More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5940 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  100 
 
 		 220 aa  442  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000781929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  59.05 
 
 		 210 aa  272  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  61.72 
 
 		 209 aa  264  8e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 232 aa  248  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 213 aa  248  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.98 
 
 		 213 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 212 aa  238  8e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  43.6 
 
 		 209 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  43.6 
 
 		 209 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 208 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 207 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  46.92 
 
 		 207 aa  174  9e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  46.92 
 
 		 207 aa  174  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  41.63 
 
 		 208 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  41.63 
 
 		 208 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  42.44 
 
 		 207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  39.52 
 
 		 207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 205 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  44.13 
 
 		 207 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 205 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  43.66 
 
 		 207 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 208 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  38.68 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.26 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 209 aa  147  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  35.71 
 
 		 210 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  35.71 
 
 		 210 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 210 aa  144  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  37.14 
 
 		 210 aa  144  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 207 aa  144  7.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  35.71 
 
 		 210 aa  144  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  35.71 
 
 		 210 aa  144  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  35.71 
 
 		 210 aa  144  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.13 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.13 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  34.13 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  34.13 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  34.13 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  34.13 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  34.13 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.23 
 
 		 202 aa  143  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  34.13 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  36.67 
 
 		 210 aa  142  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  33.02 
 
 		 210 aa  136  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 204 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0522  LuxR response regulator receiver  39.02 
 
 		 212 aa  135  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000276468  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3412  LuxR family DNA-binding response regulator  36.1 
 
 		 204 aa  134  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 204 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1863  two component LuxR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 209 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 203 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.51 
 
 		 211 aa  128  7.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  32.65 
 
 		 199 aa  127  9.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  34.13 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.13 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.13 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.13 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  34.13 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.13 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.13 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.13 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.13 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0459  two component LuxR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 207 aa  125  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957088  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1293  LuxR family DNA-binding response regulator  36.32 
 
 		 216 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  30.73 
 
 		 214 aa  119  3.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 213 aa  118  7.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2271  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.89 
 
 		 223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 212 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.31 
 
 		 217 aa  115  6e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1400  two component signal transduction response regulator  30.62 
 
 		 214 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 213 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.45 
 
 		 210 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1551  two component LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460798 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  31.72 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1286  two component LuxR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 213 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 213 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2722  two component LuxR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  31.78 
 
 		 223 aa  113  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 223 aa  113  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6075  two-component response regulator  32.06 
 
 		 216 aa  113  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  30.62 
 
 		 214 aa  113  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1122  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.88 
 
 		 234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.752968  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4132  response regulator receiver  35.05 
 
 		 235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.232221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4976  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.84 
 
 		 218 aa  112  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.289575  normal  0.034027 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2686  two component LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 203 aa  112  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 211 aa  111  7.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  33.8 
 
 		 218 aa  111  8.000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3043  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.5 
 
 		 225 aa  111  9e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000652561  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1846  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.66 
 
 		 212 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.349565  normal  0.2019 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 207 aa  111  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3105  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.11 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.23 
 
 		 215 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.19 
 
 		 224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0703  LuxR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000151408  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>