More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1076 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010084  Bmul_2109  outer membrane protein (porin)  93.92 
 
 		 362 aa  658    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1076  outer membrane protein (porin)  99.17 
 
 		 362 aa  716    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.441264  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1076  outer membrane protein (porin)  100 
 
 		 362 aa  722    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0592135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0416  outer membrane protein (porin)  72.48 
 
 		 364 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.441779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4595  outer membrane protein (porin)  74.02 
 
 		 364 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3196  outer membrane protein (porin)  68.6 
 
 		 361 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00143868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5128  outer membrane protein (porin)  73.46 
 
 		 364 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  49.03 
 
 		 379 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  49.03 
 
 		 379 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5460  porin  48.21 
 
 		 382 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.376591 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4912  porin  47.93 
 
 		 382 aa  299  5e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.203081  normal  0.725846 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  47.43 
 
 		 379 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  47.43 
 
 		 379 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  47.43 
 
 		 379 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  47.4 
 
 		 364 aa  296  4e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  47.17 
 
 		 385 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0265  porin  43.13 
 
 		 373 aa  295  1e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0179073  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5632  porin  48.48 
 
 		 382 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0304788  decreased coverage  0.00129343 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4597  porin  48.48 
 
 		 382 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000189593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5227  porin  48.48 
 
 		 382 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143813  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  45.43 
 
 		 365 aa  293  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  47.22 
 
 		 377 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  48.37 
 
 		 379 aa  290  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0054  outer membrane protein (porin)  46.67 
 
 		 382 aa  288  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.914863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4539  porin  44.9 
 
 		 382 aa  287  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.516976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  43.67 
 
 		 373 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  44.62 
 
 		 363 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  45.19 
 
 		 363 aa  285  8e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  46.38 
 
 		 371 aa  285  9e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  43.13 
 
 		 375 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3218  porin  46.07 
 
 		 373 aa  279  6e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.819696  normal  0.0778047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3809  porin  45.04 
 
 		 392 aa  268  8e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261808  normal  0.302186 
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  45.45 
 
 		 374 aa  268  8.999999999999999e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  45.48 
 
 		 372 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  44.88 
 
 		 368 aa  266  4e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  43.25 
 
 		 382 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  43.8 
 
 		 372 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6973  porin  42.52 
 
 		 376 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  38.36 
 
 		 354 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  35.73 
 
 		 367 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  38.81 
 
 		 353 aa  178  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  37.43 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  37.94 
 
 		 402 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  37.3 
 
 		 355 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  37.3 
 
 		 355 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  33.85 
 
 		 354 aa  167  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  35.96 
 
 		 355 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  38.03 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  38.03 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  36.39 
 
 		 353 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  34.64 
 
 		 367 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  34.88 
 
 		 371 aa  162  7e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  34.92 
 
 		 357 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  37.29 
 
 		 355 aa  157  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  35.6 
 
 		 368 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  35.17 
 
 		 363 aa  156  6e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  35.17 
 
 		 363 aa  156  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  33.68 
 
 		 358 aa  156  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  35.12 
 
 		 374 aa  156  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  34.65 
 
 		 363 aa  155  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  35.88 
 
 		 392 aa  155  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  37.54 
 
 		 356 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  34.84 
 
 		 363 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  35.17 
 
 		 363 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  35.17 
 
 		 363 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  35.17 
 
 		 449 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  35.17 
 
 		 363 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  35.87 
 
 		 401 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  35.14 
 
 		 353 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  34.97 
 
 		 386 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  33.7 
 
 		 377 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  34.47 
 
 		 363 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  34.72 
 
 		 386 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  34.57 
 
 		 379 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  34.41 
 
 		 368 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  33.51 
 
 		 362 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  33.33 
 
 		 363 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  35 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  34.76 
 
 		 352 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  33.7 
 
 		 379 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  33.9 
 
 		 363 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  33.9 
 
 		 363 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  33.9 
 
 		 363 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  36.13 
 
 		 383 aa  143  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  32.8 
 
 		 389 aa  142  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  35.03 
 
 		 358 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  32.15 
 
 		 392 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  32.15 
 
 		 392 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  34.14 
 
 		 383 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  36.01 
 
 		 383 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  37.18 
 
 		 373 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  31.83 
 
 		 361 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  35.62 
 
 		 387 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  34.38 
 
 		 273 aa  137  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  32.27 
 
 		 388 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  33.52 
 
 		 350 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  34.55 
 
 		 383 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  34.55 
 
 		 383 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  34.8 
 
 		 387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  34.55 
 
 		 383 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>