More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2783 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0153  alpha amylase catalytic region  52.45 
 
 		 652 aa  723    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89451 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4658  alpha amylase catalytic region  46.13 
 
 		 681 aa  642    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0210  alpha amylase catalytic region  66.97 
 
 		 676 aa  952    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0829  Alpha amylase, catalytic region  51.61 
 
 		 662 aa  717    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.673433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0135  alpha amylase catalytic region  53.99 
 
 		 660 aa  737    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2030  alpha amylase domain-containing protein  72.58 
 
 		 672 aa  988    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.219861  normal  0.850819 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0116  alpha amylase catalytic region  54.29 
 
 		 660 aa  730    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0759289 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1984  alpha amylase domain-containing protein  71.6 
 
 		 671 aa  1038    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2379  alpha amylase catalytic region  68.91 
 
 		 671 aa  980    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2161  alpha amylase  49.7 
 
 		 680 aa  650    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2783  alpha amylase catalytic region  100 
 
 		 670 aa  1398    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1979  alpha amylase catalytic region  51.52 
 
 		 684 aa  687    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379903  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0239  alpha amylase catalytic region  66.07 
 
 		 706 aa  948    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00519899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0314  alpha amylase, catalytic region  49.47 
 
 		 646 aa  637    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0034  alpha amylase catalytic region  50.91 
 
 		 663 aa  679    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3071  alpha amylase catalytic region  53.32 
 
 		 674 aa  685    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224313  normal  0.685148 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1105  alpha amylase catalytic region  50.96 
 
 		 705 aa  688    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.340579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2537  alpha amylase, catalytic region  71.15 
 
 		 692 aa  1018    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2023  alpha amylase, catalytic region  47.42 
 
 		 707 aa  646    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685343 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2089  alpha amylase catalytic region  52.93 
 
 		 679 aa  716    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4097  alpha amylase catalytic sub domain protein  50.3 
 
 		 672 aa  633  1e-180  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0571346  normal  0.0314797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7547  alpha amylase catalytic region  48.04 
 
 		 1122 aa  615  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250555  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0331  alpha amylase catalytic region  47.79 
 
 		 652 aa  617  1e-175  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2445  putative Alpha amylase  46.68 
 
 		 734 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1785  alpha amylase, catalytic region  47.54 
 
 		 724 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2679  alpha amylase, catalytic region  46.92 
 
 		 671 aa  615  9.999999999999999e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1109  alpha amylase, catalytic region  46.37 
 
 		 715 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5097  alpha amylase catalytic region  45.39 
 
 		 1074 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.511822  normal  0.0191149 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6808  alpha amylase catalytic region  48.12 
 
 		 1122 aa  593  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0740602  normal  0.515818 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5382  alpha amylase catalytic region  45.47 
 
 		 1075 aa  589  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5565  alpha-amylase-related protein  46.37 
 
 		 1082 aa  591  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1599  alpha amylase catalytic region  47.48 
 
 		 1126 aa  590  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863275  hitchhiker  0.00182412 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2534  Alpha amylase, catalytic region  45.37 
 
 		 664 aa  585  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2712  alpha amylase catalytic region  46.85 
 
 		 1124 aa  586  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576573  normal  0.0633095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2939  alpha amylase catalytic region  46.85 
 
 		 1124 aa  585  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000998182 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2934  alpha amylase, catalytic region  44.66 
 
 		 1022 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.124614  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1604  Alpha amylase, catalytic region  44.83 
 
 		 688 aa  585  1.0000000000000001e-165  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2834  alpha amylase catalytic region  46.63 
 
 		 1124 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0564528 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3939  alpha amylase catalytic region  45.36 
 
 		 1196 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4052  alpha amylase catalytic region  45.36 
 
 		 1196 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2489  Alpha amylase, catalytic region  44.82 
 
 		 672 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0230189  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2760  alpha-amylase family protein  44.51 
 
 		 672 aa  571  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302132  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1419  alpha amylase, catalytic region  42.67 
 
 		 708 aa  565  1e-160  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.624823 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4163  alpha amylase catalytic region  47.37 
 
 		 651 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0540  alpha amylase catalytic region  44.15 
 
 		 1037 aa  566  1e-160  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0480393 
 
 
-
 
NC_003296  RS05182  putative alpha-amylase-related protein  44.02 
 
 		 1201 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00237217  normal  0.176867 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2295  alpha amylase, catalytic region  44.85 
 
 		 660 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0369553  hitchhiker  0.000002386 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3678  alpha amylase, catalytic region  45.76 
 
 		 659 aa  561  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1884  alpha amylase, catalytic region  45.83 
 
 		 684 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28010  family 13 glycosyl hydrolase  44.63 
 
 		 667 aa  557  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3659  alpha amylase catalytic region  43.89 
 
 		 672 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0914458  hitchhiker  0.00000417514 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4060  alpha-amylase family protein  43.74 
 
 		 661 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203382  normal  0.586391 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4393  alpha amylase catalytic region  42.23 
 
 		 1144 aa  555  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.573517  normal  0.10506 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6821  alpha amylase catalytic region  43.79 
 
 		 1151 aa  553  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.137668  normal  0.518409 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4227  Alpha amylase, catalytic region  42.84 
 
 		 1140 aa  549  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.316311  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2861  putative alpha-amylase-related protein  43.79 
 
 		 1146 aa  551  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36740  hypothetical protein  44.24 
 
 		 664 aa  551  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.759208  normal  0.786637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1815  alpha amylase catalytic region  43.89 
 
 		 672 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474679  normal  0.202822 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1783  alpha amylase, catalytic region  43.36 
 
 		 672 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00829372  normal  0.075062 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1466  alpha amylase, catalytic region  43.59 
 
 		 657 aa  542  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3155  hypothetical protein  43.78 
 
 		 664 aa  545  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3678  alpha amylase, catalytic region  43.45 
 
 		 672 aa  540  9.999999999999999e-153  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.763851 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3482  alpha amylase, catalytic region  44.91 
 
 		 651 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03667  alpha-amylase  43.84 
 
 		 1038 aa  541  9.999999999999999e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533907  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1209  alpha amylase, catalytic region  43.3 
 
 		 657 aa  536  1e-151  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.325647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0679  alpha amylase, catalytic region  43.48 
 
 		 653 aa  533  1e-150  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.675202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6320  alpha amylase catalytic region  41.84 
 
 		 1133 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330794  normal  0.20234 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5590  alpha amylase, catalytic region  41.82 
 
 		 1136 aa  529  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5491  alpha amylase catalytic region  42.51 
 
 		 1131 aa  531  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105634 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7034  Alpha amylase like protein  42.3 
 
 		 1130 aa  527  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.673665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0622  alpha amylase family protein  40.87 
 
 		 1115 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1738  alpha amylase domain-containing protein  41.73 
 
 		 1148 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257385  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1568  glycosy hydrolase family protein  40.87 
 
 		 1115 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1341  alpha amylase family protein  40.87 
 
 		 1136 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0533  alpha amylase family protein  40.87 
 
 		 1115 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1545  alpha amylase family protein  40.87 
 
 		 1115 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0249  alpha amylase catalytic region  43.09 
 
 		 656 aa  521  1e-146  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.852341 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6499  alpha amylase, catalytic region  41.75 
 
 		 1130 aa  519  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.145776  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2858  alpha amylase catalytic region  43.29 
 
 		 681 aa  519  1e-146  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6088  alpha amylase catalytic region  41.6 
 
 		 1130 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1330  alpha amylase, catalytic region  41.6 
 
 		 1130 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.460745  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1052  alpha amylase catalytic region  43.09 
 
 		 672 aa  512  1e-144  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0585  alpha amylase domain-containing protein  43.03 
 
 		 655 aa  513  1e-144  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1279  alpha amylase catalytic region  42.16 
 
 		 666 aa  506  9.999999999999999e-143  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0559691  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0737  alpha amylase, catalytic region  42.46 
 
 		 690 aa  507  9.999999999999999e-143  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.456985  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4100  alpha amylase catalytic region  41.81 
 
 		 687 aa  504  1e-141  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.665704  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3583  alpha amylase catalytic region  43.98 
 
 		 684 aa  498  1e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4301  alpha amylase, catalytic region  40.78 
 
 		 696 aa  489  1e-137  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844806 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3846  alpha amylase, catalytic region  40.78 
 
 		 695 aa  487  1e-136  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0237577 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3860  alpha amylase, catalytic region  41.07 
 
 		 695 aa  488  1e-136  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3934  alpha amylase, catalytic region  41.07 
 
 		 695 aa  488  1e-136  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.538651 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0861  alpha amylase catalytic region  42.13 
 
 		 680 aa  485  1e-135  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2344  alpha amylase, catalytic region  40.35 
 
 		 696 aa  482  1e-135  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.969175  normal  0.43625 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1097  alpha amylase catalytic region  41.11 
 
 		 716 aa  481  1e-134  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.992454  hitchhiker  0.0010737 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6072  alpha amylase catalytic region  40.96 
 
 		 659 aa  479  1e-134  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10340  glycosidase  41.45 
 
 		 663 aa  481  1e-134  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.252003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1297  alpha amylase catalytic region  40.88 
 
 		 667 aa  478  1e-133  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.774826  normal  0.698008 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11359  glucanase glgE  40.91 
 
 		 701 aa  473  1e-132  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.759121 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2417  alpha amylase catalytic region  41.58 
 
 		 816 aa  473  1e-132  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00733114  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1956  alpha amylase catalytic region  40.79 
 
 		 666 aa  466  9.999999999999999e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0110526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>