More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1885 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1885  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 234 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.219739  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2254  GntR family transcriptional regulator  96.58 
 
 		 232 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.385472  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3484  GntR domain-containing protein  96.58 
 
 		 232 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0607093  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1728  GntR domain-containing protein  91.38 
 
 		 234 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4879  GntR family transcriptional regulator  79.06 
 
 		 234 aa  367  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0195  putative transcriptional regulator  54.82 
 
 		 228 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.361489  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01470  putative transcriptional regulator  54.39 
 
 		 228 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.763826 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  32.58 
 
 		 227 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 234 aa  113  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0567  GntR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.837361  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2102  transcription regulator protein  35.62 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3461  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 230 aa  109  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.488404  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1202  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3389  GntR domain protein  30.04 
 
 		 230 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.422325  hitchhiker  0.000247854 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1242  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 230 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2462  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 230 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0381  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 230 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3324  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 230 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3424  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 230 aa  108  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.332431  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3459  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 230 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0011  GntR domain protein  35 
 
 		 254 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0016  GntR domain protein  35 
 
 		 254 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5075  GntR domain-containing protein  32.59 
 
 		 262 aa  101  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.0518495 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5244  transcriptional regulator, GntR family  32.19 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0299  transcriptional regulator GntR  32.19 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2741  GntR domain-containing protein  32.29 
 
 		 240 aa  99.8  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0412292  normal  0.462713 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2597  GntR domain-containing protein  28 
 
 		 230 aa  99.4  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0231  GntR domain-containing protein  34.78 
 
 		 268 aa  98.6  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3731  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 230 aa  98.6  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.069841  normal  0.381268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5458  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 235 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  33.93 
 
 		 242 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0612  GntR domain-containing protein  30.94 
 
 		 240 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.151617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0566  GntR domain-containing protein  31.39 
 
 		 239 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821673  normal  0.241322 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0212  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 255 aa  97.4  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0540  GntR domain-containing protein  31.39 
 
 		 239 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0645  GntR domain-containing protein  30.94 
 
 		 230 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0162  GntR-like  30.94 
 
 		 291 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496913  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  31.31 
 
 		 231 aa  96.3  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  33.33 
 
 		 242 aa  95.5  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.43 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  30.95 
 
 		 258 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 236 aa  86.3  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 238 aa  85.9  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  29.77 
 
 		 235 aa  85.1  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 		 235 aa  84.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  30.86 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  27.85 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05160  transcriptional regulator, GntR family  35.43 
 
 		 253 aa  82.8  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  34.07 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  32 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  31.03 
 
 		 222 aa  81.3  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  27.6 
 
 		 239 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  30.14 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  31.05 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5880  GntR domain protein  30.2 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  29.13 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  29.09 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  30.91 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  30.84 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  30.48 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4797  GntR domain protein  30.13 
 
 		 247 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  27.68 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 241 aa  79  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  31.16 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 261 aa  79  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  27.51 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  29.68 
 
 		 249 aa  78.2  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 247 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4681  GntR domain protein  30.04 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  30.7 
 
 		 237 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  29.68 
 
 		 249 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  29.44 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  25.34 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  30.73 
 
 		 249 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  29.44 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  28.96 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  29.44 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5046  GntR domain protein  31.84 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1316  GntR domain protein  33.33 
 
 		 202 aa  77  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  27.03 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3026  GntR domain protein  27.4 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3919  transcriptional regulator GntR family  36.54 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.94 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2215  regulatory protein GntR HTH  31.25 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  30.28 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  27.03 
 
 		 240 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  29.86 
 
 		 252 aa  75.9  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  27.96 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2228  regulatory protein GntR HTH  31.25 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.814458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  29.48 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  27.8 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  32.73 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>