More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0540 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_0566  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 239 aa  481  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821673  normal  0.241322 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0540  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 239 aa  481  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0612  GntR domain-containing protein  96.52 
 
 		 240 aa  427  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.151617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0162  GntR-like  96.09 
 
 		 291 aa  424  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0645  GntR domain-containing protein  96.09 
 
 		 230 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3731  GntR family transcriptional regulator  95.65 
 
 		 230 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.069841  normal  0.381268 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2741  GntR domain-containing protein  93.04 
 
 		 240 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0412292  normal  0.462713 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2597  GntR domain-containing protein  80.26 
 
 		 230 aa  384  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130942 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3389  GntR domain protein  81.74 
 
 		 230 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.422325  hitchhiker  0.000247854 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0567  GntR family transcriptional regulator  80.87 
 
 		 234 aa  381  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.837361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3324  GntR family transcriptional regulator  84.65 
 
 		 230 aa  377  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2462  GntR family transcriptional regulator  84.65 
 
 		 230 aa  377  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3459  GntR family transcriptional regulator  84.28 
 
 		 230 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3424  GntR family transcriptional regulator  84.65 
 
 		 230 aa  377  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.332431  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0381  GntR family transcriptional regulator  84.65 
 
 		 230 aa  377  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1242  GntR family transcriptional regulator  84.65 
 
 		 230 aa  377  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3461  GntR family transcriptional regulator  84.21 
 
 		 230 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.488404  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1202  GntR family transcriptional regulator  83.84 
 
 		 230 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5075  GntR domain-containing protein  50.67 
 
 		 262 aa  215  5e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.0518495 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  46.67 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5244  transcriptional regulator, GntR family  43.59 
 
 		 234 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0299  transcriptional regulator GntR  43.78 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5458  GntR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4879  GntR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 234 aa  107  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0016  GntR domain protein  35.66 
 
 		 254 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0011  GntR domain protein  35.66 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1728  GntR domain-containing protein  32.24 
 
 		 234 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177351  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2102  transcription regulator protein  34.32 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2978  GntR domain-containing protein  33.78 
 
 		 229 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3484  GntR domain-containing protein  31.92 
 
 		 232 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0607093  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0212  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2254  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 232 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.385472  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1885  GntR domain-containing protein  31.78 
 
 		 234 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.219739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  33.79 
 
 		 255 aa  99  6e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0231  GntR domain-containing protein  36.29 
 
 		 268 aa  98.2  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  31.16 
 
 		 264 aa  95.9  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  31.16 
 
 		 264 aa  95.9  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  31.16 
 
 		 264 aa  95.9  6e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.27 
 
 		 259 aa  94  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  31.96 
 
 		 258 aa  94  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0195  putative transcriptional regulator  33.48 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.361489  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.43 
 
 		 258 aa  91.7  8e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.26 
 
 		 258 aa  92  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01470  putative transcriptional regulator  33.77 
 
 		 228 aa  91.7  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.763826 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 265 aa  91.3  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 255 aa  90.1  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  34.12 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 233 aa  89.7  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  33.18 
 
 		 235 aa  89.4  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  29.47 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 255 aa  86.7  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 255 aa  86.3  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.49 
 
 		 258 aa  86.3  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  33.66 
 
 		 255 aa  86.3  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  30.58 
 
 		 241 aa  85.9  5e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  28.21 
 
 		 239 aa  85.5  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  30.1 
 
 		 238 aa  85.5  7e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 255 aa  85.5  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.02 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 245 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  33.49 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  28.57 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.57 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.57 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.57 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.652539 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.57 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  34.29 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  31.34 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  30.91 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  30.91 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  30.91 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.91 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  30.84 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  33.65 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  31.86 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  33.94 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.91 
 
 		 257 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2703  GntR domain-containing protein  32.57 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121781  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  31.16 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  28.57 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  28.57 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.57 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0699  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.91 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  30.92 
 
 		 254 aa  81.6  0.000000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.25 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.08 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.08 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.08 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.25 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.25 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.25 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.25 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.08 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>