More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3484 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3484  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 232 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0607093  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2254  GntR family transcriptional regulator  99.57 
 
 		 232 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.385472  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1885  GntR domain-containing protein  96.58 
 
 		 234 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.219739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1728  GntR domain-containing protein  90.52 
 
 		 234 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4879  GntR family transcriptional regulator  79.22 
 
 		 234 aa  364  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01470  putative transcriptional regulator  54.87 
 
 		 228 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.763826 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0195  putative transcriptional regulator  54.42 
 
 		 228 aa  228  7e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.361489  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  32.88 
 
 		 227 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 234 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0567  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.837361  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2102  transcription regulator protein  35.62 
 
 		 254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2462  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3461  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.488404  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1242  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1202  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0381  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3389  GntR domain protein  30.63 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.422325  hitchhiker  0.000247854 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3424  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.332431  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3324  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3459  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 230 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0011  GntR domain protein  35 
 
 		 254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5075  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 262 aa  108  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.0518495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0016  GntR domain protein  35 
 
 		 254 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0566  GntR domain-containing protein  31.53 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821673  normal  0.241322 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2741  GntR domain-containing protein  32.43 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0412292  normal  0.462713 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3731  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.069841  normal  0.381268 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2597  GntR domain-containing protein  27.48 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130942 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0540  GntR domain-containing protein  31.53 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0645  GntR domain-containing protein  31.08 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0612  GntR domain-containing protein  31.08 
 
 		 240 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.151617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0212  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 255 aa  99.8  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0162  GntR-like  31.08 
 
 		 291 aa  99.8  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496913  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5244  transcriptional regulator, GntR family  32.62 
 
 		 234 aa  99  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0299  transcriptional regulator GntR  32.62 
 
 		 234 aa  99  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5458  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 235 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0231  GntR domain-containing protein  34.05 
 
 		 268 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  30.84 
 
 		 231 aa  97.4  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  33.77 
 
 		 242 aa  95.1  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  33.93 
 
 		 242 aa  95.1  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.27 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  30.33 
 
 		 258 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 236 aa  86.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 238 aa  86.3  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 		 235 aa  85.9  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  29.3 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  30.73 
 
 		 253 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05160  transcriptional regulator, GntR family  35.43 
 
 		 253 aa  83.2  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.71 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  27.27 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  31.4 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  31.58 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5880  GntR domain protein  30 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  30.99 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 241 aa  81.6  0.000000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  30.45 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  33.48 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  30.99 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  29.39 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  28.31 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  29.41 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  30.19 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  31.05 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  28.76 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  28.63 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4681  GntR domain protein  30.49 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2978  GntR domain-containing protein  29.36 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  27.27 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  27.68 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  27.88 
 
 		 240 aa  78.6  0.00000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 228 aa  78.2  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  29.55 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4797  GntR domain protein  30.13 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  24.31 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  27.88 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  29.68 
 
 		 249 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1316  GntR domain protein  33.64 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  30.41 
 
 		 249 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4247  GntR domain-containing protein  33.12 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  29.77 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  29.68 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3919  transcriptional regulator GntR family  29.58 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.8 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5046  GntR domain protein  32.96 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  29.3 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  30.85 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  35.58 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  28.9 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  29.77 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  30.19 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 288 aa  75.5  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  33.03 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>