More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00895 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00895  transcription regulator protein  100 
 
 		 205 aa  407  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0473063  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3952  GntR family transcriptional regulator  55.61 
 
 		 221 aa  227  8e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.942603  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3216  GntR family transcriptional regulator  47.03 
 
 		 217 aa  188  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0185552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  49.03 
 
 		 227 aa  180  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1235  GntR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 223 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.724458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0185  transcriptional regulator, GntR family  43.39 
 
 		 222 aa  128  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.27943  normal  0.15963 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2825  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 215 aa  114  6.9999999999999995e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0997376 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0735  transcriptional regulator, GntR family  37.06 
 
 		 228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000113476  decreased coverage  0.0012324 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 239 aa  97.4  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2317  GntR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 216 aa  95.9  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0600206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 231 aa  92.4  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3274  hypothetical protein  37.99 
 
 		 187 aa  92  6e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00273184  normal  0.0615385 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 266 aa  90.1  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2846  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 222 aa  87.4  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 260 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 		 223 aa  85.5  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 233 aa  85.1  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 233 aa  85.1  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 233 aa  85.1  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 254 aa  84.7  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 216 aa  84  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 242 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 219 aa  79.7  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 228 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2079  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 245 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.420159  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 219 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 219 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 240 aa  77.8  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 213 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  25.26 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3609  GntR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 236 aa  75.9  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7611  transcriptional regulator GntR family  33.16 
 
 		 250 aa  75.5  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 231 aa  75.1  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2360  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 247 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.68775 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 240 aa  75.1  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3836  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 312 aa  75.1  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.155558  normal  0.0735717 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5262  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 228 aa  75.1  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  36.7 
 
 		 217 aa  75.1  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 227 aa  74.7  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  31.82 
 
 		 224 aa  74.7  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 234 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  36.17 
 
 		 225 aa  74.7  0.0000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 251 aa  74.7  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  30.3 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  30.3 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  32.97 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5379  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  29.23 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  32.06 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1060  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  29.73 
 
 		 220 aa  72.4  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0606  GntR domain-containing protein  35.35 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 251 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  29.65 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 225 aa  72  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 225 aa  72  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 252 aa  72  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 		 218 aa  72  0.000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 251 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  31.32 
 
 		 241 aa  71.2  0.000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 227 aa  70.5  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4880  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3847  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.458014 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4006  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.477565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1411  GntR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0858429  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  22.51 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2296  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2521  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.215093  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>