222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4340 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  99.28 
 
 		 418 aa  854    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  73.05 
 
 		 422 aa  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  78.41 
 
 		 418 aa  664    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  97.85 
 
 		 418 aa  840    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  76.36 
 
 		 422 aa  669    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  76.79 
 
 		 418 aa  666    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  100 
 
 		 418 aa  858    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  77.16 
 
 		 419 aa  652    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  79.49 
 
 		 395 aa  674    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  93.78 
 
 		 417 aa  810    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  74.94 
 
 		 412 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  74.7 
 
 		 412 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  74.7 
 
 		 412 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  74.22 
 
 		 412 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  68.65 
 
 		 416 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  71.39 
 
 		 421 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  68.82 
 
 		 415 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  69.95 
 
 		 416 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  68.45 
 
 		 424 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  66.91 
 
 		 410 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  64.82 
 
 		 422 aa  548  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  66.16 
 
 		 424 aa  547  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  66.5 
 
 		 423 aa  547  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  65.82 
 
 		 426 aa  541  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  65.32 
 
 		 428 aa  534  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  60.19 
 
 		 422 aa  520  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  66.16 
 
 		 429 aa  517  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  55.88 
 
 		 405 aa  478  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  56.49 
 
 		 420 aa  471  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  55.96 
 
 		 417 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  55.47 
 
 		 417 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  55.85 
 
 		 413 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  52.61 
 
 		 417 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  52.61 
 
 		 417 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  49.52 
 
 		 416 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  49.03 
 
 		 416 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  47.62 
 
 		 423 aa  385  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  48.62 
 
 		 430 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  47.04 
 
 		 431 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  47.62 
 
 		 430 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  47.12 
 
 		 430 aa  360  4e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  45.85 
 
 		 416 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  45.37 
 
 		 416 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  45.12 
 
 		 416 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  46.98 
 
 		 429 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  46.73 
 
 		 429 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  45.71 
 
 		 421 aa  342  8e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  46.48 
 
 		 429 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  45.16 
 
 		 416 aa  338  8e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  45.11 
 
 		 415 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  44.44 
 
 		 429 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  44.19 
 
 		 427 aa  332  9e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  42.93 
 
 		 427 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  42.52 
 
 		 421 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  42.29 
 
 		 421 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  40.76 
 
 		 428 aa  320  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  44.76 
 
 		 418 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  43.06 
 
 		 422 aa  315  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  42.01 
 
 		 410 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  42.09 
 
 		 410 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  42.01 
 
 		 417 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  42.01 
 
 		 410 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  42.68 
 
 		 412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  42.89 
 
 		 418 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  40.79 
 
 		 431 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  42.04 
 
 		 431 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  41.92 
 
 		 433 aa  299  8e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  41.45 
 
 		 433 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  41.45 
 
 		 433 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  43.37 
 
 		 409 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  41.22 
 
 		 429 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  41.15 
 
 		 416 aa  292  8e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  40.1 
 
 		 433 aa  292  9e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  42.89 
 
 		 409 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  40.19 
 
 		 418 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  41.23 
 
 		 439 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  38.14 
 
 		 420 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  38.22 
 
 		 420 aa  282  9e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  40.5 
 
 		 417 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  41.09 
 
 		 421 aa  280  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  39.75 
 
 		 417 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  40.25 
 
 		 417 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  40 
 
 		 416 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  37.38 
 
 		 411 aa  277  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  38.96 
 
 		 460 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  38.06 
 
 		 463 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  40.81 
 
 		 440 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  40 
 
 		 440 aa  270  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  38.16 
 
 		 416 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  39.9 
 
 		 437 aa  268  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  36.97 
 
 		 443 aa  268  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  37.38 
 
 		 426 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.89 
 
 		 430 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  36.41 
 
 		 427 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  40.44 
 
 		 427 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  38.69 
 
 		 447 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  36.28 
 
 		 457 aa  264  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  38.86 
 
 		 417 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  37.02 
 
 		 439 aa  263  4e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  35.86 
 
 		 440 aa  263  4.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>