More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1836 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2132  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  83.94 
 
 		 660 aa  1089    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.73 
 
 		 660 aa  766    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.938091  normal  0.729062 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0941  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  61.6 
 
 		 660 aa  756    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.983495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  66.36 
 
 		 662 aa  832    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606088  normal  0.0314376 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1406  cytochrome c assembly protein  61.74 
 
 		 666 aa  736    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.419457  normal  0.0330583 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1071  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  67.02 
 
 		 665 aa  840    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.998298 
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.04 
 
 		 663 aa  818    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1681  cytochrome c assembly protein  61.74 
 
 		 666 aa  741    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0360404  normal  0.640994 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1401  cytochrome c assembly protein  62.04 
 
 		 666 aa  747    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0545424 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  81.09 
 
 		 661 aa  1064    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.157027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.19 
 
 		 666 aa  681    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2633  cytochrome c maturation protein, CcmF  55.15 
 
 		 656 aa  635    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0466385  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0432  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  53.2 
 
 		 659 aa  660    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4993  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  62.28 
 
 		 666 aa  783    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000108903 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  58.6 
 
 		 671 aa  706    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.836519  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0438  cytochrome c assembly protein  61.61 
 
 		 660 aa  760    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0635  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  67.42 
 
 		 660 aa  828    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.181407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1169  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.98 
 
 		 656 aa  667    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.291829 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3448  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  84.39 
 
 		 660 aa  1077    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186269  normal  0.0456114 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  53.89 
 
 		 664 aa  669    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2152  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.47 
 
 		 662 aa  674    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4166  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.01 
 
 		 664 aa  778    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.522629  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1836  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 		 660 aa  1296    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0373548  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1290  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.15 
 
 		 656 aa  635    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.595992 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.19 
 
 		 663 aa  820    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2003  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  84.24 
 
 		 660 aa  1104    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.151037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1439  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  82.12 
 
 		 660 aa  1076    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612264  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1127  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.72 
 
 		 654 aa  645    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  65.71 
 
 		 662 aa  746    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160202  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.39 
 
 		 663 aa  814    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1364  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  62.52 
 
 		 667 aa  795    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.220377  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  66.41 
 
 		 661 aa  822    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.018137  normal  0.790644 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  55.66 
 
 		 653 aa  688    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  54.19 
 
 		 666 aa  681    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2232  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  64.05 
 
 		 660 aa  781    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3073  cytochrome c-type biogenesis protein cycK  80 
 
 		 659 aa  994    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.46047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.82 
 
 		 658 aa  630  1e-179  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109986  normal  0.46196 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2932  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.01 
 
 		 659 aa  617  1e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2854  cytochrome c assembly protein  50.46 
 
 		 657 aa  610  1e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.25 
 
 		 657 aa  585  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1659  cytochrome c assembly protein  47.95 
 
 		 659 aa  577  1.0000000000000001e-163  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.118924  normal  0.550296 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.85 
 
 		 679 aa  574  1.0000000000000001e-162  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.31 
 
 		 658 aa  570  1e-161  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.69 
 
 		 651 aa  564  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.68 
 
 		 657 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.38 
 
 		 665 aa  560  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.29 
 
 		 639 aa  561  1e-158  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.87 
 
 		 653 aa  558  1e-157  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  47.45 
 
 		 658 aa  554  1e-156  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.6 
 
 		 639 aa  555  1e-156  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.39 
 
 		 692 aa  549  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.99 
 
 		 660 aa  549  1e-155  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.73 
 
 		 652 aa  550  1e-155  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  45.85 
 
 		 685 aa  547  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.36 
 
 		 677 aa  544  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  46.21 
 
 		 649 aa  542  1e-153  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.19 
 
 		 658 aa  542  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.37 
 
 		 658 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.55 
 
 		 657 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  46.84 
 
 		 660 aa  541  9.999999999999999e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.69 
 
 		 661 aa  533  1e-150  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  50.6 
 
 		 661 aa  533  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.69 
 
 		 659 aa  533  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.46 
 
 		 672 aa  532  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  48.93 
 
 		 680 aa  532  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.9 
 
 		 659 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.6 
 
 		 659 aa  530  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.04 
 
 		 679 aa  528  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.46 
 
 		 672 aa  531  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.9 
 
 		 659 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.2 
 
 		 659 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.58 
 
 		 657 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.5 
 
 		 673 aa  525  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.99 
 
 		 659 aa  525  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.05 
 
 		 659 aa  528  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.46 
 
 		 664 aa  523  1e-147  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.11 
 
 		 662 aa  524  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.56 
 
 		 681 aa  523  1e-147  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.6 
 
 		 659 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.75 
 
 		 659 aa  524  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.75 
 
 		 659 aa  523  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.59 
 
 		 659 aa  525  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.55 
 
 		 653 aa  519  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.35 
 
 		 666 aa  519  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.12 
 
 		 694 aa  519  1e-146  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.5 
 
 		 657 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.98 
 
 		 656 aa  515  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.1 
 
 		 659 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.76 
 
 		 660 aa  516  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1390  cytochrome c assembly protein  46.98 
 
 		 655 aa  518  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.74825  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.47 
 
 		 657 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.84 
 
 		 662 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.82 
 
 		 656 aa  514  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30400  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.71 
 
 		 657 aa  513  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.82 
 
 		 656 aa  514  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.14 
 
 		 662 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3990  cytochrome c assembly protein  45.22 
 
 		 641 aa  509  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.186912 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.23 
 
 		 656 aa  511  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.54 
 
 		 674 aa  511  1e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1516  cytochrome c assembly protein  47.09 
 
 		 656 aa  503  1e-141  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.658808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>