165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4390 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4390  putative cyclase  100 
 
 		 236 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1641  cyclase family protein  50.43 
 
 		 254 aa  223  2e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2548  cyclase family protein  46.81 
 
 		 253 aa  204  1e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1541  cyclase family protein  46.15 
 
 		 253 aa  177  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.711446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2300  cyclase family protein  45.53 
 
 		 253 aa  176  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.408163 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1543  cyclase family protein  46.8 
 
 		 255 aa  169  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.46134 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0480  putative cyclase  39.74 
 
 		 261 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3149  cyclase family protein  40.69 
 
 		 259 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.568603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0716  putative cyclase  40.29 
 
 		 259 aa  161  7e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4646  cyclase family protein  43.9 
 
 		 260 aa  159  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3414  cyclase family protein  37.39 
 
 		 262 aa  157  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2245  putative cyclase  38.3 
 
 		 262 aa  155  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5611  putative cyclase  40.67 
 
 		 268 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0855  putative cyclase  39.07 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.848747  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5975  cyclase family protein  40.67 
 
 		 268 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00514235  decreased coverage  0.000132794 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2038  putative cyclase  39.9 
 
 		 260 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.17281  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1225  putative cyclase  37.24 
 
 		 262 aa  152  5e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5495  cyclase  39.41 
 
 		 258 aa  150  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.245157  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3459  cyclase family protein  42.19 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7460  putative cyclase  37.55 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.625222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2398  cyclase family protein  40.31 
 
 		 263 aa  148  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.815528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5979  putative cyclase  36.68 
 
 		 258 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1793  putative cyclase  36.29 
 
 		 267 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.675258  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0417  cyclase family protein  38.43 
 
 		 260 aa  145  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.421227  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3207  cyclase, putative  38.42 
 
 		 260 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4826  cyclase family protein  35.86 
 
 		 271 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.594679 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1005  cyclase family protein  37.62 
 
 		 266 aa  144  9e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.70726 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2361  cyclase family protein  39.3 
 
 		 253 aa  142  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0286338 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0101  cyclase family protein  38.28 
 
 		 268 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0387  cyclase family protein  37.8 
 
 		 268 aa  142  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.325304 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1493  cyclase family protein  39.58 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.778489  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2646  putative cyclase  33.62 
 
 		 270 aa  126  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3915  cyclase family protein  29.5 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.229122  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2761  cyclase family protein  30.89 
 
 		 216 aa  73.9  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1663  cyclase family protein  33.85 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.673184  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0956  cyclase family protein  25.13 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.161877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0049  cyclase family protein  27.11 
 
 		 213 aa  67  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2407  putative cyclase  28.97 
 
 		 267 aa  66.6  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0264873  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0047  cyclase family protein  27.11 
 
 		 213 aa  67  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1868  cyclase family protein  28.65 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00308105  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3771  cyclase family protein  30.77 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.465631 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4064  cyclase family protein  30.41 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3370  cyclase family protein  30.26 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.380631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1761  cyclase family protein  23.04 
 
 		 213 aa  65.5  0.0000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1936  hypothetical protein  28.86 
 
 		 215 aa  65.1  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1029  cyclase family protein  27.19 
 
 		 277 aa  64.3  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.121896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1367  cyclase family protein  30.33 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0951074 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1077  cyclase family protein  30.53 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.323976  normal  0.0992095 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4910  putative cyclase  26.63 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1005  cyclase family protein  32.65 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.319318  normal  0.15577 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0408  putative cyclase  27.14 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1310  cyclase family protein  27.94 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.308551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3853  cyclase family protein  33.17 
 
 		 193 aa  61.2  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00415586  normal  0.0437489 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0812  cyclase family protein  23 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0456  putative cyclase  26.13 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0461  hypothetical protein  26.13 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2147  cyclase family protein  30.18 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.267005  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1127  cyclase family protein  23.86 
 
 		 189 aa  60.8  0.00000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0329  cyclase  24.62 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0332  cyclase  24.62 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0347  cyclase family protein  29.27 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0142  cyclase family protein  23.32 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000000000166569 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0346  hypothetical protein  24.62 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0361  hypothetical protein  24.62 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2320  putative cyclase  28.17 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000000962152  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0341  cyclase family protein  26.13 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4071  cyclase family protein  32.83 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.65145  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2278  cyclase family protein  28.5 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000843972  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0395  putative cyclase  24.62 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3365  cyclase family protein  31.12 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0151561  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13480  cyclase family protein  26.77 
 
 		 221 aa  58.2  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0322742  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2083  hypothetical protein  29.95 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1870  putative cyclase  28.29 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0124068  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0313  cyclase family protein  27.07 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0257  cyclase family protein  27.89 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4050  cyclase family protein  24.6 
 
 		 275 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0384767 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5006  cyclase family protein  27.85 
 
 		 264 aa  57  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2042  cyclase family protein  29.32 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0111986 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3004  cyclase family protein  28.37 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0209001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4339  cyclase family protein  30.73 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0530585  decreased coverage  0.000845413 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1205  cyclase family protein  24.62 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1756  cyclase family protein  29.05 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4084  cyclase family protein  29.91 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2854  cyclase family protein  26.17 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0824  cyclase family protein  23.5 
 
 		 189 aa  55.5  0.0000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.924773  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2218  cyclase family protein  27.31 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1722  hypothetical protein  28.93 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.990715  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1550  cyclase family protein  22.56 
 
 		 189 aa  54.7  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.477846  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11731  hypothetical protein  30.83 
 
 		 276 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000634695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2550  cyclase family protein  29.21 
 
 		 216 aa  53.9  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.22324  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2003  cyclase family protein  27.89 
 
 		 222 aa  53.9  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.134376  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0986  hypothetical protein  22.05 
 
 		 219 aa  54.3  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.428694  normal  0.859391 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0130  cyclase family protein  29.53 
 
 		 216 aa  54.3  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4925  cyclase family protein  27.8 
 
 		 259 aa  52.8  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.346514  normal  0.557491 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1863  cyclase family protein  25.62 
 
 		 212 aa  52.4  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.171593  normal  0.0594978 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0925  cyclase family protein  25.13 
 
 		 215 aa  52.4  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3256  hypothetical protein  26.24 
 
 		 260 aa  52  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.794257 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4034  putative cyclase  28.86 
 
 		 377 aa  52  0.000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.368561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5058  cyclase family protein  30.47 
 
 		 290 aa  52  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.281204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1211  cyclase family protein  23.11 
 
 		 275 aa  52  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>