More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5861 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5861  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  619  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.971396 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5380  regulatory protein, LuxR  69.84 
 
 		 315 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.869493  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5353  regulatory protein, LuxR  45.83 
 
 		 330 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5831  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 276 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1185  transcription regulator protein  62.03 
 
 		 222 aa  99  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124825  normal  0.600184 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1120  two component transcriptional regulator, LuxR family  62.03 
 
 		 219 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  0.118956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1028  two component transcriptional regulator, LuxR family  60.76 
 
 		 222 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.260968 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0338  negative regulator of exopolysaccharide production transcription regulator protein  54.22 
 
 		 236 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.104039  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03679  transcription regulator protein  62.86 
 
 		 299 aa  92.8  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000906887  normal  0.0907157 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4844  two component transcriptional regulator, LuxR family  62.86 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3767  two component transcriptional regulator, LuxR family  62.86 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4795  two component transcriptional regulator, LuxR family  59.15 
 
 		 221 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.180506 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3718  two component transcriptional regulator, LuxR family  59.15 
 
 		 231 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0262455  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5646  putative LuxR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.387707 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.47 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0873  response regulator receiver domain-containing protein  34.21 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0104053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1032  LuxR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4084  two component LuxR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 246 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 207 aa  58.5  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.28 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3373  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.492418  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0582  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.47 
 
 		 204 aa  57  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  40.3 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0564  two component LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.28 
 
 		 219 aa  56.2  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 220 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 220 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1828  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  29.06 
 
 		 216 aa  55.8  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5428  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.33 
 
 		 201 aa  55.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358603 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5778  cyclic nucleotide-binding protein  45.45 
 
 		 353 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.714206 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 216 aa  55.5  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  39.44 
 
 		 238 aa  55.1  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03368  predicted DNA-binding response regulator in two-component regulatory system  42.62 
 
 		 200 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000358261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0193  transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 200 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000210245  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5839  two component LuxR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 198 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.242407  hitchhiker  0.00194364 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4883  transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 200 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3723  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 200 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 218 aa  54.7  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03321  hypothetical protein  42.62 
 
 		 200 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00023179  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 219 aa  54.7  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0939  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 247 aa  54.7  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.224899  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4008  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 200 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3925  transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 200 aa  54.7  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.237516  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 220 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1309  two component LuxR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000148999  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0197  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 200 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000437068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3824  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 200 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.201276 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1766  two component LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 203 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00488071  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  31.82 
 
 		 220 aa  54.3  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 211 aa  54.3  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2744  two component LuxR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 201 aa  53.9  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 219 aa  54.3  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0920509 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1249  response regulator  33.61 
 
 		 245 aa  53.9  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0947405  normal  0.0892263 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 219 aa  53.9  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  33.73 
 
 		 215 aa  53.5  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 213 aa  53.9  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 219 aa  53.9  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1151  two-component response regulator  40 
 
 		 248 aa  53.5  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0179  LuxR family DNA-binding response regulator  39.34 
 
 		 219 aa  53.5  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6044  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 226 aa  53.1  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6085  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 217 aa  53.1  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6211  response regulator receiver protein  34.62 
 
 		 239 aa  53.1  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.377169 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 227 aa  52.8  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 227 aa  52.8  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1690  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 215 aa  52.8  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104312 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1858  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 220 aa  52.8  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00870294  decreased coverage  0.00000000166193 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 227 aa  52.8  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2565  response regulator protein  46.67 
 
 		 213 aa  52.8  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000140338  decreased coverage  0.00000000000000164026 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 220 aa  52.8  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.637953  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2493  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 220 aa  52.8  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1410  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.25 
 
 		 222 aa  52.4  0.000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.46664  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2606  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 220 aa  52.4  0.000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00642184  hitchhiker  0.00275886 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3291  response regulator receiver domain-containing protein  38.89 
 
 		 592 aa  52  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  38.33 
 
 		 217 aa  52  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3981  putative transcriptional regulator  47.06 
 
 		 200 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.347336 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 217 aa  52  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4986  two component LuxR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 237 aa  52.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.170484  normal  0.313407 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3878  putative transcriptional regulator  47.06 
 
 		 200 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3921  putative transcriptional regulator  47.06 
 
 		 200 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3813  putative transcriptional regulator  47.06 
 
 		 200 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.81 
 
 		 228 aa  52.4  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5474  two component LuxR family transcriptional regulator  35 
 
 		 212 aa  52  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.344108  normal  0.73382 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  52.4  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 216 aa  52  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4981  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 244 aa  52  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3800  putative transcriptional regulator  47.06 
 
 		 200 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 219 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2247  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 220 aa  52.4  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.998494  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3305  LuxR family DNA-binding response regulator  34.29 
 
 		 206 aa  51.2  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2582  LuxR response regulator receiver  44.44 
 
 		 233 aa  51.2  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 229 aa  51.2  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 496 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 208 aa  51.6  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0703  two component LuxR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 220 aa  51.6  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.901141  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 207 aa  51.6  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 216 aa  51.2  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  51.6  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 210 aa  51.2  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0730  two component LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 214 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.47186  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>