More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5831 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5831  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 276 aa  543  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5353  regulatory protein, LuxR  61.07 
 
 		 330 aa  279  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5380  regulatory protein, LuxR  45.2 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.869493  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5861  LuxR family transcriptional regulator  44 
 
 		 309 aa  162  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.971396 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4844  two component transcriptional regulator, LuxR family  39 
 
 		 303 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3767  two component transcriptional regulator, LuxR family  39 
 
 		 303 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03679  transcription regulator protein  38 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000906887  normal  0.0907157 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1185  transcription regulator protein  38.55 
 
 		 222 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124825  normal  0.600184 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1120  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.69 
 
 		 219 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  0.118956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1028  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.55 
 
 		 222 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.260968 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3718  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 231 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0262455  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0338  negative regulator of exopolysaccharide production transcription regulator protein  32.11 
 
 		 236 aa  102  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.104039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4795  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.64 
 
 		 221 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.180506 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5646  putative LuxR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 231 aa  79  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.387707 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.79 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5474  two component LuxR family transcriptional regulator  26 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.344108  normal  0.73382 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1572  two component LuxR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 218 aa  62  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.972408 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  26.77 
 
 		 216 aa  61.6  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 216 aa  62  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1229  response regulator receiver protein  27.69 
 
 		 212 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.643884  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2582  LuxR response regulator receiver  26.81 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6085  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.34 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1545  two component LuxR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.505974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  24.12 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5451  two component LuxR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.761649  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3421  two component LuxR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556432 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2554  two component LuxR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.958854  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.69 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2722  two component LuxR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0582  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 204 aa  58.2  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 214 aa  58.5  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0709  two component LuxR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 224 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  24.19 
 
 		 238 aa  58.5  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0765  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.81 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0649  LuxR family two component transcriptional regulator  27.66 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.93281  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1151  two-component response regulator  28.5 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2648  LuxR family DNA-binding response regulator  24.38 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4226  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.05 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5233  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.16 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.114456  hitchhiker  0.000738291 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2996  two component LuxR family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 595 aa  57  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.896317  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4084  two component LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 246 aa  56.6  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2026  Two-component protein Kinase  23.25 
 
 		 595 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1142  two component LuxR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.661777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1690  two component LuxR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104312 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5542  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.23 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.448293 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3824  response regulator receiver  26.86 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3228  Two-component protein Kinase  26.7 
 
 		 595 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4986  two component LuxR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.170484  normal  0.313407 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4214  two component LuxR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 228 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0601429  normal  0.0532868 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 220 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0618082  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1663  two component LuxR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 220 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0154836  unclonable  0.0000152825 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  26.4 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  27.27 
 
 		 211 aa  54.3  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  20.08 
 
 		 214 aa  54.3  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  23.79 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0974  two component LuxR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 247 aa  54.7  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000126323  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.29 
 
 		 221 aa  54.7  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4981  two component LuxR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 244 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 213 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4664  two component LuxR family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 219 aa  54.3  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1732  two component LuxR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 220 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0049943  normal  0.183248 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0830  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 211 aa  54.3  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 232 aa  54.7  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.173401  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6963  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.1 
 
 		 225 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.029709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 221 aa  53.9  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 219 aa  53.5  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 218 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 		 228 aa  53.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1410  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.61 
 
 		 222 aa  53.5  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.46664  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  24.49 
 
 		 217 aa  53.1  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5633  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.24 
 
 		 203 aa  53.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.603295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3060  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.36 
 
 		 215 aa  53.5  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3373  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 262 aa  53.5  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.492418  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 214 aa  53.5  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0097  two component LuxR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 218 aa  53.5  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 211 aa  53.5  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3347  two component LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 234 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.563314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 221 aa  53.1  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 209 aa  53.1  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0179  LuxR family DNA-binding response regulator  30 
 
 		 219 aa  53.1  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1951  two component LuxR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 216 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.142543  normal  0.70584 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 207 aa  53.1  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03540  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  28.79 
 
 		 226 aa  53.1  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0806  two component LuxR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 216 aa  53.1  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2496  two component LuxR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 212 aa  52.8  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.996792 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3764  response regulator receiver  23.55 
 
 		 217 aa  52.8  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.321181  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 211 aa  52.8  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3291  response regulator receiver domain-containing protein  25.37 
 
 		 592 aa  52.4  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3072  two component LuxR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 209 aa  52.8  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.875677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 224 aa  52.4  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3390  two component LuxR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 226 aa  52.4  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  22.41 
 
 		 220 aa  52.4  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000781929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1867  two component LuxR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 219 aa  52.4  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00198288  hitchhiker  0.000309651 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4942  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.27 
 
 		 222 aa  52.4  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2782  two component LuxR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 214 aa  52.4  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.834695  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>