More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1084 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  100 
 
 		 364 aa  722    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  80.06 
 
 		 363 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  75.68 
 
 		 365 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  68.13 
 
 		 363 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  72.38 
 
 		 371 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  64.93 
 
 		 372 aa  449  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3809  porin  56.82 
 
 		 392 aa  381  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261808  normal  0.302186 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  54.81 
 
 		 373 aa  374  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  54.42 
 
 		 375 aa  373  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0265  porin  52.8 
 
 		 373 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0179073  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  51.82 
 
 		 368 aa  350  3e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  50.68 
 
 		 377 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4539  porin  52.14 
 
 		 382 aa  337  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516976  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  50 
 
 		 374 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5460  porin  48.48 
 
 		 382 aa  328  9e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.376591 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0054  outer membrane protein (porin)  49.16 
 
 		 382 aa  327  3e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.914863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4912  porin  48.21 
 
 		 382 aa  327  3e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.203081  normal  0.725846 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  49.06 
 
 		 379 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  49.06 
 
 		 379 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  47.83 
 
 		 379 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3218  porin  48.51 
 
 		 373 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.819696  normal  0.0778047 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  48.5 
 
 		 385 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  49.33 
 
 		 379 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5632  porin  47.93 
 
 		 382 aa  315  6e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0304788  decreased coverage  0.00129343 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  49.33 
 
 		 379 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5227  porin  47.93 
 
 		 382 aa  315  6e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143813  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4597  porin  47.93 
 
 		 382 aa  315  6e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000189593 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  49.33 
 
 		 379 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3196  outer membrane protein (porin)  47.25 
 
 		 361 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00143868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6973  porin  49.45 
 
 		 376 aa  308  9e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0416  outer membrane protein (porin)  48.08 
 
 		 364 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.441779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5128  outer membrane protein (porin)  48.63 
 
 		 364 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  46.85 
 
 		 382 aa  299  6e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2109  outer membrane protein (porin)  47.59 
 
 		 362 aa  298  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4595  outer membrane protein (porin)  48.08 
 
 		 364 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1076  outer membrane protein (porin)  47.11 
 
 		 362 aa  292  7e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0592135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1076  outer membrane protein (porin)  47.11 
 
 		 362 aa  291  9e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.441264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  46.3 
 
 		 372 aa  288  9e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  40.32 
 
 		 355 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  40.32 
 
 		 355 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  41.25 
 
 		 386 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  37.8 
 
 		 354 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  40.99 
 
 		 386 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  41.21 
 
 		 351 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  40.68 
 
 		 352 aa  202  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  37.08 
 
 		 371 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  38.01 
 
 		 352 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  39.85 
 
 		 387 aa  199  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  39.19 
 
 		 356 aa  199  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  39.14 
 
 		 354 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  39.14 
 
 		 354 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  36.77 
 
 		 367 aa  196  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  38.15 
 
 		 388 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  38.61 
 
 		 355 aa  195  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  38.52 
 
 		 353 aa  195  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  38.74 
 
 		 355 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  38.27 
 
 		 379 aa  193  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  38.17 
 
 		 374 aa  192  9e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  38.59 
 
 		 401 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  38.15 
 
 		 353 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  37.71 
 
 		 398 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  39.12 
 
 		 386 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  38.24 
 
 		 368 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  35.25 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  37.4 
 
 		 362 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  37.5 
 
 		 368 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  38.25 
 
 		 377 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  37.67 
 
 		 402 aa  180  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  36.6 
 
 		 358 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  37.59 
 
 		 391 aa  179  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  36.97 
 
 		 387 aa  179  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  37.99 
 
 		 379 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  35.86 
 
 		 383 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  36.51 
 
 		 383 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  35.71 
 
 		 383 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  35.71 
 
 		 383 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  36.32 
 
 		 393 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  35.86 
 
 		 383 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  35.38 
 
 		 386 aa  165  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  35.82 
 
 		 376 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  36.65 
 
 		 376 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  35.16 
 
 		 383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  35.2 
 
 		 383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  34.76 
 
 		 386 aa  164  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  34.28 
 
 		 392 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  34.28 
 
 		 392 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  35.42 
 
 		 378 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  34.03 
 
 		 354 aa  162  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  35.77 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  36.13 
 
 		 376 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  34.67 
 
 		 384 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  36.23 
 
 		 387 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  36.9 
 
 		 382 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  33.65 
 
 		 389 aa  158  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  32.57 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  35.68 
 
 		 384 aa  156  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  35.06 
 
 		 384 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  34.35 
 
 		 373 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  34.64 
 
 		 357 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  33.5 
 
 		 386 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>