More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1544 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1544  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
428 aa  868    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2303  extracellular ligand-binding receptor  88.89 
 
 
432 aa  734    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4443  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
407 aa  145  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
439 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  30.1 
 
 
411 aa  133  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
413 aa  130  4.0000000000000003e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
401 aa  127  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.12 
 
 
406 aa  124  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.12 
 
 
406 aa  123  6e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
397 aa  123  8e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 
394 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
339 aa  100  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
406 aa  99.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
453 aa  98.6  2e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
403 aa  95.9  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
382 aa  92.4  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 
413 aa  90.9  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
386 aa  90.5  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
459 aa  90.1  7e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  25.22 
 
 
371 aa  89.4  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2499  twin-arginine translocation pathway signal  24.62 
 
 
407 aa  88.6  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.61 
 
 
376 aa  88.2  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.21 
 
 
381 aa  87.8  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  25.21 
 
 
413 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
376 aa  87.4  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  25.79 
 
 
374 aa  87  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
406 aa  86.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
372 aa  85.5  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0360  extracellular ligand-binding receptor  21.41 
 
 
381 aa  85.1  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
374 aa  83.6  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0597  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
378 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 
373 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
393 aa  82.8  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
392 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.84 
 
 
401 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
378 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
377 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
378 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
378 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 
388 aa  80.9  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 
378 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
370 aa  80.5  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0326  extracellular ligand-binding receptor  23.63 
 
 
441 aa  80.5  0.00000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.933316  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 
382 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  25.45 
 
 
379 aa  80.1  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
383 aa  79.7  0.00000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  25.25 
 
 
407 aa  79  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 
470 aa  79  0.0000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
400 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 
374 aa  78.6  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
366 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
375 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0514  extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
409 aa  78.2  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 
373 aa  77.8  0.0000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.75 
 
 
378 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 
376 aa  77.4  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  24.85 
 
 
373 aa  77.4  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
417 aa  76.6  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
394 aa  75.9  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.55 
 
 
387 aa  75.5  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.7 
 
 
374 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 
368 aa  75.1  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2205  extracellular ligand-binding receptor  22.2 
 
 
418 aa  75.1  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
388 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
404 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
372 aa  75.1  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.33 
 
 
385 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2361  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.4 
 
 
385 aa  74.3  0.000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  24.47 
 
 
364 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
381 aa  74.7  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
403 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
379 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
388 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
414 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
382 aa  73.9  0.000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  22.25 
 
 
371 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
383 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
388 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 
384 aa  73.9  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  24.9 
 
 
382 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
376 aa  73.2  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  22.74 
 
 
411 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.18 
 
 
371 aa  73.2  0.000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.18 
 
 
371 aa  73.2  0.000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.25 
 
 
396 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 
384 aa  72.8  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.15 
 
 
397 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1935  Extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
375 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2757  Extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
374 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 
393 aa  72.8  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7952  Extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
384 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351177  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2534  extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
374 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
390 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
379 aa  72  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4095  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
388 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
379 aa  71.6  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 
370 aa  72  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>