.28 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1162  hypothetical protein  28.28 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0292  hypothetical protein  28.28 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431564  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0938  spermidine synthase-like protein  28.97 
 
 		 305 aa  57  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0771675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1223  hypothetical protein  24.55 
 
 		 310 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1429  Methyltransferase type 12  31.22 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.303703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1613  spermine synthase  30.65 
 
 		 753 aa  55.8  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0627097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2138  hypothetical protein  31.78 
 
 		 533 aa  55.5  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0641622  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0936  Spermine synthase  30.09 
 
 		 516 aa  54.3  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0231  spermidine synthase  29.63 
 
 		 334 aa  54.7  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3323  hypothetical protein  24.09 
 
 		 310 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.810152  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1526  hypothetical protein  32.21 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00973426 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2109  hypothetical protein  25.52 
 
 		 305 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5656  Spermine synthase  29.41 
 
 		 281 aa  53.5  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1668  hypothetical protein  23.89 
 
 		 241 aa  53.1  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1032  spermine synthase  29.55 
 
 		 1040 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.251228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0913  spermidine synthase-like  26.62 
 
 		 253 aa  53.1  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1332  spermine synthase  31.62 
 
 		 490 aa  53.1  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.020389 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  30.7 
 
 		 326 aa  52.8  0.000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4617  hypothetical protein  28.09 
 
 		 287 aa  52.8  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0533  Methyltransferase type 12  35.14 
 
 		 475 aa  52.8  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.226674  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3004  Spermine synthase  28.99 
 
 		 551 aa  52.4  0.000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0958  hypothetical protein  29.86 
 
 		 270 aa  52.4  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117269  hitchhiker  0.00182599 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2030  Spermine synthase  27.7 
 
 		 510 aa  52.4  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1226  hypothetical protein  27.59 
 
 		 517 aa  52  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3042  putative spermidine synthase  28.03 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.784993  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22930  spermidine synthase  30.57 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0650317 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04883  putative integral membrane protein  29.41 
 
 		 494 aa  52  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05370  hypothetical protein  30.58 
 
 		 306 aa  51.2  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0275  spermidine synthase  29.66 
 
 		 293 aa  51.2  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0154876  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2159  hypothetical protein  28.57 
 
 		 607 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0277  spermidine synthase  29.66 
 
 		 296 aa  50.8  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.173175  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1674  hypothetical protein  23.33 
 
 		 241 aa  50.4  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1395  Spermine synthase  25.95 
 
 		 285 aa  50.4  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1296  putative spermine/spermidine synthase family protein  32.23 
 
 		 875 aa  50.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>