153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1524 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_1356  alpha amylase catalytic region  57.75 
 
 		 642 aa  764    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000107731  normal  0.0276756 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1176  alpha-amylase family protein  60.91 
 
 		 634 aa  812    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.470418  normal  0.104787 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1381  alpha-amylase family protein  64.23 
 
 		 661 aa  866    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1524  alpha-amylase family protein  100 
 
 		 636 aa  1321    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0281474  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1085  alpha-amylase family protein  60.28 
 
 		 649 aa  803    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0151666  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0963  alpha-amylase family protein  60.6 
 
 		 638 aa  812    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1122  alpha-amylase family protein  55.77 
 
 		 629 aa  735    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.110561  normal  0.457089 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0458  alpha amylase, catalytic region  32.08 
 
 		 663 aa  280  7e-74  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0143  alpha amylase catalytic sub domain protein  31.66 
 
 		 692 aa  269  2e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0052779  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0161  alpha amylase, catalytic region  31.52 
 
 		 637 aa  262  1e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00960046  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0159  hypothetical protein  31.52 
 
 		 637 aa  262  1e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00185609  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1144  alpha amylase catalytic region  32.25 
 
 		 669 aa  262  2e-68  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00833327  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0463  alpha amylase domain-containing protein  28.13 
 
 		 676 aa  219  2e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.694726  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09700  alpha amylase  31.85 
 
 		 426 aa  88.6  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2732  alpha amylase, catalytic region  31.03 
 
 		 463 aa  83.6  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.839185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1210  alpha amylase, catalytic region  39.45 
 
 		 460 aa  80.9  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01125  alpha-amylase, putative  30.57 
 
 		 434 aa  80.1  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1141  alpha amylase, catalytic region  38.95 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1179  alpha amylase catalytic region  37.76 
 
 		 422 aa  76.3  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2810  alpha amylase, catalytic region  32.43 
 
 		 450 aa  73.9  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1713  alpha amylase catalytic region  27.1 
 
 		 426 aa  72  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0746329  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  27.21 
 
 		 467 aa  71.6  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  28.38 
 
 		 459 aa  70.9  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6320  alpha amylase catalytic region  32.12 
 
 		 1133 aa  70.5  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330794  normal  0.20234 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5590  alpha amylase, catalytic region  32.12 
 
 		 1136 aa  70.5  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1738  alpha amylase domain-containing protein  28 
 
 		 1148 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257385  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1341  alpha amylase family protein  28 
 
 		 1136 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0533  alpha amylase family protein  28 
 
 		 1115 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1545  alpha amylase family protein  28 
 
 		 1115 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1568  glycosy hydrolase family protein  28 
 
 		 1115 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0622  alpha amylase family protein  28 
 
 		 1115 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7034  Alpha amylase like protein  30.66 
 
 		 1130 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.673665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1330  alpha amylase, catalytic region  30.66 
 
 		 1130 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.460745  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6499  alpha amylase, catalytic region  30.66 
 
 		 1130 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.145776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6088  alpha amylase catalytic region  30.66 
 
 		 1130 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5491  alpha amylase catalytic region  29.93 
 
 		 1131 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105634 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1109  alpha amylase, catalytic region  31.39 
 
 		 715 aa  61.2  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573693  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1097  alpha amylase catalytic region  33.85 
 
 		 716 aa  60.8  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.992454  hitchhiker  0.0010737 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2445  putative Alpha amylase  31.39 
 
 		 734 aa  60.5  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1208  Ig domain-containing protein  32.41 
 
 		 1048 aa  60.5  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2030  alpha amylase domain-containing protein  29.1 
 
 		 672 aa  58.9  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.219861  normal  0.850819 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0034  alpha amylase catalytic region  31.01 
 
 		 663 aa  58.2  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6808  alpha amylase catalytic region  30.72 
 
 		 1122 aa  58.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0740602  normal  0.515818 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0869  alpha amylase catalytic region  26.83 
 
 		 459 aa  58.5  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1337  alpha amylase catalytic region  29.38 
 
 		 678 aa  58.2  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.367678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2939  alpha amylase catalytic region  32.56 
 
 		 1124 aa  58.2  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000998182 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2712  alpha amylase catalytic region  32.56 
 
 		 1124 aa  58.2  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576573  normal  0.0633095 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4100  alpha amylase catalytic region  29.25 
 
 		 687 aa  57.4  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.665704  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2834  alpha amylase catalytic region  32.56 
 
 		 1124 aa  57.4  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0564528 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2417  alpha amylase catalytic region  30 
 
 		 816 aa  57  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00733114  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2679  alpha amylase, catalytic region  31.39 
 
 		 671 aa  57  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1785  alpha amylase, catalytic region  30.66 
 
 		 724 aa  56.6  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0135  alpha amylase catalytic region  31.25 
 
 		 660 aa  56.6  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7547  alpha amylase catalytic region  30.07 
 
 		 1122 aa  57  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250555  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05105  alpha-amylase, putative  25.37 
 
 		 478 aa  56.6  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.289074  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1599  alpha amylase catalytic region  31.78 
 
 		 1126 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863275  hitchhiker  0.00182412 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6821  alpha amylase catalytic region  27.74 
 
 		 1151 aa  55.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.137668  normal  0.518409 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0679  alpha amylase, catalytic region  33.91 
 
 		 653 aa  55.5  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.675202  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0116  alpha amylase catalytic region  29.08 
 
 		 660 aa  55.1  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0759289 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5565  alpha-amylase-related protein  28.47 
 
 		 1082 aa  55.1  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0249  alpha amylase catalytic region  28.88 
 
 		 656 aa  55.1  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.852341 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1604  Alpha amylase, catalytic region  29.25 
 
 		 688 aa  54.7  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3583  alpha amylase catalytic region  32.54 
 
 		 684 aa  54.7  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2861  putative alpha-amylase-related protein  27.74 
 
 		 1146 aa  54.3  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19040  glycosidase  28.82 
 
 		 675 aa  54.3  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.000683856  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3176  alpha amylase catalytic region  33.08 
 
 		 682 aa  54.3  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000122162  hitchhiker  0.0000126185 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09540  glycosidase  29.41 
 
 		 715 aa  54.3  0.000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0200177  normal  0.351025 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0829  Alpha amylase, catalytic region  30 
 
 		 662 aa  53.9  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.673433  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28010  family 13 glycosyl hydrolase  27.74 
 
 		 667 aa  53.9  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6072  alpha amylase catalytic region  28.65 
 
 		 659 aa  53.1  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10340  glycosidase  32.23 
 
 		 663 aa  53.9  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.252003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2934  alpha amylase, catalytic region  28.47 
 
 		 1022 aa  53.1  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.124614  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0540  alpha amylase catalytic region  27.14 
 
 		 1037 aa  53.5  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0480393 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1279  alpha amylase catalytic region  29.38 
 
 		 666 aa  52.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0559691  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2605  alpha amylase family protein  33.68 
 
 		 420 aa  52.4  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.242593  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2858  alpha amylase catalytic region  30.77 
 
 		 681 aa  52.4  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1727  alpha amylase catalytic region  28.75 
 
 		 705 aa  52.4  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2089  alpha amylase catalytic region  32.03 
 
 		 679 aa  52  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0518  trehalose-6-phosphate hydrolase  25.32 
 
 		 560 aa  51.6  0.00005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000559563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4393  alpha amylase catalytic region  27.01 
 
 		 1144 aa  51.2  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.573517  normal  0.10506 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4163  alpha amylase catalytic region  29.82 
 
 		 651 aa  51.6  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11359  glucanase glgE  28.75 
 
 		 701 aa  50.8  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.759121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1815  alpha amylase catalytic region  25.69 
 
 		 672 aa  50.8  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474679  normal  0.202822 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4343  alpha amylase catalytic region  29.2 
 
 		 481 aa  50.8  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1984  alpha amylase domain-containing protein  31.01 
 
 		 671 aa  50.8  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5097  alpha amylase catalytic region  25.62 
 
 		 1074 aa  50.8  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.511822  normal  0.0191149 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4097  alpha amylase catalytic sub domain protein  31.45 
 
 		 672 aa  50.4  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0571346  normal  0.0314797 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4060  alpha-amylase family protein  25.83 
 
 		 661 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203382  normal  0.586391 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2783  alpha amylase catalytic region  29.86 
 
 		 670 aa  50.1  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1809  alpha amylase, catalytic region  29.77 
 
 		 670 aa  50.4  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.341723  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1076  alpha amylase domain-containing protein  27.78 
 
 		 685 aa  50.4  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.819574 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1783  alpha amylase, catalytic region  26.28 
 
 		 672 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00829372  normal  0.075062 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0153  alpha amylase catalytic region  28.57 
 
 		 652 aa  49.3  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89451 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2534  Alpha amylase, catalytic region  25.55 
 
 		 664 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1884  alpha amylase, catalytic region  31.03 
 
 		 684 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1419  alpha amylase, catalytic region  28.47 
 
 		 708 aa  49.7  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.624823 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1956  alpha amylase catalytic region  27.5 
 
 		 666 aa  49.3  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0110526  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0210  alpha amylase catalytic region  29.01 
 
 		 676 aa  49.7  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2379  alpha amylase catalytic region  27.78 
 
 		 671 aa  49.3  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3678  alpha amylase, catalytic region  30.17 
 
 		 659 aa  48.9  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>