More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0016 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0016  GntR domain protein  100 
 
 		 254 aa  494  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0011  GntR domain protein  98.43 
 
 		 254 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2102  transcription regulator protein  82.68 
 
 		 254 aa  402  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0212  GntR family transcriptional regulator  76.62 
 
 		 255 aa  306  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0231  GntR domain-containing protein  67.42 
 
 		 268 aa  290  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0567  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.837361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3389  GntR domain protein  34.16 
 
 		 230 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.422325  hitchhiker  0.000247854 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2597  GntR domain-containing protein  33.61 
 
 		 230 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5075  GntR domain-containing protein  33.92 
 
 		 262 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.0518495 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3461  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.488404  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1202  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 230 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3459  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 230 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2462  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 230 aa  108  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3324  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 230 aa  108  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1242  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 230 aa  108  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0381  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 230 aa  108  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3424  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 230 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.332431  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4879  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 234 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1728  GntR domain-containing protein  35.93 
 
 		 234 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3484  GntR domain-containing protein  35.19 
 
 		 232 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0607093  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01470  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 228 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.763826 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2741  GntR domain-containing protein  36.89 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0412292  normal  0.462713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2254  GntR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 232 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.385472  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1885  GntR domain-containing protein  35.19 
 
 		 234 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.219739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0566  GntR domain-containing protein  36.07 
 
 		 239 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821673  normal  0.241322 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0162  GntR-like  36.07 
 
 		 291 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496913  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0540  GntR domain-containing protein  36.07 
 
 		 239 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0645  GntR domain-containing protein  36.07 
 
 		 230 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0612  GntR domain-containing protein  36.07 
 
 		 240 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.151617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0195  putative transcriptional regulator  35.06 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.361489  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3731  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 230 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.069841  normal  0.381268 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  36.75 
 
 		 252 aa  102  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  32.89 
 
 		 227 aa  101  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  35.74 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  36.71 
 
 		 234 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  36.6 
 
 		 249 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5458  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 235 aa  99  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5244  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0299  transcriptional regulator GntR  31.47 
 
 		 234 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  33.77 
 
 		 255 aa  92.8  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  35.91 
 
 		 239 aa  92.8  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  35.96 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 252 aa  90.9  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  35.14 
 
 		 227 aa  90.1  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 251 aa  89.7  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  35.27 
 
 		 250 aa  89.7  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 255 aa  89.7  4e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 241 aa  88.6  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  27.88 
 
 		 243 aa  88.6  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 240 aa  88.2  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 238 aa  88.2  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  34.09 
 
 		 242 aa  87.4  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2064  GntR domain protein  37.17 
 
 		 247 aa  85.9  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  35.56 
 
 		 233 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  33.63 
 
 		 235 aa  85.9  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  28.51 
 
 		 227 aa  86.3  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 233 aa  85.5  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  34.44 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  35.4 
 
 		 240 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  27.95 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2978  GntR domain-containing protein  31.03 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5046  GntR domain protein  36.09 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  34.44 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.6 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  38.26 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  38.26 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  38.26 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  34.78 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1899  GntR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.671252  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  33.94 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  30.3 
 
 		 242 aa  82.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  30.32 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3287  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 256 aa  82.4  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0416745  normal  0.920841 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  33.49 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  31.33 
 
 		 237 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  33.6 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  34.22 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  34.55 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1051  GntR domain protein  33 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.802892 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  33.6 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  33.6 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  29.15 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  32.05 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  29.15 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 252 aa  80.1  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  29.15 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  29.15 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  29.15 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.989828 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  35.22 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  31.03 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>