More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5646 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5646  putative LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  461  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.387707 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5380  regulatory protein, LuxR  38.5 
 
 		 315 aa  88.6  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.869493  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5861  LuxR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.971396 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5831  LuxR family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 276 aa  76.3  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5353  regulatory protein, LuxR  51.28 
 
 		 330 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1185  transcription regulator protein  52.05 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124825  normal  0.600184 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1120  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.05 
 
 		 219 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  0.118956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1028  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.05 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.260968 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3767  two component transcriptional regulator, LuxR family  63.33 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4844  two component transcriptional regulator, LuxR family  63.33 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0338  negative regulator of exopolysaccharide production transcription regulator protein  58.21 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.104039  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3718  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.46 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0262455  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4795  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.46 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.180506 
 
 
-
 
NC_003296  RS03679  transcription regulator protein  61.67 
 
 		 299 aa  72  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000906887  normal  0.0907157 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0655  two component LuxR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4449  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.54 
 
 		 253 aa  60.8  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6211  response regulator receiver protein  32.85 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.377169 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4883  transcriptional regulator, LuxR family  34.51 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03368  predicted DNA-binding response regulator in two-component regulatory system  34.51 
 
 		 200 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000358261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0193  transcriptional regulator, LuxR family  34.51 
 
 		 200 aa  57  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000210245  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3723  LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 200 aa  57  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4981  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 244 aa  57  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3824  LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 200 aa  57  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.201276 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4008  LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 200 aa  57  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3925  transcriptional regulator, LuxR family  34.51 
 
 		 200 aa  57  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.237516  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03321  hypothetical protein  34.51 
 
 		 200 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00023179  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1000  two component LuxR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00026015 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0197  two component LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 200 aa  57  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000437068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3347  two component LuxR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.563314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0164  response regulator receiver protein  52.54 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.87 
 
 		 228 aa  54.7  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.12 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  27.56 
 
 		 217 aa  54.7  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  27.2 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 217 aa  54.7  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 216 aa  54.7  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0939  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.09 
 
 		 247 aa  53.9  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.224899  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5114  two component LuxR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 230 aa  53.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554548 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2485  transcriptional regulator, LuxR family  44.58 
 
 		 316 aa  53.9  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3878  putative transcriptional regulator  47.54 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3921  putative transcriptional regulator  47.54 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2603  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 226 aa  53.1  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0876088  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3981  putative transcriptional regulator  47.54 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.347336 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4986  two component LuxR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 237 aa  53.5  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.170484  normal  0.313407 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1626  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.947018 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0582  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 204 aa  53.5  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3800  putative transcriptional regulator  47.54 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 264 aa  53.1  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3813  putative transcriptional regulator  47.54 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0925  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 119 aa  53.5  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.592282  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 226 aa  53.1  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002211  transcriptional regulator LuxR family  41.38 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2281  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  46.55 
 
 		 730 aa  52.8  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3567  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.07 
 
 		 251 aa  53.1  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 216 aa  53.1  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 219 aa  52.8  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 209 aa  52.4  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0745  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  44.07 
 
 		 895 aa  52.4  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0530  transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 217 aa  52.4  0.000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0882  LuxR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 253 aa  52  0.000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 216 aa  52  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 227 aa  52  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 219 aa  52  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4084  two component LuxR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 246 aa  52  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4026  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.33 
 
 		 200 aa  51.6  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.105506  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 211 aa  52  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1568  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.33 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  44.07 
 
 		 913 aa  51.2  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00157  transcriptional regulator LuxR  39.66 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1936  response regulator receiver protein  42.37 
 
 		 205 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 227 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4689  LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 243 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4942  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.17 
 
 		 222 aa  51.6  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 219 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4871  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.82 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.134443  normal  0.31614 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0179  LuxR family DNA-binding response regulator  25.62 
 
 		 219 aa  50.4  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3592  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1538  LuxR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 288 aa  50.4  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 486 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.81 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0618  transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1410  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 222 aa  50.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.46664  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2721  two component LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 219 aa  50.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001499 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2824  transcriptional regulator, LuxR response regulator receiver  41.38 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0564  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  50.8  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5044  LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 230 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00837426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1027  LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 222 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4078  hypothetical protein  36.46 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0439982  normal  0.0668702 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0765  two component transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 222 aa  50.1  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0930  LuxR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 246 aa  50.1  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3373  two component LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 262 aa  50.1  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.492418  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 207 aa  50.1  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3005  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 217 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00815247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 486 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 486 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 219 aa  50.1  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.98 
 
 		 894 aa  49.7  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  43.86 
 
 		 914 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>